در مقاله حاضر به طور خلاصه ابتدا 3 مرحله زندگی فکری شهید صدر و سپس انتقاد وی از نظام حوزوی و نظام تفسیری مطرح می‌شود. با هم می‌خوانیم.
برای شهید صدر 3 مرحله زندگی فکری می‌توانیم قایل شویم:
1 - مرحله‌ای که ایشان در حوزه علمیه نجف به سر می‌برد و سعی دارد بر فقه مسلط شود. در این مرحله حرکت شهید صدر به صورت خطی از مرحله A به مرحله B است .
2 - مرحله دوم زندگی شهید صدر در تقابل با مارکسیست‌ها می‌گذرد. کتاب‌هایی چون فلسفه‌نا و اقتصادنا به این منظور نگاشته شده است. ایشان در کتاب فلسفه‌نا از متدلوژی حوزه‌های علمیه دفاع می‌کند. روند مثبت نگرش شهید صدر منجر به تدوین کتاب مبانی منطق استقرایی می‌شود.
3 - مرحله سوم زندگی فکری شهید صدر، ورود به مرحله نظریه‌پردازی و تئوریزه کردن ایدئولوژی اسلام و قوام بخشیدن به آن می‌شود. در این مرحله شهید صدر نیز تحت تاثیر نظام جهانی دو قطبی به دنبال ارائه طرح و سیستم جدیدی از اسلام است. او در این مرحله با مسائل عراق، جهان اسلام، اسراییل، لبنان و فلسطین کاملا درگیر شده و خود را موظف می‌داند چاره‌ای برای مشکلات آنان بیابد.
شهید صدر در طرح خود سعی دارد به اصلاح نظام فقه بپردازد. وی مطرح می‌کند «که کار تحقیق مسائل فقهی از واقعیت‌های عینی شروع می‌شود منتها نه با آن محدودیت‌هایی که در زمان شیخ طوسی یا محقق حلی- اعلی الله مقامهما بود، زیرا واقعیت‌های زندگی آنها فقط می‌توانست، نیاز زمان خود آنها را کفایت کند و برای زمان ما مسائل آن زمان کافی نیست. مثلا معاملاتی از قبیل اجاره، مزارعه، مساقات و مضاربه نشان‌دهنده بازار هزار سال یا هشتصد سال پیش است... فقه امروز باید همانگونه که در دست آن دانشمندان گذشته عمل می‌شد... در دست دانشمندان زمان ما نیز باید به طور افقی مسائل روزمره را مورد تحقیق و بررسی قرار داده حکم آن را از اصول کلی اسلام استنباط کند تا از لحاظ افقی نیز گسترش لازم را پیدا کند.».
از مجموعه آثار شهید صدر چنین بر می‌آید که وی عمده‌ترین انتقادها نسبت به متد اندیشه حوزه‌های علمیه را در 4 محور زیر قابل حصر می‌داند:
1 - اصل نبودن تحقیق و مطالعه قرآن
2 - تفسیر قرآن به روش تجزیه‌ای و نه روش موضوعی
3 - محدود شدن حرکت علمی فقها حول آیات الاحکام.
4 - قرآن در فهم مسائل ملاک نبوده و در صحنه عمل اجتماعی قرار ندارد.
از منظری دیگر فردی شدن فقه شیعه، جدایی از تحولات اقتصادی و اجتماعی جهان، مهجوریت قرآن، عدم برخورد مستقیم با واقعیات عینی و عمودی شدن فقه و عدم بسط افقی آن 5 عامل نقص فقه از نظر شهید صدر به شمار می‌رود.
شهید صدر در کتاب همراه با تحول اجتهاد، برای رفع این نقایص، تحول در اجتهاد را ضروری می‌داند که بر دو بنیاد عامل هدف و عامل فن استوار است. از نظر وی «منظور از هدف، همان نتیجه‌ای است که حرکت اجتهاد به خاطر آن انجام می‌گیرد و مقصود از فن، درجه ژرف‌نگری در شیوه‌های استدلال است که به دنبال دگرگونی در اندیشه‌های علمی، به اشکال مختلف ظاهر می‌شود.»
وی تاکید می‌کند «برای آن‌که ابعاد هدف را به روشنی درک نماییم، باید میان دو صحنه متفاوتی که برای منطبق شدن بر نظریه اسلام وجود دارد تفاوت قائل شویم: الف- یکی انطباق بر نظریه آن در صحنه زندگی فردی و به اندازه‌ای که به رفتار فرد و کارهای او مربوط می‌شود و ب- دیگری انطباق بر نظریه آن در صحنه اجتماعی و برپا داشتن زندگی جامعه بشری بر بنیاد آن، به گونه‌ای که روابط اجتماعی و اقتصادی و سیاسی، آن را ایجاب می‌کند.» شهید صدر معتقد است فقها به دلیل دوری از شرایط سیاسی، از استنباط اجتماعی نیز برکنار ماندند به نحوی که «در ذهن فقیه، اجتهاد با چهره فرد مسلمان ارتباط یافت و نه با چهره اجتماع مسلمان».
برکناری از حوزه اجتماع از منظر شهید صدر بر دو حوزه تفسیر نصوص و دیگری گرایش به روش تفسیر تجزیه‌ای به جای روش تفسیر موضوعی و توحیدی در تفسیر قرآن تاثیر گذاشت.
از نظر شهید صدر توجه به احکام فردی توجه به نیمی از هدف بوده و نیم دیگر آن یعنی سامان بخشیدن به زندگی اجتماعی مورد غفلت واقع شده است. از این رو «تاثیر یک سونگری و تنها یک نیمه از هدف را دیدن و رسوخ فردگرایی در تفسیر شریعت بر روش فهم نصوص شرعی قابل توجه است.
چنان که از یک سو می‌بینیم در روشنگری نصوص شخصیت پیامبر یا امام را به عنوان فرمانروا و سرپرست دولت ندیده می‌گیرند و در هر جا که از ناحیه پیامبر، منعی صادر شده باشد... آن را حمل بر ناروا بودن یا ناخوشایند بودن (حرمت یا کراهت) کاری در نزد پیامبر می‌کنند... از سوی دیگر نیز نصوص دینی را با روح تطبیق بر واقعیت خارجی، مورد تفسیر قرار نمی‌دهند تا قاعده‌ای از آن به دست آید.
شهید صدر معتقد است که این امر باعث شده تا مفسرین از دو روش متمایز یکی تجزیه‌ای و دیگری موضوعی، اغلب به روش تجزیه‌ای رجوع کنند. از نظر وی در روش تجزیه‌ای برنامه مفسر در چارچوب قرآن تنظیم شده و مفسر آیه به آیه قرآن را بر طبق تسلسلی که در تنظیم آیات در مصحف کریم، شکل گرفته است تفسیر می‌کند.
یعنی آیات قرآن را به قطعاتی تقسیم کرده، هر قطعه را با افزارهای مورد اطمینان برای تفسیر از قبیل ظهور لفظی آیه، روایاتی که در مورد آن رسیده، حکم عقل با توجه به آیات دیگری که به این آیه یا آیات از آنجا که مفهوم مشترکی دارند.. تفسیر می‌کند، تاریخ این روش از عهد صحابه است ... .
ابن ماجه طبری و دیگران در کتاب‌های تفسیر خود در اواخر قرن سوم و اوایل قرن چهارم همه قرآن را تفسیر کردند و پیشرفته‌ترین نمونه تفسیر تجزیه‌ای را نشان دادند. از نظر شهید صدر نقایص و خطرات تفسیر تجزیه‌ای بسیار است و از جمله می‌توان گفت: «هدف این تفسیر فقط فهم مدلول لفظی آیه است... با بررسی یک‌یک آیات، به زودی مفسر تجزیه‌ای از شناخت تعداد زیادی از معارف و مفاهیم قرآن برخوردار می‌شود، ولی به صورت پراکنده و روی هم انباشته شده، بدون آن که بتواند در پایان کار نظر قرآن را در مورد هر یک از زمینه‌های زندگی که آیاتی درباره آنها نازل شده است تعیین کند.
در تفسیر تجزیه‌ای، ارتباط و همبستگی بین آیات مورد توجه نیست...» مهمترین خطر این روش از نظر شهید صدر «تناقض‌های مسلکی فراوان در جامعه اسلامی است تا جایی که هر گروهی آیات قرآن را به مسلک و مذهب خود تفسیر به رای کرده‌اند». این موضوع در جهان اسلام، درگیری فرقه‌ای و مذهبی را تشدید کرده است.
شهید صدر در ادامه معتقد است که روش تجزیه‌ای منجر به « رکود اندیشه اسلامی در زمینه‌های قرآنی شد، جلو پیشرفت دائم آن را گرفت و کار تفسیر را عملی تکراری درآورد تا جایی که قرن‌های متوالی از تفسیرهای طبری، رازی و طوسی گذشت و هنوز اندیشه اسلامی قادر نبوده گامی در تفسیر از آنها فراتر نهد و یا چیزهای تازه‌ای بر تحقیقات اسلامی بیفزاید».
وی نخستین امتیاز و اختلاف اساسی میان روش تجزیه‌ای و روش موضوعی در تفسیر قرآن را در نقش مفسر می‌داند و معتقد است: «در روش تجزیه‌ای نقش مفسر منفی است، او فقط می‌شنود و یادداشت بر می‌دارد، در حالی که کار مفسر در تفسیر موضوعی (توحیدی) در هر حال و در هر عصر، با خود برداشتن کلیه مواریث بشری است. بنابراین قرآن در این تفسیر با واقعیت مربوط می‌شود و با واقعیت به هم می‌پیوندد، زیرا تفسیر از واقعیت خارج شروع شده، به قرآن منتهی می‌شود. نه این‌که از قرآن شروع شده، به قرآن ختم گردد و کاری به کار زندگی واقعی نداشته باشد.»
از نظر شهید صدر تفسیر موضوعی (توحیدی) عملی است فعال، با هدف که در نتیجه آن متن قرآن در یکی از حقایق بزرگ زندگی به کار گرفته می‌شود. روش شهید صدر به وجهی همان روش امیرالمومنین علی(ع) است که می‌گوید: «شما این قرآن را به سخن آورید، قرآن هیچ‌گاه سخن نمی‌گوید، ولی من از قرآن به شما خبر می‌دهم. بدانید قرآن دانش آینده و اخبار گذشته است، داروی دردهای شما قرآن است و این قرآن است که امور شما را به هم مربوط و با هم منتظم می‌سازد».