مهم‌ترین ایراداتی که مسئولان سازمان اقتصاد اسلامی به‌عنوان متولی صندوق‌های قرض‌الحسنه نسبت به دستورالعمل بانک مرکزی وارد می‌دانند تعیین رقم 100 میلیارد تومانی به‌عنوان حداقل سرمایه اولیه برای تأسیس بانک قرض‌الحسنه است که به گفته این عده، خارج از توان صندوق‌های قرض‌الحسنه برای تأمین آن است.
همچنین ایراد دیگری که سخنرانان این همایش از جمله مدیرعامل و نایب رئیس سازمان اقتصاد اسلامی و همچنین رؤسای اتاق بازرگانی ایران و تهران بر آن تأکید کردند، لزوم داشتن 5 سال سابقه کار بانکی برای مدیران بانک قرض‌الحسنه است.
بدین ترتیب از آنجا که مدیران صندوق‌های قرض‌الحسنه فاقد تجربه مدیریت بانکی هستند، قادر به حضور در هیأت مدیره بانک‌های قرض‌الحسنه نخواهند بود.
از سوی دیگر، دکتر محمد نهاوندیان رئیس اتاق بازرگانی ایران ابراز امیدواری کرد تغییر مدیریت در بانک مرکزی امکان تصحیح و تکمیل آیین‌نامه تشکیل بانک قرض‌الحسنه را فراهم آورد.
وی گفت: اجرای درست سیاست‌های اصل 44 قانون اساسی ایجاب می‌کند که حتی اگر دولت هم می‌خواهد دست به تأسیس بانک قرض‌الحسنه بزند، این کار را با سرمایه بخش خصوصی انجام دهد.
در همین زمینه، عبدالله فرجی مدیرعامل سازمان اقتصاد اسلامی، در سخنانی در همایش مزبور اعلام کرد: با دستور رئیس‌جمهوری در ابتدا قرار بود بانک قرض‌الحسنه با کمک صندوق‌های قرض‌الحسنه و سازمان اقتصاد‌ا‌سلامی تشکیل شود اما دستورالعملی که بانک مرکزی در این زمینه صادر کرده، عملاً دست صندوق‌های قرض‌الحسنه در تشکیل بانک را می‌بندد.
علاءالدین میرمحمدصادقی، نایب رئیس سازمان اقتصاد اسلامی نیز تشکیل بانک قرض‌الحسنه توسط بانک‌های دولتی را خلاف سیاست‌های کلی اصل 44 قانون اساسی دانست.
وی اعلام کرد که 500 صندوق قرض‌الحسنه تقاضای مشارکت برای تأسیس بانک قرض الحسنه داده‌اند.
شورای پول و اعتبار 27 مردادماه امسال، ضوابط تأسیس و فعالیت بانک‌های قرض‌الحسنه را به تصویب رساند و از کلیه متقاضیان دعوت کرد درخواست‌های خود را برای تأسیس بانک قرض‌الحسنه به بانک مرکزی ارائه کنند.
پس از آن، بانک‌های دولتی و خصوصی برای تأسیس یک بانک قرض‌الحسنه که منابع آن از انتقال منابع حساب‌های قرض‌الحسنه این بانک‌ها تأمین خواهد شد، درخواستی ارائه دادند و قرار است به‌زودی این بانک قرض‌الحسنه تشکیل شود.
