در سال ۱۳۶۵ مرکز آموزش عالی امام حسین (ع) توسط شورای گسترش وزارت علوم، تحقیقات و فن‌آوری مورد تایید و تصویب قرارگرفت و در سال ۶۶ به‌عنوان یک دانشگاه جامع متشکل از دانشکده‌های علوم پایه، فنی مهندسی و علوم پزشکی و علوم انسانی به رسمیت شناخته شد.
در سال ۱۳۶۹ دانشکده علوم پایه نظامی، به مجموعه دانشگاه اضافه شد و با تبدیل دانشکده علوم پزشکی به دانشگاه علوم پزشکی بقیه‌الله (عج) دانشکده مزبور رسماً از دانشگاه جدا شد.
دانشگاه امام حسین(ع) از طریق آزمون سراسری در مقطع کارشناسی رشته‌های مهندسی برق (الکترونیک، مخابرات)، مهندسی کامپیوتر (نرم افزار)، مهندسی مکانیک (طراحی جامدات، حرارت و سیالات)، مهندسی عمران، مهندسی هوافضا، مهندسی صنایع (تولید صنعتی)، مهندسی فن آوری اطلاعاتIT، ریاضی (کاربردی)فیزیک، شیمی، زیست‌شناسی سلولی ملکولی و میکروبیولوژی، هوا نوردی، جغرافیای سیاسی، نظامی، عملیات کشوری، حقوق، مدیریت صنعتی، علوم اقتصادی، مدیریت زنجیره تامین (آماد)، تربیت بدنی و علوم ورزشی، اطلاعات نظامی و علوم سیاسی دانشجو می‌پذیرد.
در مقطع کارشناسی ارشد نیز از طریق آزمون سراسری در رشته‌هایی چون: طراحی کاربردی، مخابرات رمز و سیستم دانشجو می‌پذیرد.
دانشگاه امام حسین(ع) دو بخش مجزا و جداگانه دارد: دانشکده افسری (دوره روزانه) که مخصوص افرادی است که در آینده کادر سپاه خواهند شد و از طریق آزمون سراسری و آزمون‌های داخلی سپاه پذیرش و گزینش می‌شوند و دیگری بخش دولتی (دوره شبانه و غیر بورس) است که از کنکور سراسری پذیرش می‌گیرد و زیر نظر وزارت علوم اداره می‌شود.
دانشکده‌های دانشگاه امام حسین (ع):
- دانشکده‌های فنی و مهندسی
- دانشکده مهندسی مکانیک و هوافضا
- دانشکده مهندسی عمران
- دانشکده مهندسی برق و کامپیوتر
- دانشکدهٔ علوم پایه
- دانشکده فیزیک
- دانشکده شیمی
- دانشکده علوم ریاضی
- دانشکده علوم انسانی
دانشگاه امام حسین (ع) در سال 1387 با تصویب فرمانده کل قوا، به دو دانشگاه افسری و تربیت پاسداری امام حسین(ع) و دانشگاه جامع امام حسین(ع) تفکیک شد.