این دانشگاه در 1370 پس از استقلال دانشگاه علوم پزشکی از دانشگاه با دانشسرای عالی زاهدان ادغام گردید و توانست با ایجاد شرایط لازم دانشگاه‌های دریانوردی چابهار، دانشگاه زابل، دانشگاه ایرانشهر را در منطقه تأسیس نماید لازم به ذکر است که هرسه دانشگاه در ابتدا به عنوان یکی از دانشکده های دانشگاه سیستان و بلوچستان فعالیت می‌کردند.
از آنجاکه دانشگاه سیستان و بلوچستان بعنوان دانشگاه مادر در منطقه جنوب شرق شناخته شده است و با در نظر گرفتن وسعت منطقه و لزوم دسترسی عموم مردم استان به آموزش عالی با همکاری مسؤولین محترم وزارت علوم، تحقیقات و فناوری دانشکده هایی با توجه به نیاز منطقه در شهرستان های استان احداث گردید که دانشکده های کشاورزی سراوان، صنعتی معدنی خاش و واحد بین‌المللی دانشگاه در چابهار از آن جمله‌اند.
دانشگاه سیستان و بلوچستان دارای هیأت امناء مستقل، هیأت ممیزه مستقل می‌باشد و از نظر تشکیلاتی در ردیف دانشگاه‌های الف و توسعه یافته کشور قرار دارد.
این دانشگاه دارای22 دانشکده، حدود 19 هزار دانشجو و دانش‌آموز، 340 رشته گرایش در مقاطع مختلف که از این تعداد 139 رشته گرایش در مقطع کارشناسی ارشد، 24 رشته گرایش در مقطع دکتری می‌باشد.
دانشکده‌های دانشگاه سیستان وبلوچستان عبارتند از:
- دانشکده مهندسی شهید نیکبخت
- دانشکده علوم پایه
- دانشکده ادبیات و علوم انسانی
- دانشکده اقتصاد
- دانشکده هنر و معماری
- دانشکده علوم تربیتی و روانشناسی
- دانشکده برق و کامپیوتر
- دانشکده جغرافیا و برنامه ریزی محیطی
- دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی (سراوان)
- دانشکده الهیات و معارف اسلامی
- دانشکده ریاضی
- دانشکده تربیت بدنی
- دانشکده مدیریت و حسابداری
- دانشکده کارآفرینی
- دانشکده صنعت و معدن خاش
- دانشکده مجازی
- واحد بین المللی دانشگاه در چابهار
- دانشکده شیمی
- دانشکده مهندسی شیمی
- دانشکده علوم زیست محیطی و کشاورزی
- دانشکده عمران (در شرف تأسیس)
- دانشکده جامعه شناسی (در شرف تأسیس)
اقداماتی که در راستای پژوهش محور شدن در دانشگاه سیستان و بلوچستان صورت گرفت موجب شد این دانشگاه به عنوان قطب علمی در منطقه جنوب شرق کشور شناخته شود.
پژوهشکده‌ها و مرکز پژوهشی:
- پژوهشکده علوم زمین و جغرافیا
- پژوهشکده مطالعات شبه قاره و آسیای جنوبی
- پژوهشکده سیستم های فازی
- پژوهشکده فناوری نانو
- پژوهشکده انرژی خورشیدی
- پژوهشکده انرژی های نو (در شرف تأسیس)
- پزوهشکده انرژی، هواشناسی، نجوم و اقلیم(در شرف تأسیس)
- پژوهشکده ادبیات و علوم انسانی(در شرف تأسیس)
- پژوهشکده تحقیقاتی گیاهان دارویی، زینتی، ...
- پژوهشکده بیوتکنولوژی(در شرف تأسیس)
- مرکز پژوهشی علوم باستان شناسی
منبع مورد استفاده برای این مدخل