گذشته از آن که برخی کارشناسان لایحه بودجه سال آینده در حوزه اعتبارات پژوهشی و تحقیقاتی را دچار انحرافات متعدد از برنامه چهارم توسعه می‌دانند. چنان‌که دکتر قره‌یاضی، مدیر گروه تحقیقات و نوآوری‌های مرکز تحقیقات راهبردی مجمع تشخیص مصلحت نظام، روز شنبه در نشست پژوهش در بودجه سال 1387 گفت: در بند الف ماده 49 قانون برنامه چهارم آمده است که دانشگاه‌ها بدون الزام به رعایت قانون محاسبات عمومی، قانون استخدام کشوری و... اداره خواهند شد و اعتبارات هزینه‌ای، تملک دارایی‌های سرمایه‌ای و اختصاصی این مؤسسات، کمک تلقی شده و پس از پرداخت به هزینه قطعی منظور می‌شود در حالی که با کمال تعجب در لایحه بودجه سال 87 قید شده که تنها 50 درصد از اعتبارات هزینه‌ای و اختصاصی فصل توسعه علوم و فناوری و برنامه‌های پژوهش‌های کاربردی با تصویب هیات وزیران و بدون الزام به رعایت قوانین قابل اختصاص است.
قره‌یاضی با اشاره به محقق نشدن و اختصاص میزان بودجه مصوب در برنامه چهارم برای امر پژوهش گفت: مقرر شده که بودجه تحقیقات باید به 3 درصد برسد اما در پایان سال 85 مشخص شد که تنها 45/0 درصد از تولید ناخالص داخلی به امر تحقیقات و پژوهش اختصاص یافته است.
این استاد دانشگاه با اشاره به بند ه ماده 46 قانون برنامه چهارم توسعه گفت: بر اساس این بند باید سرمایه‌گذاری دولت در امر پژوهش و فناوری به میزان حداقل 3 درصد تولید ناخالص داخلی از محل اعتبارات عمومی افزایش یابد در حالی که بررسی اعتبارات اختصاص یافته در سال‌های اخیر خلاف این مسئله را نشان می‌دهد. وی گفت: تولید ناخالص داخلی در سال 1383 رقمی حدود یک میلیون و 406 هزار و 32 میلیارد ریال بوده که سهم پژوهش از این رقم تنها 52/0 درصد و معادل 7 هزار و 140 میلیارد ریال بوده است.
در سال 1384 تولید ناخالص داخلی به یک میلیون و 701 هزار و 214 میلیارد ریال رسید که سهم پژوهش از آن 63/0 درصد و معادل 10 هزار و 638 میلیارد ریال است. وی افزود: در سال 1385 کشور تولید ناخالصی در حدود دو میلیون و 38 هزار و 432 میلیارد ریال داشته که پژوهش باید 84/0 درصد این رقم یعنی در حدود 17 هزار و 123 میلیارد ریال آن را به خود اختصاص می‌داده ولی رقم اختصاص داده شده در بودجه همان سال چیزی در حدود 45/0 درصد تولید ناخالص یعنی 9 هزار و 173 میلیارد ریال است.
او ادامه داد: بر همین اساس بنا بر قانون برنامه چهارم توسعه در سال جاری کشور تولید ناخالص داخلی به میزان دو میلیون و 442 هزار و 41 میلیارد ریال دارد که سهم پژوهش از آن باید 13/1 درصد باشد اما در عمل تنها 38/0 درصد در لایحه بودجه امسال برای این امر در نظر گرفته شده، یعنی به جای اعتبار 27 هزار و 595 میلیارد ریالی رقمی حدود 9 هزار و 225 میلیارد ریالی به آن اختصاص یافته است.
قره‌یاضی گفت: تولید ناخالص داخلی در سال آینده باید به 2 میلیون و 925 هزار و 565 میلیارد ریال برسد که 5/1 درصد از آن یعنی 43 هزار و 883 میلیارد ریال باید به پژوهش اختصاص یابد در حالی که در بودجه سال آینده تنها 4/0 درصد از این رقم یعنی 11 هزار و 867 میلیارد ریال به پژوهش اختصاص خواهد یافت!
اظهارات این کارشناس مجمع تشخیص مصلحت نظام درحالی است که معاون علمی و فناوری رئیس‌جمهور نیز چند روز قبل، با اذعان به اینکه مبالغ اختصاص یافته به بودجه پژوهشی دانشگاه‌ها بسیار کم است و باید فکری به حال آن کرد، گفت: با همین مقدار بودجه اندک هم کارهای خوبی در عرصه پژوهش انجام شده و نباید انتظار بیشتری داشت بلکه باید به وضع فعلی بسنده کرد.
معاون پژوهشی وزارت علوم نیز چند روز قبل با گلایه از شیوه توزیع بودجه پژوهشی 87 گفته بود: راهبری و سیاستگذاری علم و فن‌آوری کشور، وظیفه قانونی وزارت علوم است اما زمانی که تنها 3 درصد از بودجه‌ای که برای این حوزه در نظر گرفته شده به وزارت علوم اختصاص می‌یابد، طبیعی است که نباید از این وزارتخانه انتظار برنامه‌ریزی برای علم و فن‌آوری را داشت.