وی در درتیم‌های پاس تهران، الوحده و الشارجه امارات و اوساسونای اسپانیا بازی کرده است و در سال ۲۰۰۶ نیز در بین ۱۰ بازیکن برتر آسیا قرارداشت.
نکونام فوتبال حرفه‌ای را از بازی در تیم‌های پایه باشگاه سایپا آغاز کرد و در سال ۱۳۷۷ به تیم پاس تهران پیوست. با بازی‌های درخشانش در دو فصل نخست حضورش در پاس، به تیم‌های ملی جوانان و امید ایران دعوت شد و از آنجا به بازیکنی شناخته شده در فوتبال ایران تبدیل شد.
او ۷ فصل را در تیم پاس با موفقیت سپری کرد و به کاپیتانی این باشگاه رسید. اوج حضور او در پاس بازی‌های درخشانش در جام باشگاه‌های آسیا در سال ۲۰۰۵ بود.
بازی‌های نکونام در این جام باعث شد تا باشگاه کایزرس‌لاترن آلمان به او پیشنهاد بدهد، اما با مخالفت مصطفی دنیزلی، سرمربی وقت پاس، این انتقال منتفی شد.
نکونام در آخرین بازی‌اش با پیراهن پاس، مقابل پرسپولیس در لیگ برتر انجام داد که از داور کارت قرمز دریافت کرد. پس از این بازی او به باشگاه الوحده امارات رفت.
در میانه لیگ امارات، به باشگاه الشارجه امارات رفت و پس از بازی در جام جهانی ۲۰۰۶، از میان ۳ تیم هرتابرلین و کایزرس‌لاترن آلمان و اوساسونا اسپانیا، اوساسونا را برگزید.
نکونام اولین بازیکن ایرانی است که در لالیگا بازی کرده است. او در نخستین فصل حضور در لالیگا، به بازیکن ثابت تیمش تبدیل شد و توانست با گل طلایی که در جام یوفا مقابل بوردو فرانسه زد، به بازیکنی محبوب در تیمش بدل شود. بازی خوب او باعث شد تا اوساسونا به فکر جذب بازیکن ایرانی دیگری بیفتد و مسعود شجاعی را بخرد.
نکونام در ۲۲ دی سال ۱۳۷۹ و درحالی که تنها ۱۹ سال و ۳۱ روز سن داشت، برای نخستین بار پیراهن تیم ملی ایران را در دیدار دوستانه برابر اکوادور برتن کرد و در سال ۱۳۸۷ بعد از مهدی مهدوی کیا کاپیتان دوم تیم ملی فوتبال ایران به حساب می‌آمد.
نکونام در لیگ برتر دوازدهم به استقلال تهران پیوست. وی همچنین در سال ۱۳۹۲ قرارداد خود را با استقلال تمدید کرد.
او در آغاز لیگ چهاردهم مجددا به اسپانیا رفت و به اوساسونا پیوست.
نکونام در ۱۱ فروردین سال ۱۳۹۴ و بعد از بازی دوستانه مقابل تیم ملی سوئد از مسابقات ملی خداحافظی کرد.
- خداحافظی از فوتبال
جواد نکونام با انتشار بیانیه‌ای در تاریخ ۲۵ تیر ۱۳۹۵ به صورت رسمی از فوتبال خداحافظی کرد.
