اگر به دست آوردن حداکثر مواد مغذی از چیزهایی که می‌خورید مورد توجه‌تان است، استفاده از مایکروویو شیوه ایمنی است و در فهرست شیوه‌های آماده‌سازی غذا که مواد مغذی را حفظ می‌کنند، نزدیک به راس فهرست قرار می‌گیرد.
اگر غذا را با مقدار اندکی آب با مایکروویو بپزید تا اساسا غذا از درون بخارپز شود، ویتامین‌ها و مواد معدنی غذا تقریبا بیش از هر روش دیگر پخت و پزی حفظ خواهد شد.
هنگامی که غذا را می‌پزید، مقداری از مواد مغذی خواه ناخواه از بین می‌روند. بهترین شیوه پختن برای حفظ مواد مغذی شیوه‌ای است که به سرعت باعث پخت غذا شود، غذا برای کمترین میزان زمان ممکن در معرض حرارت قرار دهد و از حداقل مقدار مایع برای پخت غذا استفاده کند. و پخت غذا با مایکروویو همه این خصوصیات را دارد.
مثلا اسفناج را در نظر بگیرید. اگر اسفناج را با آب روی اجاق بجوشانید ۷۰ درصد اسید فولیک موجود در آن از بین می‌رود. سرخ کردن گوشت در تابه باعث ایجاد نیتروزامین‌ها- مواد شیمیایی سرطان‌زا- در آن می‌شود، اما پختن گوشت با مایکروویو کمترین مقدار نیتروزامین را تولید می‌کند.
البته باید مراقب باشید که پخت و پز با مایکروویو را به درستی انجام دهید. قرار دادن سبزیجات با مقدار زیادی آب و پختن آن بیش از حد آن مواد مغذی آن را از بین می‌برد.
هنگامی که با مایکرویو غذا می‌پزید، آن را به طور فشرده‌ای بپوشانید تا محیط موثری برای پختن آن با بخار ایجاد شود.
البته بخارپز کردن روی اجاق هم شیوه خوبی است و در مواردی ممکن است حتی بهتر باشد. یک بررسی کوچک نشان داد که در کلم بروکلی‌های بخارپزشده روی اجاق مقدار بیشتری از ماده ضدسرطان سولفورافان نسبت به بروکلی‌های مایکروویوشده حفظ می‌شود.
اما در اغلب موارد استفاده مایکروویو برای پختن غذا در صورتی که به طور فشرده با مقدار اندکی مایع در یک ظرف مخصوص مایکروویو قرار داشته باشد، از لحاظ حفظ مواد غذایی مزیتی شمرده می‌شود.
البته پختن ممکن است باعث افزایش ارزش تغذیه‌ای در برخی از غذاها شود. برای مثال پختن گوجه فرنگی و هویج باعث می‌شود میزان بیشتری از کاروتنوئیدهای موجود در آنها در دسترس بدن قرار گیرد. یا پختن تخم مرغ باعث می‌شود بیوتین موجود در آن قابل‌هضم شود.
بالاخره اینکه گرما باعث می‌شود باکتری‌های موجود در مواد غذایی کشته شوند.