و با گذشت نزدیک به 2 دهه، هیچ ارگان و نهادی مسئولیت حفاظت از این قنات را به‌عهده نگرفته است تا هم یک اثر ملی هر روز بیشتر تخریب شود و هم زنگ خطر سلامت شهروندان 2 شهر یزد و زارچ به صدا درآید.مهم‌ترین ویژگی این قنات عمق چاه مادر آن است که درژرفای 80 متری به سفره‌های زیرزمینی می‌رسد.
به همین دلیل تداوم آلودگی در آن خطر آلودگی سفره‌های زیرزمینی و ایجاد یک بحران زیست محیطی را در این 2 شهر در پی دارد.
کارشناسان اعتقاد دارند که اگر مسئولان زودتر تدبیری برای رفع آلودگی‌های این قنات نیندیشند امراض همه‌گیری در سراسریزد و زارچ شیوع پیدا خواهد کرد که بدون تردید هزینه‌های مالی و جانی بسیاری را به‌وجود خواهد آورد.
براساس استاندارد‌های زیست‌محیطی ورود فاضلاب بیمارستان‌ها پیش از تصفیه به داخل چاه‌های جاذب نیز ممنوع است. این هشدار درباره قنات‌ها با تاکید و جدیت بیشتری لحاظ می‌شود.
با توجه به اینکه از آب قنات زارچ برای آبیاری زمین‌های کشاورزی و باغ‌های منطقه استفاده می‌شود کارشناسان معتقدند برای جلوگیری از شیوع بیماری‌های انگلی و روده‌ای و حفظ سلامتی مردم باید هر چه زودتر برای رفع این مشکل چاره‌ای اندیشید.
قنات زارچ با 83 کیلومتر طول، مهم‌ترین و قدیمی‌ترین قنات استان یزد محسوب می‌شود که امتداد آن از شهر زارچ به یزد می‌رسد. این قنات که 40 لیتر در ثانیه آب‌دهی دارد از محله‌های قدیمی یزد عبور می‌کند و کشاورزان منطقه از آب این قنات برای آبیاری زمین‌های کشاورزی و باغ‌های خود استفاده می‌کنند.البته به‌دلیل گل و لای فراوان و عدم‌امکان لایروبی آن و ورود فاضلاب‌های بیمارستانی، آب دهی این قنات به 20 لیتر در ثانیه رسیده است.
قنات زارچ علاوه بر تاریخی بودن، تنها قنات جاری در سطح کشور است و همین مسئله اهمیت آن را چند برابر می‌کند.
این قنات دارای 3 شاخه «شور»، «شیرین» و «ابراهیم خویدکی» بوده که در حال حاضر تنها شاخه شور آن فعال بوده و 2 شاخه دیگر آن از کار افتاده است. بنابراین اگر برای مشکلاتی که این قنات را تهدید می‌کند چاره‌ای اندیشیده نشود، ممکن است تنها رشته جاری این قنات نیز خشک شود.
اساسی‌ترین مشکلی که هم اکنون این قنات تاریخی را تهدید می‌کند ورود فاضلاب بیمارستان به داخل آن است. مسئولان بیمارستانی از همان ابتدا نبودن فاضلاب شهری در بافت قدیم یزد را دلیل اصلی ورود فاضلاب به داخل قنات زارچ اعلام کردند و از سوی دیگر تا پیش از شکایت و محکوم شدن، مسئولان مدعی بودند تنها فاضلاب آشپزخانه یک بیمارستان به قنات وارد می‌شود. آنها در توضیح ادعای خود گرفتگی دریچه پساب بیمارستان را باعث انحراف فاضلاب آشپزخانه به سمت شاخه‌های پوک و خشک قنات معرفی کردند.
هرچند بعد از محکوم شدن هم هرگز حاضر نشدند راه حلی را انتخاب کنند که جلوی این فاجعه گرفته شود. این درحالی بود که کارشناسان مرکز بهداشت و محیط زیست یزد کوتاهی و بی‌توجهی بیمارستان را دلیل اصلی این مسئله معرفی می‌کنند. اما مسئولان بیمارستان هرگز به نامه نگاری‌های مرکز بهداشت این شهر توجه نکردند و به‌طور کل وجود چنین نامه‌هایی را تکذیب کردند. از سوی دیگر اداره محیط زیست یزد نیز چندین بار جریمه نقدی برای بیمارستان تعیین کرده است که بیمارستان همه آنها را پرداخته و همچنان به کار خود ادامه می‌دهد.
پس از آن هم مسئله به دادگاه کشانده می‌شود و بیمارستان به پرداخت جزای نقدی و مجازات تبعی محکوم می‌شود. مسئولان بیمارستان پس از حذف مجازات تبعی بیمارستان، جزای نقدی آن را پرداخت و در همان دادگاه قول می‌دهند در فرصت قانونی که دادگستری به آنها داده مشکل فاضلاب بیمارستان را حل کنند اما تا به امروز به قول خود وفا نکرده‌اند.
ازسوی دیگر قوانین موجود دست و پای مرکز بهداشت را بسته و عملا راه قانونی برای مجبور ساختن مسئولان این بیمارستان به حل بنیادی مسئله وجود ندارد؛ البته اگر قوانین میراث فرهنگی را که تاکنون اجرا شده در این مسئله همچنان نادیده بگیریم.
طبق ماده 104 قانون برنامه سوم توسعه با توجه به اینکه آب مصرفی بیمارستان زیر 400 متر مکعب است و بیمارستان نیز جرایم نقدی را پرداخت می‌کند، نمی‌توان فعالیت آن را متوقف یا آب و برق آن را قطع کرد.
کارشناسان اداره بهداشت اعتقاد دارند مسئولان بیمارستان با آگاهی از همین موضوع به راه‌حل‌هایی که به آنها ارائه می‌شود هیچ توجهی نمی‌کنند.
یکی از راه حل‌های پیشنهادی مرکز بهداشت حفر چاه و تخلیه فاضلاب در چاه بود که مدیریت بیمارستان به‌دلیل هزینه‌های مالی ناشی از آن، با حفر چاه موافقت نکرد.
علاوه بر آن مسئولان بیمارستان مدعی شدند که وجود 100 خانه در بافت قدیم یزد و سرریز شدن پساب آنها دلیل اصلی آلوده شدن قنات است و مراکز مسئول تنها مسئله بیمارستان را بزرگ‌نمایی می‌کنند بدون اینکه هیچ راه حلی ارائه دهند.
پس از آن و با توجه به ادعای مسئولان بیمارستان کارگران راهی قنات زارچ شدند تا با لایروبی و حل مشکل آن، قدیمی‌ترین قنات کشور را از نابودی کامل نجات بدهند اما طولی نکشید که وجود سرنگ‌های آلوده بیمارستانی که در بدن‌ها آنها فرو می‌رفت، کارگران را فراری داد تا سرنوشت این قنات در هاله‌ای از ابهام فرو رود.
کارشناسان بهداشت بار دیگر اعلام کردند چون بیمارستان در گودی واقع شده و 10 متر پایین‌تر از فاضلاب شهر یزد قرار دارد به همین دلیل درصورت وجود سیستم پساب نیز، ورود فاضلاب بیمارستان داخل فاضلاب شهری امکان‌پذیر نیست و تنها راهی که برای این مشکل وجود دارد حفر چاه و ایجاد تصفیه‌خانه است که مسئولان بیمارستان از پذیریش آن تا به امروز سر باز زده‌اند.
اما همه مشکلات قنات زارچ به همین مسائل خلاصه نمی‌شود. قنات در مالکیت جهاد کشاورزی و سازمان اوقاف است و از سوی دیگر قنات زارچ اثری ملی است و حفاظت از آن براساس قوانین مصوب به سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری یزد باز می‌گردد. وجود چند مسئول همزمان باعث شده که هیچ‌یک مسئولیت اتفاق‌هایی که در درون این قنات در حال افتادن است را نپذیرند.
البته لایروبی این قنات مدتی توسط کارشناسان و بدون حمایت مالی مسئولان ذی‌ربط ادامه پیدا کرد اما بخش خصوصی نتوانست به تنهایی گره این مشکل را باز کند.
همچنین کمیته‌ای متشکل از شرکت آب منطقه‌ای، استانداری یزد، اداره محیط زیست، مرکز بهداشت و اداره آب و فاضلاب یزد برای پیگیری مشکل فاضلاب شهری بافت قدیم یزد و رسیدگی به مسئله قنات زارچ تشکیل شد که تا امروز کاری از پیش نبرده است.
به تازگی مردم شهر زارچ در نامه‌ای به استاندار این استان خواستار توجه به وضعیت این قنات و سلامتی اهالی شهر شده‌اند که این نامه هم تاکنون گره این مشکل را نگشوده است.
