هنوز 16 ماه از عمرش نگذشته بود که مادرش را از دست داد و از اوان کودکی طعم تلخ یتیمی را چشید.
وی تحصیلات ابتدایی را در مکتبخانه فومن به پایان برد، و پس از آن در همان شهر به تحصیل علوم دینی پرداخت.
پس از طی دوران مقدماتی تحصیلات دینی در شهر فومن، در سال 1348 قمری هنگامی که تقریباً 14 سال داشت به عراق رفت و در کربلای معلّی اقامت گزید.
آیت الله بهجت حدود 4 سال در کربلای معلّی ماند و از فیوضات سید الشهداء (ع) استفاده کرد و به تهذیب نفس پرداخت و در طی این مدت بخش اعظمی از کتاب‌های فقه و اصول را در محضر استادان بزرگ آن دیار مطهّر خواند.
وی در سال 1352 قمری برای ادامه تحصیل به نجف اشرف رفت و قسمت‌های پایانی سطح را در محضر آیات عظام از جمله مرحوم آیت الله آقا شیخ مرتضی طالقانی به پایان رساند.
آیت الله بهجت بعد از تکمیل دروس، در سال 1324 شمسی به ایران آمد و چند ماهی در موطن خود فومن اقامت گزید.
وی در همان ایام که در درس آیات عظام اصفهانی، غروی و شیرازی حضور می‌یافت، ضمن تهذیب نفس و تعلم، به تعلیم هم می‌پرداخت و سطوح عالیه را در نجف اشرف تدریس می‌کرد.
[او ثروت خدا در زمین بود] [... و آیت‌الله‌‌العظمی این‌گونه بود]
آیت الله العظمی محمد بهجت فومنی 27 اردیبهشت سال 1388 دار فانی را وداع گفت.
[در همین ارتباط]
کتاب‌های چاپ شده:
- رساله توضیح المسائل
- مناسک حجّ
- وسیله النجاة
- جامع المسائل
