فوجیموری از 28 ژوییه 1990 تا 17 نوامبر 2000 به مدت بیش از یک دهه رییس جمهوری پرو بود. بسیاری اما فوجیموری را در مقام یک سیاستمدار دارای شخصیتی پیچیده‌ای می‌دانند و دیدگاه‌های متفاوتی را درباره وی مطرح می‌کنند.
بسیاری از او به عنوان احیا گر ثبات اقتصادی پرو پس از دوران بی ثباتی در زمان رمامداری آلن گارسیا پرس یاد می‌کنند.
همچنین بسیاری معتقدند پس از سال‌ها خشونت داخلی در پرو فوجیموری توانست ثبات سیاسی را به این کشور بازگرداند.
با این حال بسیاری نیز وی را رئیس جمهوری تمامیت خواه قلمداد می‌کنند. مخالفان بویژه پس از انحلال کنگره پرو در 5 آوریل 1992 وی را فردی مستبد لقب دادند.
فوجیموری در زمان زمامداری خود بحران گرواگنگیری 126 روزه در سفارت ژاپن را به سرانجام رساند و آنگونه که گفته می‌شود با استفاده از جوخه‌های مرگ علیه گروه چریکی راه درخشان به مبارزه پرداخت.
در اوخر سال سال 2000 و پس از بروز جنجال فساد مالی وافزایش انتقادات به دلیل نقض حقوق بشرو بی ثبات شدن جامعه پرو، فوجیموری این کشور را جهت شرکت در اجلاس اپک در برونئی ترک کرد و سپس به ژاپن رفت و در این کشور رسما از مقام ریاست جمهوری پرو استعفا داد.
کنگره پرو اما استعفای فوجیموری را نپذیرفت و وی را از قدرت عزل کرد.کنگره سپس فوجیموری را به مدت 10 سال از به عهده گرفتن سمت سیاسی در پرو منع کرد.
با وجود ممانعت ده ساله از شرکت در روند سیاسی پرو، فوجیموریاعلام کرد: در انتخابات ریاست جمهوری سال 2006 شرکت خواهد کرد.
متعاقب این امر کیکو سوفیا دختر فوجیموری رسما نام فوجیموری را در ستاد انتخاباتی پرو ثبت کرد اما از فوجیموری در 10 ژانویه 2006 رسما سلب صلاحیت سیاسی شد.
فوجیموری پس از سفر به شیلی بازداشت و تا ماه مه 2006 در زندان به سر برد. او سپس به شرط اقامت گزیدن در شیلی از زندان آزاد شد. در نهایت دولت پرو دادخواستی به منظور استرداد فوجیموری به دادگاه عالی شیلی ارسال کرد و دادگاه عالی شیلی در تاریخ 21 سپتامبر سال 2006 با این درخواست دولت شیلی موافقت کرد.
در روز 22 سپتامبر نیز فوجیموری به پرو مسترد شد تا در این کشور به اتهام نقض حقوق بشر و فساد مورد محاکمه قرار گیرد.[سابقه خبر]
گفته می شود فوجیموری در دهه 1990 و در دوران مبارزه علیه گروه مارکسیستی راه درخشان استفاده از جوخه‌های مرگ را مجاز دانسته بود.