آغاز فعالیت‌های موسیقاییاین موزیسین، ردیف دان و نوازنده تار و سه تار، به سال 1350 خورشیدی مربوط می‌شود؛ سالی که به هنرستان عالی موسیقی ملی ایران راه یافت. نفر هفت سال در هنرستان به آموختن موسیقی پرداخت و توانست دیپلم هنرستان را به دست آورد. او در تمامی این سال ها به عنوان شاگرد اول کلاس خود دست یافت و همین امر سبب شد تا بعدها استاد محمود کریمی که با توانایی و خلاقیت نفرآشنا می شود، او را به مرکزحفظ و اشاعه موسیقی و دکتر داریوش صفوت، مدیر این مرکز، معرفی می‌کند و نفر نوجوان که هنوز دو سالی به اخذ دیپلم هنرستانش باقی مانده بود، گام در وادی حرفه‌ای موسیقی می‌نهد.
از جمله استادانی که او در هنرستان از آنها کسب هنر و دانش کرد می توان به رضا وهدانی، نخستین معلم تار او،حبیب الله صالحی یاد کرد.
به گفته نفر بعد از سه سال استاد رضا وهدانی او را به کلاس استاد علی اکبرخان شهنازی،چهره نامدار عرصه تارنوازی و ردیف دان شناخته شده می برند.
نفر درباره حضور خود در کلاس شهنازی می گوید:«استاد شهنازی از من خواست قطعه ای را اجرا کنم. بنده نیز قطعه ای را اجرا کردم و استاد شهنازی مرا به شاگردی خود پذیرفتند.در حالی که این کار در قاعده و روال عادی کار هنرستان نبود و استاد شهنازی به دانشجویان،یعنی آنهایی که بالاتر از مقطع دیپلم را می گذراندند آموزش می داد. اما من سه سال مانده بود تا دیپلم بگیرم. آغاز تلمذ بنده در خدمت ایشان از سال 53-54 بود.
ورود نفر به مرکز حفظ و اشاعه سبب شد تا او با هنرمندانی چون سعید هرمزی،یوسف فروتن،عبدالله خان دوامی و غلامحسین بیگجه خانی آشنا شود و از محضر استاد هرمزی و فروتن به شکل مستقیم بهره ببرد و در کنار آن به حشر و نشر با دیگر بزرگان موسیقی بپردازد.
نفر در سال 1357 با کسب رتبه نخست هنرستان و رتبه اول رشته موسیقی وارد دانشگاه هنرهای زیبای دانشگاه تهران در رشته موسیقی شد.
شرایط ابتدای انقلاب و تعطیلی دانشگاه ها و در ادامه توقف فعالیت رشته موسیقی در دانشگاه سبب شد تا نفر گرایش فلسفه را برای ادامه تحصیل انتخاب کند.او فلسفه غرب و الهیات را تا مقطع کارشناسی و فلسفه اسلامی را تا مقطع کارشناسی ارشد ادامه داد.
او در سال 1359 قطعاتی را برای شبکه دوم تلویزیون ساخت و تکنوازی کرد که در همان زمان از این شبکه پخش شد.
سال 1360 و با تاسیس حوزه هنری سازمان تبلیغات اسلامی( حوزه اندیشه وهنر اسلامی) وارد این مرکز شد و به همراه حسام الدین سراج در شکل گیری واحد موسیقی حوزه هنری نقشی تعیین کننده ایفا کرد. بعدها سید عبدالحسین مختاباد و رضا مهدوی هم به این جمع پیوستند.
نفر در سال های اولیه دهه شصت توانست مجموعه نینوا را با صدای حسام الدین سراج انتشار دهد. آثاری که از جمله قطعات خاطره انگیز زمان جنگ و انقلاب به شمار می روند. بعد از انتشار نینوای یک و دو با صدای سراج، نفر با سراج کاری ویژه انجام داد که همانا دو آلبوم وصل مستان و شمس الضحی را می توان نام برد ؛ آثاری که درزمان انتشار خود به عنوان ابتکاری تازه در موسیقی بداهه نوازی نام گرفت و حتی محمدرضا لطفی ، آهنگساز و نوازنده برجسته تار، از آنها به عنوان آثاری در خور اعتنا و مبتکرانه یاد کرد.
آلبوم باغ ارغوان، با صدای سراج و سرپرستی و آهنگسازی نفر و نیز البوم یادیار( به یاد امام خمینی) از دیگر کارهای نفر به شمار می رود.
نفر سپس همکاری های جسته وگریخته ای را با هنرمندان دیگری سامان داد که از جمله آنها همکاری با شهرام ناظری در یک کنسرت و نیز اجرای چند کنسرت غیر رسمی با این خواننده شهیر در شهرستان بود.
آلبوم های فکر نو و یاس «خاکستری،آبی» در سه سی دی از جمله کارهای دیگر محسن نفر در عرصه تکنوازی و بداهه نوازی به شمار می رود.
نفر در زمینه آموزش ردیف و نیز درک و دریافتی که از ردیف دارد، نیز دستی چیره دارد، او را باید از چیره دست ترین نوازندگان تار و سه تار به شمار آورد که با نگاهی متفاوت به ردیف و نیز درکی پیچیده از موسیقی ایرانی، کارهای ارزشمندی را ارائه داده است. صدای ساز نفر از تشخص و استقلال خاصی برخوردار است و هویت خاص خود را دارد.
انتشار ردیف موسی خان معروفی به روایت نفر در 20 سی دی از سوی مرکز موسیقی حوزه هنری از جمله کارهای شاخص او به شمای می رود. خود آموز تار و سه تار به صورت صوتی وتصویری ، شامل 16 دی وی دی از دیگر کارهای او به شمار می رود.
محسن نفر دستی هم در موسیقی فیلم دارد و موسیقی فیلم آثاری چون بلمی به سوی ساحل،گورگن،مرگ دیگری،هودج و نمایش صابرین از جمله کارهای او به شمار می رود.
او در سال های میانی دهه هشتاد یک گروه موسیقی به نام غوغا هم تشکیل داد که با صدای حسین علیشاپور اجراهایی را در جشنواره موسیقی فجر به انجام رساند و بعد از آن هم چند اجرا در داخل و خارج از ایران با همین گروه به صحنه برد.
