دستگاه گوارش را می‌توان به دو بخش فوقانی و تحتانی تقسیم کرد:
بخش فوقانی شامل مری، معده و دوازدهه (اثنی‌عشر) می‌شود. گاهی حفره دهان و حلق را هم جزو این بخش به حساب می‌آورند.
بخش تحتانی شامل بخش عمده روده کوچک و همه روده بزرگ می‌شود.
روده کوچک از سه بخش تشکیل می‌شود:
دوازدهه: در این قسمت روده کوچک شیره‌های گوارشی از لوزالمعده و کبد (صفرا) با مواد غذایی مخلوط می‌شوند.
ژژونوم: بخش میانی روده کوچک، که دوازدهه را با ایلئوم متصل می‌کند.
ایلئوم: این بخش روده کوچک حاوی پرزهای است که مولکول‌های غذایی که پس از گوارش به صورت محلول در آمده‌اند، از طریق آنها جذب جریان خون می‌شوند.
روده بزرگ شامل سه بخش می‌شود:
سکوم که آپاندیس (زائده کرمی‌شکل) به آن متصل است.
کولون که شامل کولون صعودی، کولون عرضی، کولون نزولی و کولون سیگموئید می‌شود.
راست روده که به مقعد ختم می‌شود.
روند گوارش
حفره دهان: گوارش در انسان‌ها از حفره دهان با جویدن غذا شروع می شود. با ورود غذا به دهان بزاق به مقدار زیاد - یک تا یک و نیم لیتر در روز- بوسیله سه جفت غده بزاقی (بناگوشی، زیرفکی و زیرزبانی) به درون حفره دهان ترشح می‌شود، و بوسیله زبان با غذای جویده‌شده مخلوط می‌شود.
دو نوع بزاق وجود دارد: یکی بزاق آبکی و رقیقی که غذا را مرطوب می‌کند و دیگر بزاق غلیظ و موکوسی (مخاطی) به صورت یک ماده نرم‌کننده عمل می‌کند و باعث می‌شود ذرات غذا به هم بچسبند و به صورت یک گلوله درآیند.
بزاق حفره دهان را تمیز می‌کند، غذا را مرطوب می‌کند، و حاوی آنزیم‌های گوارشی مانند آمیلاز است که به تجزیه
پلی‌ساکاریدها (کربوهیدرات‌های پیچیده) مانند نشاسته به دی‌ساکارید‌ها (قند دوتایی) مانند مالتوز کمک می‌کند.
بزاق همچنین حاوی موکوس است، یک گلیگوپروتئین (پروتئین ترکیب‌شده با قند) که غذا را نرم می‌کند و آن را به صورت یک گلوله در می‌آورد. در حفره دهان آنزیم دیگری به نام لیپاز نیز موجود است که چربی‌ها را به اجزای آنها دی‌گلیسرید و مونوگلیسرید تجزیه می‌کند.
بلع غذای جویده شده را از طریق حلق به مری می‌فرستد.
مری:مری یک لوله عضلانی باریک به طول 20 تا 30 سانتی‌متر است که از حلق در عقب دهان شروع می‌شود و پس از عبور از دیافراگم (پرده عضلانی میان قفسه سینه و شکم) به معده ختم می‌شود. دیواره مری از دو لایه عضه صاف تشکیل شده است، لایه داخلی به صورت حلقه‌ای و لایه خارجی به صورت طولی قرار دارد.
در راس مری یک زبانه از بافت به نام اپیگلوت وجود دارد که هنگام بلع مانع از وارد شدن غذا به نای و مجاری هوایی می‌شود. حرکات کرمی‌شکل (پریستالتیک) مری غذای جویده شده را از به سمت معده هدایت می‌کند. حدود هفت ثانیه طول می کشد تا غذا از مری به معده برسد. در مری گوارشی انجام نمی‌شود.
معده:معده یک کیسه شبیه حرف J انگلیسی است که دیواره آن از عضلات ضخیم و انعطاف‌‌پذیریی ساخته شده است.
معده هم غذا را ذخیره می‌کند و هم بخشی از گوارش غذا در آن انحام می‌شود.
حرکات معده باعث می‌شود غذا به صورت ذرات بسیار کوچکی در آید تا گوارش آن در روده کوچک بهتر صورت گیرد. همچنین مواد غذایی در معده با اسید معده، آنزیم پپسین و سایر آنزیم‌های گوارشی مخلوط می‌شود که باعث تجزیه پروتئینها می‌شوند.
خود اسید نقشی در تجزیه مولکول‌های غذا ندارد، اما اسیدیته مطلوب برای واکنش آنزیم پپسین را فراهم می‌آورد، و همچنین بسیاری از میکروب‌هایی را به همراه غذا خورده شده‌اند، می‌کشد. برخی از مولکول‌های کوچک مانند الکل می‌تواننند به طور مستقیم از معده جذب جریان خون شوند.
نهایتا غذا در معده به شکل نیمه‌مایع در می‌آید، که به آن "کیموس" می‌گویند.
روده کوچک:غذا پس از فراوری در معده با عبور از دریچه پیلور معده وارد روده کوچک می‌شود. بخش اصلی هضم و جذب غذا در روده کوچک و پس از وارد شدن غذا از معده به دوازدهه -بخش اول روده کوچک- که به صورت یک محلول شیری‌رنگ در آمده است، انجام می‌شود.
غذا در روده کوچک با سه مایع متفاوت مخلوط می‌شود:
صفرا: صفرا چربی‌های موجود در مواد غذایی را به حالت امولسیون (محلول) در می‌آورد و در نتیجه امکان جذب آن را فراهم می‌کند و همچنین حالت اسیدی کیموس را خنثی می‌کند.
ورود صفرا به روده همچنین راهی برای دفع مواد زائدی مانند بیلی‌روبین و اسیدهای صفراوی است. صفرا در کبد تولید می‌شود و بعد به کیسه صفرا فرستاده می‌شود. صفرا در کیسه صفرا غلظت بیشتری پیدا می‌کند.
شیره لوزالمعده که بوسیله لوزالمعده تولید می‌شود و حاوی آنزی‌‌های گوارشی است.
آنزیم‌های روده‌ای که غشای مخاطی روده ترشح می‌شوند. این آنزیم‌ها شامل مالتاز، لاکتاز و سوکراز (سه آنزیمی که قندها را تجزیه می‌کنند)، تریپسین و کیموتریپسین (که پروتئینها را تجزیه می‌کنند) می‌شوند.
با ورود محتویات معده به روده کوچک، اسیدیته این مایع کاهش پیدا می‌کند و به تدریج قلیایی می‌شود. این تغییر باعث فعال شدن آنزیم‌های بیشتری می‌شود که مواد مغذی را به مولکول‌های کوچکتر که می‌توانند جذب جریان خون یا لنف شوند،می‌شکنند.
پوشش روده کوچک دارای ساختارهای انگشت‌مانند به نام پرز (ویلوس) است که روی آنها ساختارهای کوچکتری مومانندی به میکروویلوس (پرز ذره‌بینی) وجود دارد. این ساختار باعث می‌شود که سطحی که برای جذب مواد غذایی در روده کوچک وجود دارد، افزایش یابد و سرعت جذب مواد مغذی افزایش یابد.
خون حاوی مواد جذب شده از روده کوچک از طریق ورید باب به کبد می‌رود، در کبد سموم احتمالی جذب شده تصفیه می‌شوند و مواد مغذی جذب شده فراوری می‌شوند.
روده کوچک و ادامه دستگاه گوارش نیز حرکات کرمی‌شکل دارد که همه غذا را از معده تا مقعد به جلو می‌راند و همچنین باعث مخلوط شدن بیشتر غذا با شیره‌های گوارش و جذب بهتر آن می‌شود.