وی در سال ۱۳۵۶، در رشته معماری در دانشگاه پذیرفته شد و فعالیت‌های سیاسی خود را نیز در همان دوران شروع کرد.
در جریان مبارزات مردم انقلابی تهران، همدوش مردم و دانشجویان در تظاهرات شرکت کرد و در آستانه پیروزی انقلاب نیز دستگیر و به زندان افتاد.
پس از ماجرای انقلاب فرهنگی و بسته‌شدن دانشگاه‌ها، در جهاد علمی دانشگاه به فعالیت ادامه داد و پس از شروع جنگ به عنوان یک بسیجی عازم جبهه‌ها شد و در سال ۱۳۶۰ به عضویت سپاه پاسداران انقلاب اسلامی درآمد.
فرمانده جدید سپاه پاسداران به دلیل ضرورت جبهه‌ها تا پایان جنگ به صورت پیوسته و به عنوان فرمانده قرارگاه‌های عملیات غرب و جنوب مشغول خدمت شد که از جمله مسئولیت‌های وی، معاونت عملیات سپاه سوسنگرد و فرماندهی تیپ عاشورا، قرارگاه قدس و قرارگاه نجف است.
جعفری پس از پایان جنگ برای ادامه تحصیل به دانشگاه مراجعه کرد و در سال ۱۳۷۱ موفق به اخذ مدرک کارشناسی ارشد در رشته معماری شد.
جعفری همزمان با تحصیل نیز به عنوان، مسئول عملیات ستاد مشترک و جانشین نیروی زمینی سپاه مشغول فعالیت بود و از سال ۱۳۷۱ مسئولیت فرماندهی نیروی زمینی سپاه را به مدت ۱۳ سال بر عهده گرفت، که در ۵ سال آخر آن، مسئولیت فرماندهی قرارگاه ثارالله تهران نیز بر عهده وی بود.
آخرین مسئولیتی که از سال ۱۳۸۴ تاکنون از سوی فرماندهی معظم کل قوا به وی محول شده بود، راه‌اندازی مرکز راهبردی سپاه بوده است.
محمدعلی جعفری، فرمانده کل سپاه پاسداران، تاکنون سوابق درخشانی را در بخش‌های مختلف این نیرو به‌جا گذاشته است.
رهبر معظم انقلاب اسلامی سردار سرلشکر پاسدار محمدعلی جعفری را در روز یکشنبه اول اردیبهشت ۱۳۹۸ به مسئولیت قرارگاه فرهنگی و اجتماعی حضرت بقیةالله الاعظم منصوب کردند.
