پدر مورینیو، فلیکس مورینیو یک دروازه‌بان و مربی پرتغالی بود و مادرش، ماریا جولیا در مدرسه تدریس می‌کرد. خانواده مورینیو همگی به فوتبال علاقه‌ای خاص داشتند.
پس از پایان تحصیلات به مدرسه آمادگی جسمانی لیسبون رفت ولی مدتی بعد مادرش که از توانایی مدیریت او اطلاع داشت نام او را در مدرسه مدیریت ثبت‌نام کرد اما خوزه از آن مدرسه خوشش نیامد و دوباره در مدرسه آمادگی جسمانی شرکت کرد و ۵ سال بعد از آن‌جا مدرک گرفت.
مورینیو دوره مربیگری خود را در اسکاتلند گذراند و سپس به پرتغال برگشت و مربی ورزش یک دبیرستان شد. او مدتی در باشگاه‌های کوچک و متوسط پرتغال بازی و در همان زمان تحصیل نیز می‌کرد.
در دهه ۹۰ مدتی را به مربیگری پرداخت و پس از آن با لقب ترادیوتور (مترجم) معروف شد. چون مترجم یا مفسر سر بابی رابسون در باشگاه‌های اسپورتینگ و پورتو بود.
در سال ۱۹۹۶ به همراه رابسون به بارسلونا رفت و همچنان مترجم او بود. پس از رفتن رابسون او همچنان در بارسلونا ماند و با جانشین هلندی رابسون یعنی لوییس ون‌گال کار کرد. او در کلاس‌های مربیگری و مدیریت شرکت می‌کرد و ناگهان او مربی تیم دوم بارسلونا شد.
رویای او برای سرمربی شدن سرانجام در سال ۲۰۰۰ تحقق یافت و او مربی بنفیکا شد، ولی با تغییر سرپرستی باشگاه، مورینیو در ۵ دسامبر ۲۰۰۰ برکنار شد و مربی یک تیم سطح پایین شد.
در سال ۲۰۰۲ مورینیو مربی باشگاه پورتو شد. باشگاهی که بسیار ضعیف کار می‌کرد در آن سال و تحت مربیگری مورینیو تیم سوم کشور شد و مورینیو قول داد سال آینده آن تیم را تیم اول سازد و همین کار را هم کرد تا جایی که قهرمان جام باشگاه‌های اروپا و جام یوفا شد.
سرانجام مورینیو در ژوئن سال ۲۰۰۴ به باشگاه چلسی پیوست و عنوان گران‌ترین مربی فوتبال را به خود اختصاص داد. روز بیستم سپتامبر ۲۰۰۷ و با موافقت دو جانبه، مورینیو باشگاه چلسی را ترک کرد. وی در طول چهار فصل حضور در چلسی، در هیچ یک از بازی‌های داخلی تیمش شکست نخورد.
او مدت‌ها مربی باشگاه چلسی بود ولی روز بیستم سپتامبر سال ۲۰۰۷ این باشگاه را ترک کرد. مورینیو در چهار لیگ متوالی (دو لیگ در پورتو و دو لیگ در چلسی) توانست تیم خود را در صدر باشگاه‌ها قرار دهد و در دو سال متوالی (۲۰۰۵- ۲۰۰۴) از سوی فدراسیون بین‌المللی فوتبال لقب بهترین مربی دنیا را از آن خود کرد.
وی در فصل ۲۰۰۷-۲۰۰۸ به سمت سرمربی تیم فوتبال اینتر میلان انتخاب شد. همچنین در ۲۷ مه سال ۲۰۱۰، مسئولین تیم رئال مادرید با پرداخت غرامتی سنگین به اینتر بابت یکسال باقی مانده قرارداد مورینیو، و پرداخت دستمزدی خوب به مورینیو، وی را به عنوان سرمربی تیم خود انتخاب کردند.
- آقای خاص به پایان خط رسید | چلسی بدون مورینیو
- مورینیو در خرداد ۹۵ با منچستر قرارداد پنج ساله بست. سرمربی پیشین آبی‌پوشان لندنی با اخذ قراردادی ۵ ساله سرمربی شیاطین سرخ شد.