او شاگرد حسین تهرانی و امیر ناصر افتتاح بود. در سال ۱۳۳۷ در گروه‌های موسیقی وزارت فرهنگ و هنر مشغول به کار شد.
و هم‌زمان در گروه همنوازان تنبک به رهبری استاد خود نیز همکاری می‌کرد. در سال ۱۳۴۳ به سمت هنرآموز تنبک در هنرستان موسیقی ملی به جانشینی استاد خود آموزش تنبک را عهده‌دار شد.
شیوه نوازندگی محمد اسماعیلی شیوه استاد حسین تهرانی است. محمد اسماعیلی از امکانات تمبک مانند چوب، گرفت‌های تمبک استفاده کامل می‌کند و نوازندگی وی بسیار تکنیکی است. قابلیت نوازندگی محمد اسماعیلی چه در تکنوازی و چه در همراهی با ارکستر مثال‌زدنی است. دونوازی‌های (سوال وجواب) وی با سنتور استاد فرامرز پایور ماندگار است.
در دهه ۱۳۶۰ به سرپرستی فرامرز پایور (سنتور) و همراهی جلیل شهناز (تار)، علی اصغر بهاری (کمانچه) و محمد موسوی (نی)، گروه اساتید را با آواز شهرام ناظری شکل داد که بعدها این گروه اجراهایی را هم با علی رستمیان به صحنه بردند.
در کنار آن او در دهه هفتاد به عنوان همنواز گروه صبا به سرپرستی و‌آهنگسازی زنده‌یاد حسین فرهاد‌پور(آهنگساز و نوازنده قیچک) اجراهای متعددی را با خوانندگی سید عبدالحسین مختاباد در ایران و خارج از ایران انجام داد.
محمد اسماعیلی در کنار گروه سازهای مضرابی استاد حسین دهلوی نیز حضوری موفق داشت و گروهی از تنبک‌نوازان را برای اجراهای گروهی تنبک گرد هم آورد و آثار معتددی را در تالار وحدت اجرا کردند.
اسماعیلی همچنین شاگردان بسیاری را در تمبک آموزش داد که هم اینک هر کدامشان خود آموزگاری در تنبک شده و شیوه استاد خود را به هنرآموزان آموزش می‌دهند.
او به دلیل خدمات و سابقه و کارهای فراوانی که در زمینه تمبک و تمبک نوازی انجام داد مدرک درجه یک هنری را از وزارت ارشاد دریافت کرده است.