اتحادیه آفریقا در واقع نهاد جایگزین سازمان وحدت آفریقا (Organization Of African Unity) است که در حال حاضر 53 کشور قاره آفریقا عضو آن هستند.
سازمان وحدت آفریقا به عنوان سلف اتحادیه آفریقا در سال 1963 و پس از آنکه در روند استعمارزدایی پس از جنگ جهانی دوم تعداد کشورهای مستقل آفریقا رو به افزایش بود، با عضویت 32 کشور در آدیس آبابا پایتخت اتیوپی تشکیل شد.
سازمان وحدت آفریقا در ابتدای کار فعالیت های خود را بر اهداف سیاسی که در ماده دوم اساسنامه آن ترسیم شده بود، متمرکز کرد. در این چارچوب این سازمان نقش عمده ای در استعمارزدایی از قاره آفریقا، حل و فصل مسالمت آمیز منازعات مرزی کشورهای این قاره، دفاع از حاکمیت ملی و تمامیت ارضی اعضا و مبارزه با آپارتاید ایفا کرد.
سازمان وحدت آفریقا به موازات دستیابی به برخی اهداف سیاسی و نیز گسترش تعداد اعضا اهداف خود را به عرصه های اقتصادی و فرهنگی و علمی گسترش داد. همچنین در پرتو تحولات نظام بین الملل پس از جنگ سرد، کشورهای عضو سازمان وحدت آفریقا نیز برای آنکه بتوانند نقش و جایگاه این قاره در مناسبات نظام بین‌الملل در قرن بیست و یکم را گسترش دهند تلاش‌هایی برای تأسیس اتحادیه آفریقا از دهه 1990 آغاز کردند.
در ادامه این مسیر ابتدا نشست فوق العاده سران سازمان وحدت آفریقا در شهر سیرت با انتشار بیانیه‌ای موسوم به «بیانیه سیرت» تصمیم به تأسیس اتحادیه آفریقا گرفتند. سپس در نشست سال 2000 سران آفریقا در شهر لومه اساسنامه اتحادیه آفریقا تصویب شد.
در نشست سال 2001 سران آفریقا در لوزاکا طرح جدیدی برای اجرایی کردن اتحادیه آفریقا ارائه شد و در نهایت در نشست سال 2002 سران آفریقا در شهر دوربان آفریقای جنوبی اتحادیه آفریقا آغاز به کار کرد.
اکنون اتحادیه آفریقا به عنوان فراگیرترین سازمان کشورهای آفریقایی در پی تحقق اهداف گسترده سیاسی، اقتصادی، فرهنگی و اجتماعی برای حفظ صلح و ثبات در این قاره و نیز افزایش نقش آفریقا در نظام بین الملل است. مقر اتحادیه آفریقا همچون سازمان وحدت آفریقا که سلف آن بود در شهر آدیس آبابا پایتخت اتیوپی قرار دارد.
ارکان اتحادیه آفریقا نیز شامل اجلاس سران دولت‌ها و حکومت‌های عضو، شورای وزیران، کمیسیون آفریقا، کمیته دائم نمایندگان، شورای صلح و امنیت، پارلمان پان آفریقایی، شورای اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی، دیوان دادگستری، و تعدادی کمیته‌های فنی و تخصصی است و همچنین نهادهای مالی است.