وی به مدت۲۵ سال در سازمان سیا آمریکا خدمت کرده است. جان برنان در دوره ۴ ساله اول ریاست‌جمهوری باراک اوباما یکی از نزدیک‌ترین افراد و مشاوران (مشاور ارشد در امور تروریسم) او بود.
وی در بسیاری از جلسات محرمانه امنیتی حضور داشته و به رئیس‌جمهور آمریکا مشاوره داده است.
برنان همچنین یکی از طراحان اصلی عملیات حمله به محل اختفای اسامه بن لادن در پاکستان و کشتن او بوده است.
ژانویه سال 2013 باراک اوباما، جان برنان مشاور ارشد خود را به به عنوان رئیس سازمان سیا انتخاب کرد.
سرانجام مارس سال 2013 اعضای سنای آمریکا با 63 رای موافق و 34 رای مخالف به حضور جان برنان در سازمان سیا رای مثبت دادند.