بنابراین از دیدگاه صدرا سیاست از شریعت قابل تفکیک نیست بلکه تابع شریعت است. او می‌گوید: «نسبت نبوت به شریعت مانند نسبت روح است به جسدی که در آن روح باشد و سیاست عاری از شریعت مانند جسدی است که در آن روح نباشد».
در واقع ملاصدرا اندیشه سیاسی خود را براساس آموزه‌های تشیع بیان کرده و هماهنگی بیشتری با نظام سیاسی ایده‌آل شیعه دارد. صدرا در سیاست به فلسفه سیاسی فارابی نظر خاصی داشته و با تاثیر‌پذیری از فارابی تلاش کرده که افکار سیاسی خود را هر چه بیشتر با نظریه امامت در نزد شیعه هماهنگ کند. در واقع برای اندیشه سیاسی شیعه در باب « امامت» مبنای فلسفی مطرح کرده است.
انسان‌شناسی ملاصدرا با معادشناسی شیعی که به صورت انتظار ظهور امام دوازدهم به عنوان ظهور انسان کامل بیان می‌شود، مطابقت کامل دارد. این انسان‌شناسی با نظریه مربوط به تکوین جهان و نفس پیوند دارد که عبارت است از هبوط انسان در اسفل‌السافلین و صعود تدریجی آن تا صورت انسانی به عنوان نقطه ظهور آن در آستانه ملکوت و تداوم انسان‌شناسی در طبیعیات و مابعد‌الطبیعه معاد. در این صورت، مفهوم ماده نه مفهوم اصالت مادی خواهد بود و نه مفهوم اصالت روحی. ماده از حالات بی‌شمار گذر می‌کند: ماده‌ای لطیف، روحانی و حتی الهی وجود دارد.
ملاصدرا در بیان مقام نبوت گفته است:« کسی دارای رتبه خلافت الهی و مستحق ریاست بر خلق و صاحب رسالت و مبعوث خدای تعالی است که به مقام و مرتبه جامعیت در نشئات سه‌‌گانه عقلی، نفسی و حسی رسیده باشد، یعنی در نشئه روح از سنخ ملکوت اعلی و در مراتب نفس و حس از سنخ ملکوت اوسط و اسفل است و به همین جهت شایستگی خلیفه الهی و مظهریت جامع اسمای الهی دارد.» در نظر او هر پیامبری فیلسوف و حکیم است هر چند که همه حکیمان و فیلسوفان پیامبر نیستند.
بنابراین درنظر ملاصدرا مقام نبوت رجحان دارد؛ چه همه پیامبران علم حکما و فلاسفه را دارند؛ اما فیلسوفان به مقام جامعیت پیامبران نمی‌رسند. ملاصدرا می‌گوید:« پیامبر آن کسی است که با کشتی وحی انسان‌ها را از یک طرف اقیانوس ناآرام زندگی به طرف دیگر آن می‌برد و حال آن‌که فیلسوف می‌خواهد با تلاش به واسطه نیروی خود از یک طرف ساحل به طرف دیگر ساحل برسد.» صدرا، هماهنگ با آموزه‌های سیاسی تشیع در باب«نبوت» و «امامت» بر این اعتقاد است که با وفات پیامبر اسلام(ص) دوران نبوت به پایان رسیده و دوران «امامت» یا «ولایت» در اسلام آغاز شده است.
این دوران با امامت 12 امام شیعیان آغاز می‌شود و تا ظهور امام دوازدهم که موقتا غایب است و در آخر‌الزمان ظهور خواهد کرد، ادامه خواهد داشت. سلسله ولایت در معنای وسیع کلمه با شیث آغاز می‌شود و منزلت وی نسبت به آدم، همان منزلت علی(ع) نسبت به پیامبر اسلام(ص) یعنی جانشینی و امامت بود.
بنابراین ملاصدرا برای این اعتقاد شیعی مبنایی فلسفی پیدا می‌کند. مطابق نظر ملاصدرا این حقیقت دو جنبه دارد که یکی ظاهر و دیگری باطن آن است. همان طور که حضرت محمد(ص) مظهر نبوت بود، نخستین امام، یعنی حضرت علی(ع) و اخلاف او نیز مظهر «ولایت»اند.
هنگامی که امام «منتظر» یا مهدی در آخر زمان ظهور کند معنی کامل وحی الهی به ظهور خواهد رسید و بشر به آئین یکتاپرستی اولیه‌ای بازخواهد گشت که با ابراهیم (ع) تاسیس و با حضرت محمد(ص) تثبیت شد.
ملاصدرا هماهنگ با اندیشه سیاسی شیعه در باب «امامت» می‌گوید:« نظام دین و دنیا جز با وجود امامی که مردمان به او اقتدا، و از او پیروی کنند و راه هدایت و پرهیزکاری را از وی بیاموزند، درست نمی‌آید و نیاز به او در هر زمان مهم‌تر و بالاتر است از نیاز به خوراک و پوشاک‌شان و آن چه در روند این‌ها از منافع و ضروریات است.»
