علل اصلی مسمومیت غذایی این عوامل بیماری‌زا هستند:
- ویروس‌ها و باکتری‌هایی مانند سالمونلا، نوروویروس، کمپیلوباکتر، ای کولای، لیستریا، کلستریدوم پرفرژنس.
- انگل‌ها مانند آغازی‌ها (گروهی از موجودات تک‌سلولی) از جمله ژیاردیا یا کرم‌های گرد.
- کپک، سموم و مواد آلاینده چه طبیعی و چه شیمیایی.