برخی داوطلبان به دیوان عدالت اداری شکایت برده‌اند و گروهی دست به دامان نمایندگان مجلس شورای اسلامی شده‌اند، با وجود این، معاون آموزشی وزیرعلوم گفته ایرادی در این‌باره وجود ندارد. جمعی از داوطلبان شرکت‌کننده در کنکور دکتری در اعتراض به آنچه دعوت نشدن از آنها برای مصاحبه بیان می‌کردند 31 خرداد ماه امسال در مقابل سازمان سنجش تجمع کردند.
بررسی اعتراض در مجلس
برخی از داوطلبان شرکت‌کننده در کنکور دکتری اعتراض خود را درباره اسامی دعوت شدگان برای مصاحبه با نمایندگان مجلس مطرح کردند که نتیجه آن فراخوانی رئیس جدید سازمان سنجش به کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس برای بررسی اعتراضات و پاسخگویی در این باره است. رئیس کمیسیون آموزش درباره ورود کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس به بحث اعتراض داوطلبان کنکور دکتری به مهر گفت: هیأت رئیسه کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس، امروز با رئیس سازمان سنجش جلسه‌ای خواهند داشت. محمد‌مهدی زاهدی در پاسخ به این پرسش که مسئولان وزارت علوم هم به کمیسیون فراخوانده شده‌اند یا خیر، تأکید کرد: بالاترین مقام مسئول در این زمینه رئیس سازمان سنجش است که در کمیسیون آموزش حضور می‌یابد.
اعتراض وارد نیست
در همین حال معاون آموزشی وزارت علوم با اعلام نتیجه بررسی‌های وزارت علوم در زمینه نحوه معرفی داوطلبان کنکور دکتری به دانشگاه‌ها برای انجام مصاحبه گفت: اعلام اسامی داوطلبان به دانشگاه‌ها برای مصاحبه به درستی صورت گرفته است.
حسین نادری‌منش درباره آخرین وضعیت رسیدگی به اعتراضات داوطلبان کنکور دکتری در وزارت علوم گفت: داوطلبان در این زمینه مشکلی پیدا نکرده‌اند و کار خلاف قانونی انجام نشده است. وی درباره این موضوع که عده‌ای از معترضان به کنکور دکتری به دیوان عدالت اداری شکایت کرده‌اند، اظهار کرد:
اگر به دیوان عدالت اداری شکایت کرده‌اند باید دید دیوان حقی برای آنان قائل می‌شود یا نه و بقیه موارد را باید سازمان سنجش آموزش کشور بررسی کند.معاون وزیر علوم گفت: سازمان سنجش سایت دارد و افراد می‌توانند اعتراضات خود را برای بررسی در این سایت مطرح کنند
