لذا در دوران معاصر برخی از تحلیلگران و اندیشمندان کوشیده‌اند تا مابین اندیشه‌های سیاسی امام و رویکردهای عرفانی و فلسفی وی نسبتی قائل هستند، تعبیراتی چون عرفان سیاسی، حرکت جوهری در سیاست و... از این دست هستند.در آستانه سالگرد ارتحال امام‌خمینی مطلب حاضر نگاه کوتاهی دارد به برخی از وجوه عرفانی و فلسفی وی.
در عرفان نظری، امام‌خمینی از پیروان شیخ اکبر محی‌الدین ابن عربی است و به این نظام فکری برای دستیابی به معرفت جهت وصول به حقیقت، باور و اعتقاد کامل دارد و دیگران را نیز برای فهم حقیقت، به این نظام فکری به عنوان یکی از راه های شناخت دعوت میکند. نگاهی به آثار امام نشان می‌دهد که ایشان در بررسی مسائل عرفانی و تفسیر آیات و روایات و ادعیه به این نظام پایبند است.
در شرح چهل حدیث (در شش حدیث آخر)، شرح دعای سحر، اسرار الصلاه و کتاب عظیم «مصباح‌الهدایه‌الی خلافه و الولایه» در بعد نظری، ما برابر عارفی دقیق و متفکر که دارای یک نظام فکری و نظری منسجم و ابتکار و قریحه‌ای سرشار است، قرار داریم.
این عارف بزرگ مسائل را با دقت، موشکافی کرده و مبانی نظری را شرح و بسط می‌دهد و از اصطلاحاتی چون: انسان کامل، قوس صعود و نزول، اعیان ثابته و... به همان معنی مکتب‌ابن عربی استفاده میکند اما شارح محض این مکتب نیست و در بسیاری از مباحث، نظر اجتهادی و تنبیهات و اعتراضات خویش را در کمال شجاعت و آزادگی به پیروان ابن‌عربی بیان میکند. برای مثال در باب اسم رحمان و رحیم، اعتراض و تنبیهی به جناب قیصری دارد.
قیصری معتقد است اگر حقیقت وجود را فقط به شرط کلیات اشیا دانستیم، مرتبه اسم رحمان است و اگر به شرط کلیات به نحوی که جزئیاتی در آن مفصل و ثابت بوده و بدون آنکه ازکلیاتش در احتجاب باشد، آن مرتبه اسم رحیم است اما مرحوم امام(ره) این سخن قیصری را کامل نمی‌داند و معتقد است این توجیه صحیح اما ناقص است و مناسب‌تر آن است که مرتبه اسم رحمان مرتبه بسط وجود بر همه عوالم کلی و جزیی و مرتبه رحیم را مرتبه کمال وجود به کلیات و جزئیات آن قرار دهیم.
نمونه دیگر، در تعلیقات امام(ره) بر شرح قیصری بر فصوص‌الحکم است که در باب جوهر و اعراض با قیصری به مناقشه می‌پردازند.همچنین، در مصباح‌الهدایه مهم‌ترین مباحث علم‌الاسماء و خلافت محمدی و ولایت علوی با بیان و کلام موجز و شیوا برای اهل تحقیق توضیح داده شده است.
مرحوم امام(ره) معتقد است که شناخت صحیح که همان غایت معرفت اهل مکاشفه است، عبارت است از درک عجز و ناتوانی در شناخت ذات حضرت حق، به همین جهت به بحث اسما و صفات به عنوان حجب نوری آن غیب‌الغیوب می‌پردازد. ایشان اولین ظهور مظاهر اسم اعظم را مقام رحمان و رحیم می‌داند که از اسماء جمال هستند و به همین دلیل که تجلی اول هستند، از غضب حضرت حق که در تجلی متأخر از رحمان و رحیم است سبقت دارند.
استاد مرحوم علامه سید جلال‌الدین آشتیانی معتقد است که سه کتاب شرح دعای سحر، مصباح‌الهدایه الی خلافه و الولایه و اسرار الصلاه به خاطر سطح عالی مطالب و شیوه بیان، از عالی‌ترین و ماندگارترین کتب عرفانی هستند.
از طرف دیگر با بررسی زندگی امام‌خمینی به دو دوره مهم در سیره عملی و سلوکی ایشان برمی‌خوریم؛ یکی دوران تحصیل به خصوص هنگامی که خدمت آیت‌الله شاه‌آبادی را درک می‌کردند و دیگری از سن 27 سالگی به مدت حدود 10 سال که امام‌خمینی بیشتر اوقات خویش را به مجاهدت و ریاضت و سیر در آفاق معرفت نفس و معرفت رب مشغول بوده‌اند.
در دوره اول، ایشان به همراه استاد به تکمیل علم و شناخت راه و گذشتن از معبر دنیا و ورود به عالم ملکوت مشغول بودند و سیر «من‌الخلق الی‌الحق» و نیز «فی‌الحق بالحق» را به پایان رساندند. کتاب پرارج شرح دعای سحر ره‌آورد این سفر معنوی است.
اما در دوره دوم، ایشان در یک حرکت عمیق و پربرکت به عالی‌ترین مراتب معرفت نفس دست یافتند و سپس با دیده الهی خلق را شناخته (سیر من الحلق الی الخلق بالحق) و در نهایت در کثرات عالم با دیده وحدت بین سفر کرده و توحید ناب و صمدی را با تمام وجود یافتند.ره آورد این مرحله در عالم علم به صورت بعضی آثار قلمی همچون «اسرار الصلاه»، «شرح اربعین حدیث» و «مصباح الهدایه الی خلافه و الولایه» برای سالکان عرضه شده است و در عالم عین به تأثیر نفس انسان کامل در نفوس، آدمیان و بیدار کردن هزاران هزار انسان خفته منجر شد.
با نگاهی به چهل حدیث و شرح حدیث جنود عقل و جهل با بیاناتی روبه‌رو می‌شویم که نه‌تنها نسخه درد سالکان، بلکه برای قلوب مستعد، عین دواست و این جز از انسان کاملی که در قله انسانیت ایستاده و حقایق عالم غیب و شهود را رصد میکند، امکان‌پذیر نیست.
در مقام فلسفه امام خمینی نیز باید گفت: ایشان از فلاسفه صدرایی و پیروان حکمت متعالیه است و برای جناب ملا صدرا احترام خاصی قائل است و ایشان را با القابی چون «صدرالحکماء و المتألهین و شیخ العرفا والکاملین»یاد میکند و در جایی جهت نشان دادن جایگاه ملاصدرا و مکتب فلسفی او می‌فرماید: «ملاصدرا و ماادراک ملاصدرا.» ایشان نگاه حکمت متعالیه به عالم علم و عین را همراه مکتب عرفانی ابن عربی از راه‌های مورد اعتماد برای درک حقایق عالم جهت وصول به آنها می‌داند و برای شناخت اسلام حقیقی دیگران را به غور در حکمت متعالیه، در کنار قرآن کریم و احادیث معصومین(ع) دعوت میکند.
امام‌خمینی سال‌ها در محضر اساتید صاحب‌نامی چون مرحوم علامه رفیعی قزوینی به تحصیل حکمت پرداخته و قریب به 02 سال با تدریس خویش تشنگان معارف الهی را سیراب کرده‌اند. اگر چه کتاب مستقلی در فلسفه از ایشان به‌جا نمانده اما در جای جای آثارشان به مقتضای بحث به مباحث فلسفی وارد شده و به تبیین و توضیح مطلب پرداخته‌اند که نشان دهنده تبحر تام و اعتقاد تمام ایشان به مباحث حکمت متعالیه است.
به طور مثال در شرح اربعین حدیث در مباحثی چون خیر و شر، صفات حق و آفرینش آدم بر صورت خداوند با استفاده از مباحث فلسفی به توضیح و تفسیر بحث پرداخته است.
امام‌خمینی در فلسفه نیز هرگز مرعوب نام کسی نشده و با همه احترامی که برای فلاسفه، به خصوص ملاصدرا قائل است هر جا ایراد و نظر مخالفی داشته، بیان کرده است، به طور مثال در مسئله تسبیح موجودات با اعتراض به ملاصدرا به این خاطر که تسبیح فطری را پذیرفته، نظر خویش را چنین بیان میکند: «تأویل تسبیح به تسبیح تکوینی یا فطری از تأویلات بعیده بارده‌ای است که اخبار و آیات شریفه از آن ابا دارد... و عجب از حکیم بزرگ و دانشمند کبیر صدر‌المتألهین قدس سره است که تسبیح را در این موجودات تسبیح نطقی نمی‌داند....» همچنین به تقسیم اوصاف حق از نظر حکما نیز اشکالی وارد کرده‌اند و نظرات بسیاری را در قالب تعلیقه بر اسفار بیان نموده‌اند که متأسفانه تا به حال این تعلیقات به‌دست نیامده است.
تقریرات درس فلسفه امام نیز توسط مرحوم آیت‌الله سید عبدالغنی اردبیلی یادداشت شده و مطالعه این اثر، ما را در شناخت بهتر جایگاه فلسفی امام‌خمینی یاری می‌رساند.این تقریرات مربوط به شرح منظومه و درس اسفار ایشان است و تسلط ممتاز امام و اعتقاد کامل ایشان به حکمت متعالیه در آن مشهود است.
امام مباحث فلسفی را در عین ایجاز و اختصار، استادانه و متین بیان می‌کنند و نکته‌ای را فرونمی‌گذارند.از دیگر خصوصیات تدریس فلسفه امام‌خمینی پرهیز از بیان بیش از حد آرای شارحین است که متعلم را سر درگم و دل‌زده میکند. ایشان برای مستشکل و حتی مخالف و معاند احترام تام و تمام قائل است و آنان را با الفاظی چون «اخوانناالمادیین»یاد می کنند.
آزاد‌اندیشی و حق‌طلبی و نگاه صحیح و به دور از جنجال به گفتار، حتی اگر از گوینده‌ای پرخطا باشد، از دیگر خصایص این حکیم متأله است: «... اگر قومی با ما موافق نشدند، نباید اگر یک جهت حقی قائل شدند، ما به مناسبت احراز عداوت کلی، زمزمه مخالفت کلی با آنها سر داده و حرف حق را هم به جهت مخالفت با آنها قائل نشویم والا اگر بنابراین باشد، باید ما با تمام الهیین عالم بنای مخالفت گذاشته و اعتقاد به وحدانیت و توحید را هم از دست بدهیم.»
