وی زمانی که بازی فوتبال را شروع کرد، در پست دفاع راست توپ می‌زد و در نوجوانی (1966 تا 1971) به عضویت تیم نوجوانان بنفیکا درآمد.
سانتوس پس از آن به مدت 2 سال در تیم ماریتیمو بازی کرد و بعد به باشگاه استوریل پیوست.
وی پس از خداحافظی از فوتبال به مربیگری رو آورد و نخستین تجربه خود را با تیم استوریل از سال 1987 تا 1994 به دست آورد.
فرناندو سانتوس در چندین باشگاه از کشورهای پرتغال و یونان از جمله، پورتو، آ ای ک آتن، پاناتینایکو، اسپورتینگ و بنفیکا به عنوان سرمربی کار کرده است.
فرناندو سانتوس با سابقه خوبی که در باشگاه‌های یونانی داشت و زیر و بم فوتبال یونان را می‌شناخت در سال 2010 جایگزین اوتو ره‌هاگل آلمانی شد.
او توانست با موفقیت‌های پی در پی جایگاه خود را تثبیت کند. ۱۷ بازی پشت سر هم بدون باخت، پشتوانه‌ای وی برای حضور موفقیت‌آمیز در یورو 2012 به حساب می‌آید.