در پی فرمان امام خمینی (ره) در تاریخ 23/3/59 مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی، ستاد مزبور در جلسه مورخ 16/5/59 به منظور تحقق بخشیدن به اهداف انقلاب فرهنگی، جهاددانشگاهی را به عنوان یک نهاد انقلابی و برخاسته از انقلاب فرهنگی تاسیس کرد.
پس از تبدیل ستاد به شورای عالی انقلاب فرهنگی، اساسنامه این نهاد در 65 مورد تجدیدنظر قرارگرفت و با حذف وظیفه مشارکت در مدیریت اداره دانشگاه‌ها و تاکید بر انجام فعالیت‌های فرهنگی و تحقیقاتی به منظور اسلامی شدن دانشگاه‌ها به تصویب رسید.
شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال 1369 مصوبه‌ای تصویب کرد که در آن جهاددانشگاهی به عنوان پلی میان دانشگاه و بخش صنعتی، خدماتی کشور معرفی شد.
در این مصوبه دو وظیفه عمده انجام تحقیقات علمی و فعالیت‌های فرهنگی همچنان به عهده این نهاد می‌باشد.