دانشکده پزشکی در سال 1313 تأسیس شد و بعد از انقلاب به همراه کلیه بخش‌های وابسته به عنوان دانشگاه علوم پزشکی تهران از وزارت آموزش عالی جدا شد و تحت نظارت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی قرار گرفت.
دانشگاه علوم پزشکی تهران قدیمی‌ترین مرکز آموزش عالی نوین کشور و بزرگترین دانشگاه علوم پزشکی است.
این دانشگاه در آغاز هشتمین دهه تأسیس موفق به دستیابی به ممتازترین مراتب علمی کشور شد که بارزترین آن کسب عنوان برترین دانشگاه علوم پزشکی کشور می‌باشد.
در آبان سال 1389 دانشگاه علوم پزشکی تهران با دانشگاه علوم پزشکی ایران ادغام شد. اما 18 فروردین سال 1392 دانشگاه علوم پزشکی ایران با تصویب شورای گسترش آموزش پزشکی وزارت بهداشت، مجدداً از دانشگاه علوم پزشکی تهران منتزع و به صورت مستقل تشکیل شد.
دانشگاه علوم پزشکی تهران دارای 36 مرکز تحقیقاتی است که عبارتند از:
- مرکز تحقیقات علوم و تکنولوژی در پزشکی
- مرکز ملی مطالعات اعتیاد
- مرکز تحقیقات هماتولوژی، انکولوژی و پیوند سلولهای بنیادی
- مرکز آموزش و پژوهش بیماریهای پوست و جذام
- مرکز تحقیقات ایمونولوژی ،آسم و آلرژی
- مرکز تحقیقات تروما و پژوهشهای جراحی
- مرکز تحقیقات بهداشت باروری ولیعصر
- مرکز تحقیقات پزشکی ورزشی
- مرکز تحقیقات علوم دارویی
- مرکز تحقیقات محیط زیست
- مرکز تحقیقات کانسر
- مرکز پژوهشهای علمی دانشجویان
- مرکز تحقیقات دندانپزشکی
- مرکز تحقیقات بانک فرآورده‌های پیوندی
- مرکز تحقیقات غدد و متابولیسم
- مرکز تحقیقات روماتولوژی
- مرکز تحقیقات بیماریهای مغز و اعصاب
- مرکز تحقیقات اخلاق و تاریخ علوم پزشکی
- مرکز تحقیقات ترمیم ضایعات مغزی نخاعی
- مرکز تحقیقات گوش، حلق و بینی
- مرکز تحقیقات گیاهان دارویی
- مرکز تحقیقات روانپزشکی
- مرکز تحقیقات ارولوژی
- مرکز تحقیقات قلب تهران
- مرکز تحقیقات بیماریهای گوارش و کبد
- مرکز تحقیقات چشم پزشکی
- مرکز تحقیقات رشد و تکامل کودکان
- مرکز تحقیقات ایدز
- مرکز تحقیقات نانو فنآوری
- مرکز تحقیقات پزشکی هسته ای
- مرکز تحقیقات توسعه اجتماعی و ارتقاء سلامت
- پایگاه تحقیقات جمعیتی
- مرکز تحقیقات ارولوژی اطفال
- مرکز تحقیقات ایمونولوژی ملکولی
- مرکز تحقیقات بیماری های عفونی اطفال
- مرکز تحقبقات علوم قرآن , حدیث و طب