تحصیلات ابتدایی را در همین شهر سپری کرد و بعد به هنرستان "صنایع مستظرفه" تبریز وارد شد و به فراگیری دوره مقدماتی نقاشی (طراحی و سیاه‌قلم) پرداخت.
در اردیبهشت 1312 در تهران به هنرکده "هنرهای جدیده" وابسته به اداره "صناعات" وارد شد و مدت پنج سال در این هنرکده به تحصیل پرداخت.
در تبریز استاد او مرحوم میرمصور بود و در تهران استادان وی بیشتر، از شاگردان استاد کمال‌الملک بودند.
جعفر پتگر در سال 1312 به دانشکده هنرهای زیبا وارد و در سال 1319 با موفقیت فارغ‌التحصیل شد.
وی در سال 1325، یعنی در سن 26 سالگی، نخستین نمایشگاه خود را برگزار کرد که در این نمایشگاه علاوه بر آثار او، تابلوهای بیش از یکصد هنرمند دیگر نیز به معرض دید گذاشته شده بود. پتگر در آن زمان، عنوان نخست این نمایشگاه را احراز و جایزه خود را به هنرمندان دیگر اهدا کرد.
پتگر علاوه بر آثار باارزش هنری، دو کتاب در باب هنر تدوین کرده است که عبارت‌اند از "مرزهای هنر و انسان" و "هنر و ابدیت".
معروف‌ترین آثار جعفر پتگر عبارتند از: الخیرات، قرآن، مکتب قرآن، الاشراق، وجدان، در زندان، آی آدم‌ها، از این جا تا ابدیت، علی و انگشتری و گدا، محراب، رفوگران و... و آخرین اثر به‌جا‌مانده از استاد تابلوی "ریاکاران" است که در دهه شصت به پایان رساند.
این هنرمند در سن 85 سالگی بر اثر کهولت و بیماری در گذشت.