پایه گذاری مکتب هرات به دوره تیموریان و دوره زمامداری شاهرخ بر می‌گردد. این سبک در دوره سلطان حسین بایقرا پیشرفت زیادی می‌کند. اما در سال ۱۵۰۷ میلادی با حمله ازبک‌ها رشدش متوقف می‌شود.
از مشهورترین نقاشان مکتب هرات می‌توان به استاد کمال الدین بهزاد اشاره کرد.
مکتب هرات بعدها با کمک نقاشان بسیاری چون آقا رضا جهانگیری که به دربار جهانگیر شاه در هند رفته بودند تاثیر زیادی بر روی مکتب مینیاتور هندی گذاشت.
مکتب هرات را یکی از "پیش‌مکتب"های مهم مکتب تبریز و مکتب اصفهان می‌دانند.
هنرمندان نقاش ، خوشنویس و خطاط که در کتابخانه بزرگ شاهی هرات به امر بایسنقر میرزا مشغول به کار بودند، آثار زیادی همچون کتاب‌های شاهنامه، لیلی و مجنون، بوستان و گلستان سعدی را مصور ساختند.
مجموع این آثار سبک جدیدی را پدید آورد که در تاریخ هنر ایران به "مکتب هرات" معروف است.
در مکتب هرات، تصاویر انسان‌ها به صورت ریز و کوچک ترسیم شده اند و مینیاتورها با خطوط ساده و بی پیرایه اجرا شده‌اند.
یکی دیگر از ویژگی های مکتب هرات، وجود عناصر شرق دور بود که احتمالاً ازمبادله سفیر میان ایران و چین ناشی می‌شد.
مشهور است که هنرمندان هرات همراه هیئت های سیاسی به خانبالق درپکن ، آمد و شد داشته‌اند. یکی از آنها، به نام غیاث الدین نقاش که بایسنقر او را برگزیده بود، بعدها شرح سفر خود را نوشت.
سرزندگی و تحرک در مکتب هرات، کاملاً مغایر با خشکی و بی روحی چهره‌ها در نگارگری‌های مکتب جلایری است.
همچنین، صحنه‌ها با قرارگرفتن افق در نزدیک لبه بالایی، عمق بیشتری یافته‌اند.
زمینه‌های فیروزه‌ای متمایل به آبی و سبز، رنگهای عمده در نگارگری‌های مکتب هرات هستند.