او یکی از آخرین بازماندگان نقاشی قهوه‌خانه‌ای ایران بود.
خلیلی در سن ۱۳ سالگی به کارگاه نقاش قهوه خانه‌ای مرشد محمد نقاش رفت و در کنار حسین قوللرآغاسی، محمد مدبر، حسن اسماعیل زاده، عباس بلوکی فر و حسین همدانی فنون نقاشی قهوه خانه‌ای را فرا گرفت.
وی در سال ۱۳۵۳ در آتلیه نقاشی سازمان صدا و سیما مشغول به کار و در سال ۱۳۷۲ بازنشسته شد و در طول این سال‌ها آثار بسیاری به ویژه در زمینه قهوه‌خانه‌ای خلق کرد.
سال ۱۳۷۲ شهرداری تهران به فکر احیا و بازسازی قهوه خانه‌ای سنتی افتاد، تا اینکه اولین قهوه خانه سنتی در راه آهن به نام "آذری" افتتاح شد.
از خلیلی دعوت کردند تا در این فضا حضور داشته باشد و به‌طور نمادین نقاشی بکشد.
درهمین هنگام افرادی خواستند هنرجوی او باشند، احمد میرزا زاده، منیژه خلیلی، اینانلو از هنرجویانش هستند که اکنون نیز مشغول به کارند.
آثار احمد خلیلی هم اکنون در موزه هنرهای معاصر تهران، دفتر امور هنرهای تجسمی وزارت ارشاد، کاخ موزه نیاوران، کاخ موزه سعدآباد و موزه آزادی نگهداری می‌شود.
موزه هنرهای معاصر فلسطین نیز یکی از تالارهای خود را به نام وی نامگذاری کرده‌است.
این استاد آخرین اثر خود را در کارگاه نقاشی قهوه خانه، به مناسبت سالروز حماسه جاودانه آزادی خرمشهر ارائه کرد.
این هنرمند در زمینه موضوعات مذهبی کار می کرد و همواره سعی داشت قلمی که روی بوم می گذارد حماسه و وقایعی همچون عاشورا را زنده کند.
احمد خلیلی در هنر مجسمه‌سازی، شعر و ادب و مقاله نویسی هم دست داشت. اما جامعه هنری او را به عنوان نقاشی قهوه‌خانه‌ای می‌شناسند.
احمد خلیلی بر اثر سرطان ریه در سن ۶۴ سالگی در تهران درگذشت.