فتحی شقاقی، بنیانگذار جنبش جهاد اسلامی، در ابتدا رهبری این جنبش را در دو بعد فکری و عملیاتی برعهده داشت. عملکرد و کارنامه جنبش جهاد اسلامی طی سال‌های انتفاضه اول (۱۹۸۷-۱۹۹۳) را می‌توان به نوعی بازتابی از افکار و اندیشه‌های وی دانست.
شقاقی در عرصه تئوریک، تئوریسین جنبش به شمار می‌رفت و تألیف مقالات و کتب متعدد از وی مبارزی سرشناس و ایدئولوگی متبحر ساخته بود، از این رو پایه‌گذاری و مدیریت جنبش جهاد اسلامی، بزرگترین میراث این شهید است.
سازمان جهاد اسلامی، به مبارزه مسلحانه به عنوان استراتژی کار سیاسی ایمان دارد. نشریات این گروه نشان می‌دهد که جهاد اسلامی به اجرای قوانین اسلامی در جامعه، پس از برپایی حکومت اسلامی در فلسطین، پای‌بند است.
- خالد مشعل / محمود عباس / اسماعیل هنیه / سعید صیام / سلام فیاض / احمد یاسین / جرج حبش /
- تاریخ فلسطین ۱ / تاریخ فلسطین ۲ / تاریخ فلسطین ۳ / حماس / بیت‌المقدس / سازمان آزادی‌بخش فلسطین (ساف) / سازمان جهاد اسلامی فلسطین / گروه فتح / کمیته حقیقت‌یاب سازمان ملل در غزه / کرانه باختری رود اردن / روز جهانی قدس / کنفرانس بین‌المللی حمایت از انتفاضه فلسطین / گروه چهارجانبه /
این امر، نابودی کامل حاکمیت صهیونیسم و موجودیت اسرائیل و در نتیجه تقدم بخشیدن به این هدف را اقتضا می‌کند که تنها با اقدام مسلّحانه و تلاش جهادی علیه نیروهای اشغالگر تحقق می‌یابد.
انقلاب اسلامی ایران، که همهٔ مسلمانان را برای آزادی قدس و کل فلسطین به جهاد دعوت می‌کند، نقش بسزایی درشکل گرفتن اندیشه اعضای سازمان جهاد اسلامی ایفا کرده است. تبلور عینی این اندیشه، در اوج گیری ملموس فعالیت‌های شهادت طلبانه گروه در چندسال اخیر، بویژه در شهر بیت‌المقدس، آشکار شده است.
ساختار تشکیلاتی سازمان جهاد اسلامی از نظر به کارگیری گروه‌های ضربتی و گستردگی جغرافیایی وسیع، به ساختار ویژه جنگ چریکی شباهت دارد.
سازمان جهاد اسلامی شکل هرمی سنتی را با شیوه هسته‌های کوچک چهار یا پنج نفره جایگزین ساخته است. این هسته‌ها به صورت مستقل کار می‌کنند و این امر تحرک و جابه‌جایی افراد را آسان‌ترمی‌سازد.
