در شرایط عادی و زمانی که ال‌نینو وجود ندارد، سطح آب اقیانوس به دلیل تابش نور آفتاب گرم‌تر از اعماق آن است. در بخش استوایی اقیانوس آرام، باد از شرق به غرب می‌وزد. وزش باد باعث حرکت آب در سطح اقیانوس می‌شود و با باقی ماندن آب در معرض خورشید گرمای بیشتری به آن جذب می‌شود.
در این شرایط در شرق اقیانوس آرام در سواحل آمریکای شمالی شارشی در جریان‌های عمق و سطح آب ایجاد می‌شود. این شارش باعث می‌شود تا آب سردتر که غنی و پر از اکسیژن و مواد غذایی است جایگزین آب گرم سطحی شود. نفوذ جریان سرد و غنی به سطح آب که محل زندگی اکثر آبزیان است باعث افزایش تعداد آن‌ها در محل‌های صید ماهیگیران می‌شود.
جابجایی آب توسط باد به سمت غرب باعث شده است که سطح آب در سواحل اندونزی نیم متر بالاتر از سطح آب در اکوادور باشد. به این ترتیب در غرب اقیانوس آرام آب گرم‌تر و عمیق‌تر است و در شرق آب سردتر و کم عمق‌تر است. این تفاوت‌ها باعث می‌شود تا مردم این مناطق شرایط آب و هوایی مختلفی را تجربه کنند.
در شرق اقیانوس آرام سرمای آب باعث سرد و سنگین شدن توده‌های هوا می‌شود. این سنگینی قدرت باران زایی ابرها را کاهش می‌دهد. از طرف دیگر در غرب، دمای هوا توسط آب گرم اقیانوس بالا می‌رود و شناوری اتمسفر‌های پایینی و در نتیجه احتمال بارش باران افزایش می‌یابد. این تغییرات دلیل بالا بودن میزان بارش در اندونزی و خشکی نسبی کشور پرو است.
تحت تأثیر ال‌نینو همه چیز برعکس می‌شود. ال‌نینو باعث می‌شود که باد از غرب اقیانوس آرام، آب‌های سطحی گرم را به سمت شرق هدایت کند. در این حالت آب گرم در سواحل آمریکای جنوبی به سواحل شرقی حرکت می‌کند و دمای این منطقه را بالا می‌برد.
با افزایش جریانات آب گرم و جایگزینی آن‌ها با آب‌های غنی سرد، میزان شارش آب نیز کم‌تر می‌شود. در اثر این پدیده آبزیان زیادی از بین می‌روند و با مجبور به ترک محل سکونت خود می‌شوند. جالب است بدانید که کلمه ال‌نینو (El Nino) از همین‌جا آمده. ال نینو به زبان اسپانیولی یعنی فرزند مسیح. ماهیگیران پرو از قدیم فصل کاهش سید آبزیان در ماه دسامبر را ال‌نینو می‌نامیدند.
یکی دیگر از اثرات ال‌نینو، تغییرات غیرعادی آب و هوای مناطق شرقی و غربی استوای اقیانوس آرام است.
تغییراتی که ال‌نینو ایجاد می‌کند محدود به آب و اقیانوس نیست و به اتمسفر و لایه‌های جوی نیز کشیده می‌شود. طوفان‌های استوایی از سکون توده هوای گرم و مرطوب اقیانوس‌ها سرچشمه می‌گیرند و گرمای این توده‌ها با شدت طوفان‌ها رابطه مستقیم دارد.
در زمان ال‌نینو، با گسترش جریان‌های گرم در شرق اقیانوس آرام طوفان‌های ویرانگری شکل می‌گیرد. به همین دلیل جزایری مثل تاهیتی در طول سال گرفتار طوفان‌های شدید و ناگهانی می‌شوند.
ابرهای باران زایی که از گرمای آب اقیانوس‌ها تولید می‌شوند در زمان وقوع ال‌نینو به جای حرکت به سمت جنگل‌های بارانی استوایی اندونزی به سمت بیابان‌های پرو می‌روند و باعث آتش‌سوری در جنگل‌ها و سیل در آمریکای جنوبی می‌شوند.
در اثر تغییرات غیرعادی و شدید آب و هوا در مناطقی که تحت تأثیر ال‌نینو هستند، الگوهای پرفشار و کم فشار اتمسفر باعث نوسان‌های جوی در مناطق دیگر کره زمین می‌شود. برای مثال گرم شدن هوا در کانادا و شمال ایالات متحده و خشکسالی در سواحل جنوبی آفریقا از اثرات ال‌نینو است.
دانشمندان هنوز علت اصلی وقوع ال‌نینو را نیافته‌اند ولی اثرات آن از جمله شرایط آب و هوایی غیرعادی و شدید را به خوبی شناسایی کرده‌اند.
دانشمندان امیدوارند که با مطالعه و مشاهده ال‌نینو بتوانند زمان وقوع آن را تخمین بزنند و تا جایی که ممکن است جلوی آثار ویرانگر آن را بگیرند.
