به نوشته این روزنامه، ژنرال دیوید پترائوس، فرمانده ارشد نظامیان آمریکا در خاورمیانه دستورالعملی محرمانه را صادر کرده که شامل اعزام نیروی ویژه بیشتر به کشورهای خاورمیانه، آسیای مرکزی و شاخ آفریقاست.
این نیروهای ویژه در کنار مقابله نظامی با خطر شبه‌نظامیان در این کشورها، قرار است با نیروهای محلی نیز ارتباط برقرار کنند. نیویورک‌تایمز می‌نویسد که هدف از این دستور‌العمل فراهم کردن زمینه ادامه حضور نظامیان آمریکایی در منطقه برای مدتی طولانی است.
پنتاگون در راستای توسعه فعالیت‌های نظامی سری خود در خاورمیانه تلاش می‌کند تا اختیاراتی مستقل از سرویس‌های اطلاعاتی به دست آورد. این تلاش پنتاگون به‌ویژه در کشورهایی که آمریکا در آنها حضور نظامی چندانی ندارد، بیشتر بوده‌است. بعضی مقامات پنتاگون مخالف این دستور‌العمل جدید هستند و می‌گویند که این اقدام آمریکا باعث ناخشنودی کشورهای دوست در منطقه خاورمیانه می‌شود.
با این حال مقامات پنتاگون از هرگونه اظهارنظر در این‌باره در گفت‌وگو با رسانه‌ها خودداری کرده‌اند. نیویورک‌تایمز به نقل از مقاماتی که نخواستند نامشان فاش شود، نوشته است که ماموریت جدید پنتاگون شامل جمع‌آوری اطلاعات هم می‌شود. این مقامات گفته‌اند که این دستور‌العمل در ماه سپتامبر گذشته صادر شده و حضور نظامی آمریکا در یمن هم در چارچوب همین دستور‌العمل صورت گرفته‌است.
در سال‌های اخیر و با وجود 2 جنگ عراق و افغانستان، پنتاگون و دستگاه اطلاعاتی آمریکا همواره به‌دلیل مداخله در کار یکدیگر دچار اختلافاتی بوده‌اند. این بار نیز منابعی از درون سیا به نیویورک‌تایمز گفته‌اند که دستور‌العمل افزایش فعالیت نظامی سری پنتاگون در خاورمیانه ممکن است در فعالیت‌های اطلاعاتی واشنگتن اختلال ایجاد کند.
