سابقه بخش‌هایی از این بنا به دوره خود شیخ صفی الدین (650ـ735)، عارف نامی ایرانی و فرزندان وی، شیخ صدرالدین موسی و خواجه علی سیاهپوش می‌رسد.
منزل و خانقاه شیخ صفی در همین مکان بود و بنابر وصیّت خود او، جنازه‌اش را در اتاقی جنب خلوتخانه و باغچه و حوضخانه دفن کردند و بر قبر وی بنایی ساختند.
از آن پس این مکان اهمیّت و قداست یافت و شماری از مشایخ و محارم خاندان صفوی و نیز شاه اسماعیل اول و گروهی از قربانیان جنگ‌های شیروان و چالدران در جوار مرقد شیخ دفن شدند.
از زمان شاه طهماسب اول، ساختمان بقعه توسعه یافت و محل امن و بست نیز به حساب آمد که برای ورود به آن، مراحل و مراتب هفتگانه طریقتی درنظر گرفته شد.
یکی از موارد منحصر به فرد این است که این بقعه حاوی ده‌ها اثر بدیع در مضامین مختلف رشته‌های هنری است که از آن جمله می‌توان به عالی ترین نوع کاشی کاری معرق و مقرنس و گچ‌بری کتیبه‌های زیبا و نفیس و خط خطاطان بزرگ دوره صفوی (میر عماد، میر قوام الدین، محمد اسماعیل و...) منبت‌های ارزنده، نقره کاری، تذهیب و طلاکاری، نقاشی و تنگ‌بری و غیره اشاره کرد.
این اثر از ساختار معماری فخیمی برخوردار است که گرد هم آمدن فضایل هنری نامبرده، آنرا در مجموعه‌های تاریخی ایران شاخص و متمایز نموده است.
ورودی بقعه در جبهه شرقی میدان عالی قاپو قرار دارد که درِ دو لنگه چوبی آن به حیاط بزرگ باز می‌شود.
در مقابل این سردر، در جانب غربی همین میدان، سردر اصلی بقعه به نام عالی قاپو قرار داشته است که در دوران شاه عباس دوم به دست یوسف شاه بن ملک صفیا ساخته شده بود.
در سمت چپ سرسرای ورودی، مسجد جنت سرا قرار دارد. جنت سرا به صورت فضای 8 ضلعی طراحی شده و فاقد محراب است.
چنین به نظر می‌رسد که فضای جنت سرا بیشتر برای انجام مراسم صوفیانه و گرفتن مجالس سماع عارفانه بوده و سنگ میدان یا «میدان داشی» آن هنوز در مجموعه بقعه شیخ صفی الدین موجود است.
مسجد جنت سرا در گذشته دور دارای سقف گنبدی بوده که پس از فرو ریختن در دوره قاجاریه، سقفی چوبی و مسطح روی آن ایجاد شد که بر ۱۶ ستون چوبی استوار شده است.
مسجد جنت سرا از نمای بیرونی مشرف به صحن داخلی سرسرای عظیمی است که در مقابل آن پنجره مشبک گره چینی نصب شده و در جناحین آن دو نیم قوس در ورودی اتاق متولی قرار گرفته است.
در مدخل غربی بقعه، حیاطی مشجّر و مستطیلی قرار دارد که در واقع حائلی است بین در ورودی و هسته مرکزی مجموعه.
مجموعه بقعه شیخ صفی دارای 8 بخش اصلی شامل مسجد جنت سرا، قندیل خانه، حرم خانه، چینی خانه، چله‌خانه، شربت خانه، گنبد الله الله و شهیدگاه است.
علاوه بر مقبره شیخ صفی و مرقد شاه اسماعیل اول، آرامگاه‌های دیگری از شاهزادگان صفوی و سرداران قزل‌باش از جمله شهیدان جنگ چالدارن و شروان در این بقعه و محل شهیدگاه قرار دارند.
بخش‌های مختلف مجموعه بقعه شیخ صفی الدین اردبیلی:
- حرم و دارالحفاظ
- مقبره شاهزادگان در جانب شرقی دارالحفاظ
- ایوان بزرگ رو به قبله دارالحدیث که از آثار دوران شاه اسماعیل اول بوده و در دو جانب غربی و شرقی آ« مقبره‌های مسقفی از اولاد و مشایخ صوفیه قرار داشته است
- چله خانه‌های قدیم و جدید و محل جلوس شیخ صفی الدین بوده است
- مقبره مادر شاه طهماسب
- مقصوره‌ای در برابر ایوان دارالحدیث
- محوطه شهیدگاه در شمال گنبد دارالحدیث
- محل جلوس شیخ صدرالدین موسی
- حجره ها که از چهل عدد بیشتر بوده
- صفه مزارهای برخی از امیران و سران خاندان صفوی
- نانوا خانه یا آشپزخانه
- آشپزخانه و دیگ خانه و حجره‌های متعلق به آن و ایاغ خانه
- حجره رو به مزار شیخ صفی الدین که آرامگاه مشایخ صوفیه بوده است
- شربت خانه در کنار چشمه آبی مشتمل بر حوض و محل پختن حلواها و شیرنی‌ها
- خونچه‌خانه و انبار با حجره‌های فوقانی و تحتانی
- دفترخانه شامل دهلیز و خانه و محوطه‌ای میان شربت‌خانه و خونچه‌خانه
- نقاره خانه که زیر سقف آن سقاخانه بوده و در پشت آن حمام و برخی خانه‌های متعلقه قرار دارد
- هیمه خانه و زمینی در اطراف آن
- فضای بیرون در آستانه که در مقابل آن کوچه و دکانها قرار داشت
