شهید بابایی با دارا بودن تعهد، ایمان، تخصص و مدیریت اسلامی چنان درخشید که شایستگی فرماندهی وی محرز و در تاریخ ۷/۵/۱۳۶۰، فرماندهی پایگاه هشتم هوایی بر عهده او گذاشته شد.
به هنگام فرماندهی پایگاه با استفاده از امکانات موجود آن، به عمران و آبادانی روستاهای مستضعف نشین حومه پایگاه و شهر اصفهان پرداخت و با تامین آب آشامیدنی و بهداشتی، برق و احداث حمام و دیگر ملزومات بهداشتی و آموزشی در این روستا، گذشته از تقویت خط سازندگی انقلاب اسلامی، در روند هر چه مردمی کردن ارتش و پیوند هر چه بیشتر ارتش با مردم خدمات شایان توجهی را انجام داد.
بابایی، با کفایت، لیاقت و تعهد بی پایانی که در زمان تصدی فرماندهی پایگاه اصفهان از خود نشان داد، در تاریخ 9/9/1362 با ارتقاء به درجه سرهنگی به سمت معاون عملیات نیروی هوایی منصوب و به تهران منتقل گردید.
او با روحیه شهادت طلبی به همراه شجاعت و ایثاری که در طول سال‌ها، در جبهه‌های نور و شرف به نمایش گذاشت، صفحات نوین و زرینی به تاریخ دفاع مقدس و نیروهای هوایی ارتش نگاشت و با بیش از ۳۰۰۰ ساعت پرواز با انواع هواپیماهای جنگنده، قسمت اعظم وقت خویش را در پرواز های عملیاتی و یا قرارگاه‌ها و جبهه‌های جنگ در غرب و جنوب کشور سپری کرد و به همین ترتیب چهره آشنای «بسیجیان» و یار وفادار فرماندهان قرارگاه‌های عملیاتی بود و تنها از سال ۱۳۶۴ تا هنگام شهادت، بیش از ۶۰ مأموریت جنگی را با موفقیت کامل به انجام رسانید.
بابایی به علت لیاقت و رشادت‌هایی که در دفاع از نظام، سرکوبی و دفع تجاوزات دشمنان از خود بروز داد، در تاریخ 8/2/1366 به درجه سرتیپی مفتخر گردید.
تیمسار عباس بابایی صبح روز پانزدهم مرداد ماه سال 1366 مصادف با روز عید قربان همراه یکی از خلبانان نیروی هوایی (سرهنگ نادری) به منظور شناسایی منطقه و تعیین راه کار اجرای عملیات، با یک فروند هواپیمای آموزشی اف-۵ از پایگاه هوایی تبریز به پرواز درآمد و وارد آسمان عراق شد.
وی پس از انجام دادن مأموریت، به هنگام بازگشت، در آسمان خطوط مرزی، هدف گلوله‌های تیربار ضد هوایی قرار گرفت و از ناحیه سر مجروح شد و بلافاصله به شهادت رسید.
نقل شده است که وی چند روز قبل از شهادت در پاسخ پافشاری‌های بیش از حد دوستانش جهت عزیمت به مراسم حج گفته بود: «تا عید قربان خودم را به شما می‌رسانم.»
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای درباره شهید بابایی فرموده است:
«در میان رزمندگان (چه ارتش و چه سپاه) شهید بابایی یک انسان بزرگ و یک چهره‌ماندگار و فراموش نشدنی است.»
سرلشکر خلبان شهید عباس بابایی در هنگام شهادت ۳۷ سال داشت، او اسوه‌ای بود که از کودکی تا واپسین لحظات عمر گرانقدرش همواره با فداکاری و ایثار زندگی کرد و سرانجام نیز در روز عید قربان، به آروزی بزرگ خود که مقام شهادت بود نائل گردید و نام پرآوازه‌اش در تاریخ پرا فتخار ایران جاودانه شد.