توجه به نیازها و انجام تحقیقات کاربردی برای پاسخ به این نیازها امروزه بیش از هر زمان دیگری به دغدغه تصمیم‌گیران و تصمیم‌سازان کشور تبدیل شده است. چنین رویکردی را می‌توان توجه به اهمیت تحقیق و پژوهش از منظر کارکردهای اقتصادی- اجتماعی آن نامید. با توجه به شرایط کشور، منطقی است که رویکرد برنامه‌ریزی پژوهشی را ناظر به رفع مشکلات بدانیم و در این زمینه شناخت مشکلات، قدم اول است. در گام بعدی با توجه به ظرفیت‌های بومی می‌توان پیشنهاد‌هایی، هرچند اولیه، در راستای رفع این مشکلات ارائه کرد.
1- مشکلات ساختاری نظام پژوهش: امروزه بیش از نیم قرن از زمانی که رئیس دفتر تحقیق و توسعه علمی ایالات متحده تنها راه پیشرفت را سرمایه‌گذاری همه‌جانبه در تحقیقات پایه عنوان کرده بود می‌گذرد. در آن گزارش که در پاسخ به سؤالات رئیس‌جمهوری ایالات متحده نگاشته شده بود، تنها راه ادامه یافتن و تسریع رشد در عرصه امنیت ملی، بهداشت و رفاه اقتصادی توجه هرچه بیشتر به علم و راه تولید آن یعنی سرمایه‌گذاری در تحقیقات پایه قلمداد شده بود. به عبارت دیگر، تحقیقات پایه، نقطه شروع رسیدن به کارکردهای مختلف در حوزه سلامت، امنیت ملی و اقتصاد قلمداد شده بود.
به‌طور ویژه و از منظر اقتصادی، این گزارش چنین عقیده داشت که خروجی تحقیقات پایه علم است که به مانند اطلاعات قابلیت انتقال آن ساده است. این اطلاعات وارد بنگاه‌ها می‌شود و بنگاه‌ها آن را تبدیل به تکنولوژی کرده و به نیاز بازار پاسخ می‌دهند. به این معنی، پولی که دولت خرج تحقیقات پایه می‌کند در نهایت تبدیل به تکنولوژی در بازار خواهد شد. لازم به ذکر نیست که امروزه ایرادات فراوان این مدل آشکار شده و قابلیت اجرای آن به‌طور جدی محل تردید است.
مدل کشور ما اگرچه از نظر ساختاری متفاوت با پیشنهاد‌های این گزارش است اما مفهوم پشت‌آن‌که نگاهی خطی به فرایند تحقیق و نوآوری دارد کماکان مشابه آن است. از نظر ساختاری، پژوهش عمدتا در بخش‌های دولتی کشور انجام می‌شود که این پژوهش اعم از پژوهش بنیادی، کاربردی و توسعه‌ای است لذا تحقیقی که در مدل بالا انتظار می‌رفت بنگاه‌ها انجام دهند، در کشور ما انتظار است که پژوهشکده‌ها و پژوهشگاه‌های دولتی آن را برعهده بگیرند. چون چنین مؤسساتی عمدتا از نیاز بازار فاصله دارند. مسئله اصلی در پیاده‌سازی چنین مدلی این است که چگونه تقاضا و نیاز را شناسایی کرده و در جهت آن تحقیق صورت گیرد، درحالی‌که این وظیفه در کشورهای پیشرفته برعهده بنگاه‌هاست.
چنین تفاوت ساختاری‌ای از منظر سیاستگذاری و برنامه‌ریزی برای پژوهش بسیار مهم است.
در حالی‌که در مدل قدیمی انتظار می‌رفت دولت صرفا در تحقیقات پایه سرمایه‌گذاری کند، در مدل کشور ما انتظار می‌رود که سرمایه‌گذاری در انواع تحقیقات پایه، کاربردی و توسعه‌ای عمدتا به وسیله دولت صورت پذیرد. در قیاس مختصری با کشورهای دیگر دنیا که دولت کمتر از نصف و بعضا یک سوم هزینه کل تحقیقات را می‌پردازد و به همین میزان نیز عهده‌دار امر پژوهش است و بقیه بر عهده بنگاه‌های خصوصی است، با گذاشتن بخش اعظم این بار بر دوش دولت، آن هم در کشور در حال توسعه‌ای نظیر ایران که دولت اشتغالات فراوان دیگری نیز دارد، نمی‌توان انتظار اثربخشی یا حتی اجرایی‌شدن آن را داشت.
2- تبعات سیستم موجود: مسئله دیگری که در توجه به تحقیق بسیار مهم است، توجه به مفهوم تحقیق است. در مدل‌های قدیمی، نظیر گزارش مطرح‌شده در سطور پیشین، تحقیق فی‌نفسه مورد توجه نبود بلکه خروجی آن در قالب انتشار مقالات و یافته‌های علمی، در کانون توجه اصلی قرار داشت؛ از این روی معیار اندازه‌گیری اثربخشی تحقیق نیز خروجی‌های آن قلمداد می‌شد. رگه‌های چنین نگاهی را می‌توان در سیستم کشور نیز مشاهده کرد؛ جایی که امروزه به تعداد مقالات، انتشارات و یافته‌های یک تحقیق توجه ویژه‌ای مبذول می‌شود تا از روی آن، خیال سرمایه‌گذاران از بی‌اثرنبودن سرمایه صرف‌شده راحت شود. اما نکته‌ای که عمدتا فراموش می‌شود این است که تحقیق یک فرایند است که بن‌مایه اصلی آن سوای انتشارات و یافته‌های علمی، ایجاد و خلق توانمندی است.
در یک فرایند تحقیق، توانمندی کنشگرانی که درگیر آن بوده‌اند بالا می‌رود و از این توانمندی می‌توانند در عرصه‌های دیگر استفاده کنند. چنین توانمندی‌ای از جنس امکانات و تجهیزات نیست بلکه عمدتا توانایی‌های ذهنی حل مسئله، توسعه ابزارها و تکنیک‌ها و افزایش سطح مهارت فردی و سازمانی را شامل می‌شود. تا زمانی که چنین فرایندی عمدتا در بخش دولتی متمرکز باشد، توانمندی‌های تولید‌شده نیز در سازمان‌های دولتی منحصر خواهد شد و شکاف میان توانمندی بخش دولتی و بخش خصوصی افزایش خواهد یافت. اگر به این مسئله تفاوت میان سرمایه و تجهیزات بخش دولتی و خصوصی را هم اضافه کنیم شکاف میان دولت و بخش خصوصی بیش از پیش آشکار می‌شود.
3- ارائه راهکار : نظام ملی نوآوری و چارچوب‌های نظری شبیه به آن شکل‌گیری روابط در نظام نوآوری را اصلی‌ترین فاکتور در ارتقای نوآوری و توسعه دانش جدید می‌دانند چرا که بنگاه‌ها دیگر به‌تنهایی قادر به نوآوری نیستند بلکه شبکه‌ای از کنشگران و روابط درون یک کشور است که آنان را قادر به تولید دانش جدید می‌سازد. از طرف دیگر، این نگاه بر اهمیت بومی‌بودن ساختار و مدل‌های شکل‌گیری روابط در هر کشور تأکید دارند اما در عین حال بر این نکته نیز صحه می‌گذارند که همواره می‌توان درس‌های خوبی از تجربه سایر کشورهای دنیا آموخت. سیستم پژوهشی کشور ما از جمله دارای نواقص زیر است:
الف- مشکل ساختاری ناشی از نقش کم بنگاه‌ها در فعالیت‌های پژوهشی که با نیاز بازار عجین هستند.
ب- بار بیش از حد بر دوش دولت چه از منظر اجرا و چه از منظر تأمین مالی پژوهش که بهره‌وری آن را به‌شدت پایین می‌آورد.
ج- روز افزون‌شدن شکاف توانمندی‌های حاصل از تمرکز فعالیت‌های پژوهشی در بدنه دولت و عقب ماندن بخش خصوصی از پیشرفت‌های دنیا درحالی‌که انتظار نمی‌رود حاصل فعالیت‌های بخش دولتی پاسخگوی بازار باشد و در نتیجه توانمندی‌های مختلف بدون دربرداشتن ماحصل قابل‌توجهی در دولت انباشته و سپس بلامصرف شود.
نکات فوق، همه بر یک نکته تأکید دارند و آن اهمیت بیش از پیش برقراری رابطه میان پژوهشکده‌ها و پژوهشگاه‌های دولتی از یک طرف و بخش خصوصی از طرف دیگر است. در حالی‌که در صحبت‌های مختلف چنین عنوان می‌شود که هدف دولت تکمیل حلقه مفقوده چرخه نوآوری است و این حلقه مفقوده همانا اتصال پژوهش به بازار است، این نوشته حلقه مفقوده اصلی را عدم‌برقراری ارتباط میان پژوهشگاه‌های دولتی و بخش خصوصی در شکل‌دهی به نظام نوآوری کشور می‌داند. چنین رابطه‌ای می‌تواند در جنبه‌های مختلف شکل گیرد.
اولین بعد چنین رابطه‌ای فراهم‌ساختن دانش مورد نیاز برای بنگاه‌هاست. این کار می‌تواند از طریق پروژه‌های انتقال دانش یا تعریف پروژه‌های مشترک میان بنگاه‌ها و پژوهشگاه‌های دولتی انجام گیرد. در چنین پروژه‌های مشترکی دانش به‌صورت دوطرفه انتقال یافته و نهادهای دولتی کم‌کم می‌توانند از حالت رقیب بخش خصوصی خارج شوند.
بعد دوم آن تأمین نیروی انسانی برای بنگاه‌هاست. در حالی‌که دانشگاه‌ها به‌دلیل مشکلات ناشی از سیستم آموزشی قادر به تأمین نیروی انسانی ماهر برای بنگاه‌ها نیستند، پژوهشگاه‌های دولتی می‌توانند چنین نقشی را در این مرحله ایفا کنند. نیروی انسانی که در این پژوهشگاه‌ها آموزش دیده و صاحب مهارت شده است اکنون آماده ایفای نقش‌های اثرگذاری در بخش خصوصی خواهد بود. توجه به این نکته خالی از فایده نیست که بسیاری از پژوهشگرانی که شمه اقتصادی داشته‌اند خود به تأسیس بنگاه‌های خصوصی همت گمارده‌اند و برقراری رابطه انسانی میان پژوهشگاه‌ها و بخش خصوصی می‌تواند چنین اقداماتی را ضابطه‌مند و بارورتر کند.
بعد سوم، فهم فعالیت‌های بنگاه‌ها و نیازهای آنان به وسیله بخش دولتی و انتقال آن به بدنه سیاستگذار برای اخذ تصمیمات در جهت رفع این مشکلات است. بدین ترتیب، این پژوهشگاه‌ها می‌توانند واسطه‌ای ایجاد کنند که از طریق آن مشکلات بخش خصوصی را به‌صورت عمیق‌تری فهم کرده و آنان را به بدنه بالاتر منتقل سازند. از این روی می‌توان انتظار داشت که قوانین دست‌و‌پاگیر سریع‌تر زدوده شده و قوانین مورد نیاز با سرعت و کیفیت بهتری تدوین شود.
توجه به این سه بعد از منظر دیگری نیز مهم است و آن شکل‌گیری فهم متفاوتی از فعالیت بنگاه درون بدنه دولت است. به‌طور سنتی، دولت چون ابزارهای مالی در اختیار دارد تمایل دارد که مشکلات را نیز از این منظر مشاهده کند و برای مسائل مختلف راه‌حل‌های مالی ارائه کند در حالی‌که در بسیاری از موارد، جنس مسائل و مشکلات متفاوت است و برقراری این روابط در اصلاح نگاه دولت بسیار مؤثر است.
4- تتمه: تجربه کره‌جنوبی در این زمینه بسیار درس‌آموز است. این کشور ابتدا هدف خود را از تأسیس پژوهشگاه‌های دولتی، توسعه و انتقال دانش به بخش خصوصی قرار داده بود. بعد از توسعه بنگاه‌های کره‌ای و در زمانی که چنین پژوهشگاه‌هایی دیگر توانایی پاسخگویی به نیاز دانشی بنگاه‌ها را نداشتند، نقش آنان به سمت فراهم‌کردن نیروی انسانی کارآمد برای بنگاه‌ها تغییر کرد و در نهایت این سازمان‌ها کم‌کم تبدیل به بدنه سیاستگذار در حوزه‌های خاص خود شدند و نقش سومی را برای خود بازتعریف کردند. بدون شک در برهه حاضر که پژوهش، محور اساسی بحث‌ها و پژوهشگاه‌های دولتی محل اصلی جذب بودجه‌ها هستند، بازتعریف مفهوم حلقه مفقوده ضروری است.
حلقه مفقوده نظام پژوهش کشور صرف اتصال طرف تقاضا به سمت پژوهش نیست چرا که نظام پژوهش کشور توان برقراری چنین اتصالی را ندارد. از جمله کلیدهای اصلی برطرف شدن مشکلات، بازتعریف نقش پژوهشگاه‌های دولتی و رابطه آن با بخش خصوصی در راستای تولید دانش و نوآوری در کشور و حل مسائل و نیازهاست. لازم به ذکر است، همان‌گونه که ابتدای نوشته ذکر شد، مطالب فوق از جنبه اقتصادی مورد بحث قرار گرفته و طبیعی است که تحقیقات در حوزه علوم انسانی و مواردی نظیر آن را شامل نمی‌شود.
خصوصی‌سازی که اصل 44 بر آن صحه می‌گذارد صرفاً انتقال مالکیت نیست، بلکه بازتعریف گسترده ساختارها و روابط درون سیستم اقتصاد است که از جمله مهمترین آنها بازسازی روابط میان دولت و بخش خصوصی در حوزه پژوهش و ایجاد مولفه‌های حقوقی و نهادی لازم در این راستاست