او در جبل عامل در ناحیه شام و سوریه در روستایی به نام "جبع" یا "جباع" می‌زیست.
10 ساله بود که پدرش عزالدین حسین عاملی از بزرگان علمای شام بسوی ایران رهسپار شد و چون به قزوین رسیدند و آن شهر را مرکز دانشمندان شیعه یافتند، در آن سکنی گزیدند. بهاءالدین به شاگردی پدر و دیگر دانشمندان آن عصر مشغول شد.
او در اندک مدتی چنان پیشرفت کرد که به صورت یک چهره بارز و یکی از مشهورترین مردان دوره صفوی شد.
بهاءالدین نه تنها عالم دینی و مردی متکلم بود بلکه ریاضیدان، مهندس، معمار و کیمیادان بود از علوم غریبه نیز آگاهی داشت. تحصیل علوم ریاضی را از نو زنده کرد و رساله‌هایی در ریاضیات و نجوم نوشت که آنها را از تلخیص آثار گذشتگان فراهم آورده بود.
کتاب‌های خلاصة‌الحساب در ریاضی و تشریح الافلاک در نجوم از اوست. بهائی آثار برجسته‌ای به نثر و نظم پدید آورده است.
یکی از نمونه کارهای بهایی نخست تقسیم آب زاینده رود به محلات اصفهان و روستاهای مجاور رودخانه است که معروف است هیئتی در آن زمان از جانب شاه عباس به ریاست شیخ بهائی مأمور شد و ترتیب بسیار دقیق و درستی برای حق آب هر ده و آبادی و محله و بردن آب و ساختن مادی‌ها داد که هنوز به همان ترتیب معمول است و اصل طومار آن در اصفهان موجود است.
یکی دیگر از کارهای شگفت که به بهائی نسبت می‌دهند، ساختمان گلخن گرمابه‌ای است که هنوز در اصفهان مانده و به حمام شیخ بهائی یا حمام شیخ معروف است.
این حمام در میان مسجد جامع و هارونیه در بازار کهنه نزدیک بقعه معروف به درب امام واقع شده و مردم اصفهان از دیر باز همواره عقیده داشتند که گلخن آن گرمابه را بهائی چنان ساخته که با شمعی گرم می‌شد.
در زیر پاتیل گلخن فضای خالی تعبیه کرده و شمعی روشن زیر آن گذاشته و آن فضا را بسته بود و شمع تا مدت‌های مدید همچنان می‌سوخت و آب حمام به این وسیله گرم می‌شد.
او خود گفته بود که اگر روزی آن فضا را بشکافند، شمع خاموش می‌شود و گلخن از کار می‌افتد. می‌گویندباستان‌شناسان خارجی برای فهمیدن روش کار این گرمابه دیوار آن را شکافتند و شمع از کار افتاد.
باستان‌شناسان امروزی معتقدند که دلیل گرم شدن گرمابه با یک شمع کانالی بود که شیخ بهایی در بالای شمع تعبیه کرده بود. این کانال در حقیقت لوله تهویه فاضلاب حمام بود که گازهای آن بر اثر شعله شمع شعله‌ور می‌شد و آب را گرم می‌کرد.
همچنین طراحی منار جنبان اصفهان که هم اکنون نیز پا برجاست به او نسبت داده می‌شود.
بهترین منبع برای گردآوری اشعار بهائی، کشکول است تا جائی که به عقیده برخی محققان، انتساب اشعاری که در کشکول نیامده است به بهائی ثابت نیست.
از اشعار و آثار فارسی بهائی دو تألیف معروف تدوین شده است. یکی به کوشش سعید نفیسی با مقدّمه‌ای ممتّع در شرح احوال بهائی، دیگری توسط غلامحسین جواهری وجدی که مثنوی منحول « رموز اسم اعظم » (ص 94 ـ 99) را هم نقل کرده است. با این همه هر دو تألیف حاوی تمام اشعار و آثار فارسی شیخ نیست.
- فراموشی طومار 400 ساله شیخ‌بهایی
- شیخ بهایی؛ شیخ شورانگیز شیرین کار
- سال 2009 به نام شیخ بهایی
- نان و حلوای اخلاق و فلسفه
- خانه‌بی‌سندشیخ بهایی
- رازهای جاودانه
او در سال ۱۰۳۱ ه.ق در اصفهان درگذشت و بنابر وصیت خودش جنازه او را به مشهد بردند و در جوار مرقد مطهر حضرت علی بن موسی الرضا علیه السلام جنب موزه آستان قدس دفن کردند
