این مقبره در باغ سبز و با صفایی که قبرستان قدیمی مشکین شهر بوده و در مرکز شهر قرار دارد، واقع شده است.
نمای خارجی این بنا به صورت برج بلندی به ارتفاع تقریبی 18 متر و به قطر 5/10 متر به صورت استوانه‌ای است.
این بقعه از بیرون به شکل برج مدور و از داخل به شکل 12 ضلعی و در دو طبقه قسمت زیرین سردابه و قسمت فوقانی بصورت برج مدور با ارتفاع 5/18 متر و قطر 5/10 متر است.
بقعه شیخ حیدر از خارج با کاشی‌های فیروزه‌ای رنگ به ایات سوره فتح و همچنین لفظ جلال اله در اشکال مختلف و با خطوط کوفی مزین شده است.
داخل مقبره از دو طبقه تحتانی و فوقانی تشکیل شده است و درب ورودی سردابه در شمال برج قرار دارد که به وسیله یک راه پله بلند به راه باریک منتهی به سردابه راه یافته است.
قبر شیخ حیدر در منتهی الیه سردابه قرار گرفته است. پلان برج یا اتاق فوقانی به شکل دوازده ضلعی منظمی است که هر ضلع آن 20/2 متر می‌باشد و به علت احداث شیارهای سراسری در سطح داخلی برج، بنا بلندتر ساخته شده و ارتفاع بیش‌تری دارد.
در ورودی و سه پنجره آن با مقرنس کاری گچی و کاشی تزیین شده است و قاب محرابی شکل بر همه جای بنا دیده می‌شود.
در مورد قدمت بنا و تاریخ احداث آن اظهارات گوناگونی ابراز شده است که دونالد ویلبر معتقد است این بنا از آثار قرن 7 و 8 هجری قمری است و در دوره صفویه تکمیل و کاشیکاری شده است.
در سال 1380 طرح ساماندهی حریم بقعه شیخ حیدر در جلسه هیئت دولت تصویب شد که این طرح شامل سه مرحله کلی تملک، مرمت و اجرا بود.
بقعه شیخ خیدر در سال 1311 با شماره 184 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید.
