افشار در سال ۱۳۱۲ آموزش دبستانی را در دبستان زرتشتیان آغاز کرد.
افشار پس از آن در مدرسه شاهپور تجریش و در دبیرستان فیروز بهرام تحصیلات متوسطه را پی‌گرفت و با اتمام این دروه در سال ۱۳۲۴ وارد دانشکده حقوق دانشگاه تهران شد و در سال ۱۳۲۸ تحصیلات خود را با گرایش قضایی به پایان برد.
او را شاخص‌ترین کتابدار تاریخ معاصر ایران باید نام نهاد که چند سالی هم ریاست کتابخانه دانشگاه تهران را عهده‌دار بود.
وی زبان انگلیسی و فرانسه را خوب می‌داند. ده سال کتابدار دانشکده حقوق بود و سپس رئیس کتابخانه دانش‌سرای عالی شد. یک سال نیز ریاست کتابخانه ملی را بر عهده داشت و چهار سال هم رئیس اداره کل انتشارات دانشگاه بود.
افشار مدتی به عنوان کتابدار وارد کتابخانه دانشکده حقوق دانشگاه تهران شد و با کسب تجربیات این دوره ریاست کتابخانه ملی را به عهده گرفت.
وی عضو انجمن ایرانشناسی، عضو هیات انتخاب کتاب، عضو کمیته جایزه کتاب‌سال، عضو انجمن کتابداران ایران، عضو هیات اجرایی انجمن تاریخ بود و همچنین از اعضای شورای عالی دائره‌المعارف بزرگ اسلامی به شمار می‌رفت.
او سردبیری یکی از مهمترین نشریات حوزه کتاب ونشر با عنوان راهنمای کتاب را برای نزدیک به دو دهه بر عهده داشت و نیز همچنین نشریه فرهنگ ایران زمین و آینده و چند نشریه دیگر را هم او سردبیری کرد.
مجموعه تالیفات ایرج افشار به نزدیک به ۵۰۰ عنوان می‌رسد. سید فرید قاسمی در کتابی حجیم درباره زندگی و آثار او نوشت که سال ۱۳۸۸ روانه بازار نشر شد.
برخی از فعالیت‌های اجرایی دکتر افشار:
- همکاری با مجله جهان نو
- مدیر داخلی مجله آینده
- سردبیر مجله مهر
- سردبیر مجله سخن
- مدیر مجله کتاب‌های ماه
- همکاری در تاسیس کلوب کتاب
- مدیر و سردبیر مجله راهنمای کتاب
- فهرست‌نگاری مجموعه کتاب‌های فارسی چاپی دانشگاه هاروارد
- مدیر مجله ایرانشناسی
- انتشار مجله آینده
افشار به سال ۱۳۳۱ با همکاری چهار تن از دوستان خود، انتشار نشریه فرهنگ ایران زمین را آغاز کرد و از سال ۱۳۲۷ مدیریت مجله راهنمای کتاب را به عهده داشت.
وی به دعوت دانشگاه هاروارد آمریکا یک سال در آن کشور مقیم بود و به کار مرتب‌کردن کتاب‌های السنه شرقی آن دانشگاه اشتغال داشت و همچنین برای امور مربوط به کتاب و کتابداری سفرهایی به کشورهای مختلف داشته است.
ایرج افشار، نسخه‌شناس، پژوهشگر و ایرانشناس برجسته ۱۸ اسفند سال ۱۳۸۹ و پس از طی یک دوره بیماری شش ماهه که به سرطان مبتلا شده بود، در سن ۸۵ سالگی درگذشت.
افشار پیش از مرگش کتابخانه شخصی‌اش را به مرکز دائره‌المعارف بزرگ اسلامی اهداء کرد و پس از درگذشتش هم در این مرکز گروهی از دوستان و شاگردانش و دو فرزندش، جایزه‌ای را به نام و یاد او ترتیب دادند که قرار شد در سالروز تولد او هر ساله به بهترین پایان‌نامه در زمینه کتابداری اهداء‌شود.
برخی از آثار ایرج افشار:
- پژوهش‌های ایران شناسی (ج ۱و۲)، چاپ اول، تهران: بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار (۱۳۸۴)
- دفتر تاریخ، چاپ اول، تهران: بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار (۱۳۸۴)
- فرهنگ ایران زمین، چاپ اول، تهران: بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار (۱۳۸۴)
- گلگشت در وطن (سفرنامچه) چاپ اول، تهران: اختران (۱۳۸۴)
- نامه‌های تهران، چاپ سوم، تهران: فرزان روز (۱۳۸۵)
- ریاض الفردوس خانی، چاپ اول، تهران: بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار (۱۳۸۵)
- یادیارمهربان(مرزهای شرقی شعر پارسی از تاجیکان ورارودان تا هند، با مقدمه ایرج افشار) تهران: شهاب ثاقب
- فهرست دستنویس‌های فارسی در کتابخانه ملی اتریش و آرشیو دولتی اتریش در وین. فرهنگستان علوم اتریش-فهرستگان- وین