وی علی رغم اینکه در روز حمله هوایی دشمن به خاک میهن اسلامی در مرخصی به سر می‌برد، ولی بلافاصله خود را به پایگاه مربوطه رساند و پروازهای جنگی خود را شروع کرد.
مصطفی اردستانی از روز دوم مهر ماه سال 1359، پروازهای جنگی خود را آغاز کرد. با توجه به شهامت مثال زدنی‌اش و انجام عملیات غیر ممکنی که در طول یک سال اول جنگ انجام داد، در سال 1360 به درجه سرهنگ دومی مفتخر شد و بلافاصله به عنوان فرمانده پایگاه پنجم شکاری امیدیه اهواز منصوب شد.
در تمام مدتی که فرمانده پایگاه هوایی امیدیه بود و تا چندی بعد از آن، به صورت داوطلبانه به پایگاه چهارم شکاری دزفول - که نزدیک‌ترین پایگاه به مرز عراق بود - می‌رفت و سخت‌ترین و خطرناک‌ترین عملیات‌ها را انجام می‌داد و همیشه این جمله ورد زبانش بود که:
- " دوستان! هر کس در حسرت حضور در کربلاست، بداند که این جا کربلاست. بدانید فرزند زهرا(س) و آقا امام زمان (عج) نظاره گر ما است".
در سال 1363 به سمت معاون عملیاتی پایگاه دوم شکاری منصوب شد. پس از 3 سال انجام وظیفه در این مسئولیت، در سال 1366 به عنوان مدیریت آموزش عملیات نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران منصوب شد.
پس از شهادت سرلشکر خلبان عباس بابایی که معاونت عملیات نیروی هوایی را عهده دار بود، شهید اردستانی به این سمت (معاونت عملیات نیروی هوایی) برگزیده شد و تا زمان شهادت (15/10/1373) عهده‌دار این مسئولیت مهم بود.
سرلشگر خلبان، شهید اردستانی، در طول جنگ تحمیلی، همواره داوطلب مأموریت‌های مشکل بود و بارها اتفاق می‌افتاد که در یک روز، هفت بار به خاک دشمن حمله می‌برد و بدون شک او با انجام دادن 400 پرواز برون مرزی بر فراز خاک دشمن و 1724 ساعت پروازهای مختلف در خاک میهن اسلامی، یکی از قهرمانان جنگ به حساب می‌آید که چندین بار تا مرز شهادت پیش رفت تا سرانجام در تاریخ 15/10/73 بر اثر سانحه هوایی، به همراه فرمانده فقید نیروی هوایی، سرلشکر شهید منصور ستاری و چند تن دیگر از همرزمانش، به آروزی دیرینه‌اش رسید و به لقاء معبود پیوست.
شهید اردستانی به هنگام شهادت 46 سال سن داشت و از وی دو فرزند پسر و دو فرزند دختر به یادگار مانده است.
- وظیفه شناسی، دلاوری، شجاعت و دیگر خصوصیات ویژه این شهید بزرگوار تا حدی است که فرمانده کل قوا در مورد او چنین فرمودند: «شهید اردستانی یکی از پاک‌ترین، مخلص‌ترین و مومن‌ترین افراد تمام قشرها بود. او عنصری فدایی و شهیدی زنده بود و عزیزانی از قبیل شهید اردستانی و دیگر دوستانی که به شهادت رسیدند، داغی است بر دل هرکسی که نسبت به نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران احساس خویشاوندی و نزدیکی می‌کند. برای من و ملت عزیز این یک داغ بزرگ بود. با بودن شهید اردستانی در عملیات، قلب من آرام بود.»