پدر ملاصدرا ـ خواجه ابراهیم قوامی ـ سیاستمداری دانشمند و بسیار مؤمن بود و با وجود داشتن ثروت و عزت و مقام هیچ فرزندی نداشت، ولی سرانجام بر اثر دعا و تضرع بسیار به درگاه الهی، خداوند پسری به او داد که بعدها به نام ملاصدرا معروف گردید.
صدرالدین محمد، تنها فرزند وزیر حاکم منطقه وسیع فارس، در بهترین شرایط زندگی می‌کرد. صدرا پسری بسیار باهوش، جدی، باانرژی، درسخوان و کنجکاو بود. در مدت کوتاهی تمام دروس مربوط به ادبیات زبان فارسی و عربی و هنر خط نویسی را فراگرفت. درس‌های دیگر او علم فقه و حقوق اسلامی و منطق و فلسفه بود که در این میان صدرای جوان ـ که هنوز به سن بلوغ نرسیده بود ـ از همه آن دانش‌ها مقداری آموخت ولی طبع او بیشتر به فلسفه و بخصوص عرفان گرایش داشت.
ملاصدرا بخشی از این آموزش‌ها را در شیراز دید، ولی بخش عمده آن را در پایتخت آن زمان (قزوین) گذراند. وی در قزوین با دو دانشمند و نابغه بزرگ- شیخ بهاءالدین عاملی و میرداماد ـ آشنا شد و به دروس آنان رفت.
با انتقال پایتخت صفویه از قزوین به اصفهان، شیخ بهاءالدین و میرداماد به همراه شاگردان خود به این شهر آمدند و بساط تدریس خود را در آنجا گستراندند. ملاصدرا که در آن زمان 26 یا 27 سال داشت، از تحصیل بی‌نیاز شده بود و خود در فکر یافتن مبانی جدیدی در فلسفه بود و مکتب معروف خود را پایه گذاری می‌کرد.
وی که سرمایه‌ای بسیار و منبعی سرشار از دانش و بویژه فلسفه داشت و خود او با نوآوری‌هایش آراء جدیدی را ابراز کرده بود، در شیراز بساط تدریس را گستراند و از اطراف شاگردان بسیاری گرد او جمع شدند. اما رقبای او که مانند بسیاری از فیلسوفان و متکلمان، از فلاسفه پیش از خود تقلید می‌کردند، و از طرفی موقعیت اجتماعی خود را نزد دیگران در خطر می‌دیدند، یا به انگیزه دفاع از عقاید خود و یا از روی حسادت بنای بدرفتاری را با وی گذاشتند و آراء نو او را به مسخره گرفتند و به او توهین می‌کردند.
این رفتارها و فشارها با روح لطیف ملاصدرا نمی‌ساخت، از این رو از شیراز به صورت قهر بیرون آمد و به شهر قم که در آن هنگام هنوز مرکز مهم علمی و فلسفی نشده بود، رفت. ملاصدرا در شهر قم هم نماند و به روستایی به نام کَهَکْ در نزدیکی شهر قم منزل گزید.
شکست روحی ملاصدرا سبب گردید تا مدتی درس و بحث را رها کند و همانگونه که وی در مقدمه کتاب بزرگ خود ـ اسفار ـ گفته است، عمر خود را به عبادت و روزه و ریاضت گذراند. وی در این دوران ـ که از نظر معنوی دوران طلائی زندگانی اوست ـ توانست به مرحله کشف و شهود غیب برسد و حقایق فلسفی را نه در ذهن که با دیده دل ببیند و همین سبب شد که مکتب فلسفی خود را کامل سازد. وی حدود سال 1015ق سکوت را شکست و قلم بدست گرفت و به تألیف چند کتاب از جمله کتاب بزرگ و دائرة‌المعارف فلسفی خود به نام اسفار پرداخت.
وی تا حدود سال1040ق به شیراز باز نگشت و در شهر قم ماند و در آن شهر حوزه فلسفی بوجود آورد و شاگردان بسیاری پرورش داد. دو تن از شاگردان معروف او فیاض لاهیجی و فیض‌کاشانی هستند که هر دو داماد ملاصدرا شدند و مکتب او را ترویج کردند.
وی در شیراز نیز به تدریس فلسفه و تفسیر و حدیث اشتغال یافت. از کتاب سه اصل چنین برمی‌آید که در آن دوره نیز مانند دوره اول اقامت در شیراز زیر فشار بدگوئی ها و بد خوئی‌های دانشمندان همشهری خود بوده است، ولی این‌بار مقاوم بود و تصمیم گرفت در برابر فشار آنها پایداری و مکتب خود را معرفی کند.
یکی از ابعاد زندگی پرماجرای ملاصدرا، سفرهای او به زیارت خانه خدا است. در این سفرها که به صورت کاروان‌های بزرگ حاجیان انجام می‌شد، عده‌ای از گرما و تشنگی و خستگی در راه می‌مردند. ملاصدرا برای آنکه اینگونه ریاضت‌ها را در کنار دیگر ریاضت‌هایش انجام داده باشد 7 بار قدم در این راه گذاشت و سرانجام در سفر هفتم بر سر راه خود به مکّه و زیارت کعبه در شهر بصره (در خاک عراق) بیمار شد و چشم از جهان فروبست.
فوت ملاصدرا در بصره واقع شد، ولی بنابر سنت شیعیان او را به شهر نجف ـ که آرامگاه امام علی(ع) در آنجاست ـ بردند و بنابر گفته نوه او ـ علامه علم الهدی ـ در طرف چپ صحن حرم امام علی(ع) دفن کردند.
آثار گران‌بهای ملاصدرا:
- الحکمه العرشیه
- الحکمه المتعالیه فی الاسفار العظیمه الاربعه
- المعه المشرقیه فی الفنون المنطقیه
- المبدا و المعاد
- المشاعر
- المظاهر الالهیه فی الاسفار علوم الکاملیه
- الشواهد الربوبیه فی مناهج السلوکیه
- التصور و التصدیق
- الوریده القلبیه فی معارفه الربوبیه
- اسرار الایات و الانوار البینات
- دیوان اشعار
- حدوث العالم
- اکسیر العارفین فی المعارفه طریق الحق و الیقین
- اعجاز النعمین
- کسرالاصنام الاجاهلیه فی ذم المتصوفین
- مفاتیح الغیب
- متشابهات القرآن
- رساله سه اصل
