او از 1970 تا 1975 در کنسرواتوار و دیگر آموزشگاه های محلی تدریس کرد. در طول این دوره، به خاورمیانه، شمال آفریقا، اروپا و ایالات متحده سفر کرد و به اجرای تک‌نوازی با عود در آن مکان‌ها پرداخت.
نواختن عود به طور سنتی با تکنیک‌های سختگیرانه‌ای که بر آن حاکم بود، محدود شده بود. با این حال، موسیقیدانان بسیار مستعد و ماهری چون مارسل خلیفه قادر بودند این ساز را از آن محدودیت‌ها رها سازند و امکانات آن را به طور وسیعی گسترش دهند. در 1972 مارسل خلیفه گروه موسیقی‌ای در روستای محل تولد خود با هدف احیای سنت موسیقایی و کرال عربی بوجود آورد. اولین اجرای آن‌ها در کشور لبنان بود. در سال 1976 او گروهش تولد گروه موسیقی المیادین را دیدند. شهرت المیادین که با تجارب قبلی گروه موسیقی غنی شده بود، فراتر از مرزهای لبنان رفت.
مارسل خلیفه به همراه گروه موسیقی خود سفر موسیقیایی مادام العمر و دوردستی را آغاز کرد و در کشورهای عربی، اروپا، ایالات متحده، کانادا، آمریکای جنوبی، استرالیا و ژاپن به اجرای موسیقی پرداخت. او چندین بار به جشنواره‌هایی با شهرت بین‌المللی دعوت شده است نظیر: بیت ادین، بعلبک(لبنان)، الحمامت، کارتاژ(تونس)، تیمقاد(الجزایر)، جراش(اردن)، آرلس(فرانسه)، کرمز، لینز(اتریش)، برمن(آلمان)، ری‌اورینت(سوئد)، پاویا(ایتالیا)، جشنواره جهانی موسیقی در سانفرانسیسکو، نیویورک، کلیولند(آمریکا).
او در تالارهای معتبری نظیر تالارهای زیر هم به اجرای موسیقی پرداخته است:
قصر هنرها در مونترال، فضای سمفونی و کنسرت مرکین در نیویورک، تئاتر برکلی و کنسرواتوار نیوانگلند در بوستون، تالار جشنواره سلطنتی و تالار ملکه الیزابت در لندن، قصر یونسکو در بیروت، خانه اپرای قاهره(مصر)، خانه فرهنگ‌های جهان و تالار یونسکو در پاریس، دیونیزیای مرکزی در رم، یربا بوئنا در سانفرانسیسکو، تئاتر سودرا در استکهلم.
خلیفه همچنین چندین موسیقی برای فیلم‌های داستانی و مستند تصنیف کرده است که مارون بغدادی و اسامه محمد از جمله تهیه‌کنندگان آن‌ها بوده‌اند. او همچنین چندین اثر کاملاً سازی تصنیف کرده است مانند سمفونی بازگشت، سرودهای مشرق، کنسرتو الاندلس «سوئیت برای عود و ارکستر»، موده‌ابا(دلجویی)، دیوان عود، «جدال»، دونوازی عود، چهارنوازی عود، «السما» در شکل‌های عربی سنتی، تقاسیم، دونوازی عود و کنترباس. ارکسترهای بسیاری آثار تصنیفی مارسل خلیفه را اجرا کرده‌اند که مهمترینشان عبارتند از ارکستر سمفونی کیف، آکادمی ارکستر بیلانکور بولونی، ارکستر مجلسی سانفرانسیسکو، ارکستر شهر تونس، و گروه موسیقی خالص.
از 1982 مارسل خلیفه کتاب‌هایی درباره موسیقی نوشته است که بازتاب دهنده تصنیفات پیشرو (آوانگارد) و پختگی تجربه اوست. با این حال، تلاش‌های او فقط جنبه‌ی موسیقیایی ندارند. او مفسر موسیقی، اجراکننده عود و همچنین مصنفی است که عمیقاً به متون مورد اتکای خود دلبستگی دارد. او ضمن همکاری با شاعران بزرگ و معاصر عرب که مهمترینشان بویژه شاعر فلسطینی، محمود درویش، است، درجستجوی تجدید حیات مشخصه ترانه عربی، درهم شکستن کلیشه‌های آن، و پیشرفت فرهنگ جامعه‌ای است که آن را دربرگرفته است.
نوارهای تغزلی او بالغ بر بیست آلبوم می‌شود که تعدادی از آن‌ها عبارتند از: وعده‌های توفان، احمد العربی، عروسی‌ها، رحمت بر تو، قصیده‌ای برای زادگاه، قهوه‌جوش عربی، بچه‌ها و پسر(الجسد). مارسل خلیفه در سفرهای خود موسیقی اصیل را ابداع و خلق می‌کند، جهان جدیدی از اصوات و رها از تمام قوانین از پیش تثبیت شده. این زبان او را تا سطح سفیر فرهنگ خود و حافظ موسیقی خاور نزدیک که در جستجوی مبتکران است، ارتقا می‌دهد.
از جمله آخرین اجراهای او می توان به اجرایش در بلژیک اشاره کرد که بعد از حمله رژیم صهیونیستی به غزه در پاییز سال 1991 به یاد کودکان و کشته شدگان غزه ترانه هایی را اجرا کرد.