آرای این کمیسیون قطعی و لازم‌الاجراست و عدم اجرای بموقع آن قابل پیگیری در مراجع ذی‌صلاح است.
در بند «ک» ردیف 7 قانون بودجه سال89 چنین آمده است:
فرزندان شهدا از کلیه امتیازات مقرر از قوانین مختلف برای جانبازان 50درصد به استثنای معافیت از مالیات حقوق، دستمزد، بیمه درمان و بازنشستگی، تسهیلات خودرو، حق پرستاری و کاهش ساعات اداری برخوردار می‌باشند.
حسب همین بند، فرزندان شهدا در صورت عدم اجرای قوانین و مقررات مرتبط با آنان در دستگاه‌های اجرایی می‌توانند به کمیسیون ماده16 مراجعه و ضمن شکایت تقاضای رسیدگی کنند. این موضوع توسط دبیرخانه کمیسیون به بنیاد استان‌ها ابلاغ شده است.لذا مواردی از قبیل اعاده به خدمت، تبدیل وضعیت استخدامی به رسمی، مأموریت آموزشی، گروه‌های ایثارگری و... قابل طرح در کمیسیون است.
دکتر اسماعیلی، دبیر کمیسیون ماده 16 دراین‌باره گفت: با عنایت به اینکه بعضی با رسیدگی کمیسیون ماده 16 به شکایت فرزندان شهدا مخالف بودند ولی این مطلب را بخشنامه و به استان‌ها اعلام کردیم که فرزندان شهدا می‌توانند به کمیسیون ماده16 مراجعه و طرح شکایت کنند. قبل از ابلاغ، مراجعات فرزندان شهدا زیاد بود و بعد از ابلاغ بخشنامه هم مراجعات است و پرونده‌ها ضمن تکمیل در استان‌ها به کمیسیون ارجاع می‌شود. البته در بحث ماده4 قانون، موضوع اعاده به خدمت مقداری مشکل برای فرزندان شاهد وجود دارد ولی حل خواهیم کرد.
اسماعیلی ادامه داد: میزان شکایات بیشتر شده و تعداد جلسات رسیدگی هم بیشتر شده است. دلیل افزایش شکایت هم مشکلات اقتصادی است، خصوصا در بحث ماده4 موضوع اعاده به خدمت جانبازان به دستگاه. مضافا اطلاعات جانبازان نسبت به موضوعات زیاد شده و جایگاه کمیسیون را شناخته‌اند. قبلا در استان‌ها نمایندگی نبود و عدم‌تمکن مالی باعث می‌شد برخی نتوانند به تهران بیایند و شکایت کنند الان با مراجعه به استان می‌توانند طرح شکایت کنند. علاوه بر آن اطلاع‌رسانی ما هم بیشتر شده است.
وی اظهار داشت: میانگین رسیدگی به شکایات در کمیسیون تا صدور حکم تقریبا 3ماه است؛ یعنی از زمانی که پرونده به کمیسیون می‌رسد تا زمانی که دستگاه را دعوت و نسبت به صدور رأی اقدام می‌کنیم 3ماه طول می‌کشد. البته مدتی برای پاسخ دستگاه و ارسال دفاعیه زمان می‌برد که اگر طول بکشد منتظر پاسخ دستگاه نخواهیم ماند. هر شخصی به کمیسیون شکایت کند پاسخ او را به صورت حکم و کتبی خواهیم داد تا بتواند در مراجع دیگری حقوق مورد ادعای خود را پیگیری کند.
تعداد آرایی که توسط دیوان عدالت اداری شکسته می‌شود بسیار کم و انگشت‌شمار است لذا با هماهنگی‌هایی که شده اغلب آرای صادره کمیسیون منطبق با قانون است.تقریبا در 80 درصد شکایات جانبازان از دستگاه‌ها رأی به نفع جانباز صادر می‌شود. البته این نسبت در خصوص شکایات احراز جانبازی وجود ندارد و در آنجا بیشتر شکایات رد می‌شود. با میزان افزایش شکایات ما هم تعداد جلسات رسیدگی را بیشتر می‌کنیم. میزان شکایات جانبازان شاغل در بنیاد هم مانند سایر دستگاه‌هاست و ما با بنیاد هم مانند سایر دستگاه‌ها رفتار می‌کنیم. البته فرزندان شهدای شاغل در بنیاد نیز مراجعه داشته‌اند ولی بنیاد رأسا در حال حل مشکل آنان است اما در صورتی که بنیاد مشکلات آنان را حل نکند می‌توانند به کمیسیون مراجعه و طرح شکایت کنند.
