بعد از اخذ دیپلم به دانشکده خلبانی رفت و در مهر سال 1347 پس از گذراندن تحصیلات در ایران و آمریکا به درجه ستوان دومی نایل آمد.
براتپور بعد از آن شروع به پرواز با هواپیمای F5 در رادارهای تاکتیکی کرد و تا سال 1351 با آن هواپیماها 1000 ساعت پرواز انجام داد.
از آن سال به بعد پرواز با هواپیمای F4 را آموزش دید و مهر سال1357 هم برای آموزش‌های مدیریتی به امریکا رفت و دو ماه مانده به انقلاب به کشور برگشت.
سرتیپ براتپور در این باره گفته است: وقتی ما می‌خواستیم به ایران بیاییم؛ یکی از مدیران آمریکایی ما که رابط میان نیروی هوایی و ارتش آمریکا بود، نزد ما آمد و گفت «شما افسر ارشد هستید؛ انقلاب در حال پیروزی است. ما به شما کار می‌دهیم و شما می‌توانید برای فروختن منزل و جمع کردن وسایل زندگی به ایران بروید و برگردید». اما من قبول نکردم و گفتم وطنم ایران است و حتی اگر بمیرم، دوست دارم آنجا باشم.
وی اوایل آذرماه سال 1357 در پایگاه ششم شکاری بوشهر مشغول به کار شدپس از پیروزی انقلاب، وی چون دوره‌های مدیریت نگه‌داری را در آمریکا دیده بود، به جای شهید کشواد که معاون لجستیکی پایگاه بوشهر بود انتخاب شد.
یک سال بعد، پس از جریانات پاوه که محمدنوژه شهید شد، سرلشکر باقری فرمانده وقت نیروی هوایی از براتپور خواست که به همدان برود.
وی در همدان هم معاون لجستیکی بود و هم اینکه پرواز می‌کرد تا اینکه کودتای نوژه اتفاق افتاد و از آن پس معاونت عملیاتی پایگاه را هم بر عهده وی سپرده شد.
فرج‌الله براتپور مهر سال 1360 جانشین پایگاه ششم شکاری بوشهر شد و سال 1362 به دانشکده فرماندهی ستاد رفت و سپس به مدت دو سال فرمانده پایگاه همدان شد.
بعد از آن به مدت 5 سال و نیم فرمانده منطقه هوایی شیراز بود و در آخر هم به مدت 4 سال و نیم رئیس اداره بازرسی نیروی هوایی بود تا این که بازنشسته شد.
فرج‌الله براتپور بدون شک یکی از بزرگترین و سرشناس‌ترین خلبانان تکخال جنگنده اسطوره‌ای فانتوم در دنیا است.
این بزرگمرد عرصه نبرد با دشمن، قهرمان بلامنازع عملیات‌های برون مرزی، بمباران و انهادم اهداف بسیار استراتژیک و فوق حفاظت شده عراقی در عمق خاک دشمن را در کارنامه دارد.
فرج‌الله براتپور برنامه‌ریز و فرمانده عملیات اچ 3 بوده است. این عملیات در نوع خود بی‌نظیرترین عملیات هوایی به حساب می‌آید.
وی همچنین در این عملیات فرمانده گروه سوم بود و در عملیات اچ 3 پایگاه الولید را شجاعانه بمباران کرد.
سرتیپ خلبان براتپور، درباره روز عملیات اچ 3 می‌گوید: «برنامه اجرای ماموریت طوری طراحی شده بود که حمله در زمان تعویض شیفت نیروهای عراقی انجام شود. با توجه به اینکه نمی‌خواستم کسی از این ماموریت بویی ببرد از مدتها قبل به فکر آماده نگه داشتن تعدادی هواپیما برای انجام این عملیات بودم و حتی مهماتی را که از ماموریتهای قبلی باقی مانده بود دستور دادم انبار کنند و بدین صورت روز عملیات تعداد 10 هواپیمای مجهز به بمب آماده عملیات بود. در آن روز حتی دستور دادم تا تمام ارتباطات مخابراتی پایگاه و منازل سازمانی نیز قطع شود. در این مدت سعی می‌کردم تا همه چیز را عادی جلوه دهم. حتی وقتی خلبان ایرج عصاره که از خلبانان خوب پایگاه بود از من مرخصی خواست با او موافقت کردم.»
