در دهه شصت کار موسیقی را با سه تار آغاز کرد. دوره عالی سه تار و تار را در محضر استاد محمدرضا لطفی گذراند و سپس آموزش این دو ساز و همچنین پژوهش درزمینه موسیقی را آغاز کرد. در سال هفتاد و سه گروه همایون را به منظور بازسازی تصانیف قدیمی ایران تاسیس و به همراه این گروه کنسرت‌های متعددی را اجرا کرد.
آشنایی‌اش با مرحوم استاد عبدالله طالع همدانی به اهداف اولیه‌اش در زمینه بازسازی تصانیف قدیمی ایران کمک شایانی کرد، به نحوی که مهرنیا آشنایی و درک محضر این نوازنده، آهنگساز و ترانه سرای قدیمی را تکمیل کننده دوره آموزشی خود می‌داند.
مهرنیا تصانیف استاد طالع را گرد آوری کرد و پس از اجرا در چند کنسرت، این آثار را با عنوان "طالع مهر" گرد‌آوری و تنظیم کرد. مهران مهرنیا علاوه بر موسیقی دستی هم در کار مطبوعات داشت. وی کار مطبوعاتی‌اش را از سال هفتاد در موسسه مطبوعاتی گل آقا آغاز کرد و تا سال هفتاد و چهار در همان مجموعه فعال بود و پس از آن ترجیح داد به چاپ مقالاتش در زمینه موسیقی در نشریات معتبر بسنده کند و وقتش را مصروف کار اصلی‌اش موسیقی، نماید. او پژوهش موسیقی را پی گرفت و از سال هفتاد و هفت در زمینه موسیقی کلاسیک ایران (موسیقی فارسی) و مقایسه تطبیقی آن با موسیقی مناطق ایران پژوهش‌های ارزنده‌ای انجام داد.
مهرنیا در نخستین برنامه نقد نغمه به عنوان منتقد در کنار هوشنگ کامکار قرار گرفت.
مهرنیا علاوه بر تدریس تار و سه تار و تاریخ موسیقی در موسسات مختلف و آموزشگاه خصوصی اش، در کنسرواتوار تهران مشغول تدریس است.
