بقایی همچنین در حکم جداگانه‌ای از سوی احمدی‌نژاد به سرپرستی نهاد ریاست‌جمهوری نیز منصوب شد. اسفندیار رحیم مشایی، در اسفند ماه سال گذشته از تعیین معاون اجرایی رئیس‌جمهور در آینده نزدیک خبر داده بود. از ابتدای کار دولت دهم و پس از آنکه اسفندیار رحیم‌مشایی از تصدی معاونت اول ریاست‌جمهوری بازماند، احمدی‌نژاد رحیم‌مشایی را در جایگاه رئیس‌دفتر خود و سرپرست نهاد ریاست‌جمهوری نشانده بود.
بقایی با ترک ریاست سازمان میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی، حکم معاونت اجرایی و سرپرستی نهاد ریاست‌جمهوری را دریافت کرده و برخی پایگاه‌های خبری از گزینه‌های احتمالی برای تصدی ریاست سازمان میراث فرهنگی نام برده‌اند. اکنون با این دو حکم، معاون اجرایی تازه رئیس‌جمهور نیز به جمع چندشغله‌های دولت افزوده شد. حمید بقایی هم‌اکنون و همزمان، دبیر عالی شورای مناطق آزاد و همچنین نماینده ویژه رئیس‌جمهور در امور آسیاست.
بقایی و میراث فرهنگی
حمید بقایی با مدرک کارشناسی آی‌تی در سال‌های گذشته یکی از کارکنان رادیو بود اما با خروج از رادیو در سازمان فرهنگی هنری شهرداری تهران مسئول بخش انفورماتیک و فرهنگسرای آی‌تی شده بود.پس از همکاری‌های دور مشایی و بقایی، در سازمان فرهنگی هنری شهرداری تهران و غیرآن، در روزهایی که اسفندیار رحیم مشایی معاونت رئیس‌جمهور و ریاست سازمان میراث فرهنگی دولت نخست احمدی‌نژاد را به‌عهده داشت، بقایی قائم‌مقام مشایی در این سازمان بود.
اواخر تیرماه 88 پیش از آنکه دولت دهم آغاز به کار کند، احمدی‌نژاد پرویز داوودی را از معاونت اول ریاست‌جمهوری کنار گذاشت و در حکمی رحیم‌مشایی را در عالی‌ترین جایگاه دولتی پس از خود نشاند.جای خالی مشایی در ریاست سازمان میراث فرهنگی را کسی پر نکرد جز حمید بقایی. مراسم معارفه بقایی برای تصدی معاونت ریاست‌جمهوری و ریاست سازمان میراث فرهنگی در ساختمان اصلی این سازمان در حالی برگزار شد که کسی نمی‌دانست حکم معاونت اولی مشایی چند روز دیگر لغو خواهد شد. مشایی پس از لغو حکم معاونت اول، رئیس دفتر رئیس‌جمهور و سرپرست نهاد ریاست‌جمهوری شد.
بقایی و مناطق آزاد
نیمه شهریور 88 بقایی سمت دیگری را هم به‌عهده گرفت. رئیس سازمان میراث فرهنگی و گردشگری با حفظ سمت دبیر شورای‌عالی مناطق آزاد کشور و ویژه اقتصادی شد. بقایی در این شورا جای محمود صلاحی را گرفت که در جریان تغییرات استانداران در جلسه استانی هیات دولت در خراسان رضوی به‌عنوان استاندار این استان معرفی شد. وی در این مسند هم همچنان مشایی را در کنار خود می‌دید.
بقایی و سیاست خارجی
بیش از یکسال بعد و در آخرین روز مرداد ماه، حمید بقایی حکم دیگری با مهر و امضای محمود احمدی‌نژاد دریافت کرد. رئیس‌جمهور برای او نوشته بود: با استناد به اصل 127 قانون اساسی، نظر به تعهد، دانش و تجارب مفید جنابعالی، به موجب این حکم به‌عنوان نماینده ویژه رئیس‌جمهور در امور آسیا منصوب می‌شوید.
این حکم بقایی نیز همزمان با حکم نمایندگی ویژه رئیس‌جمهور در امور خاورمیانه برای اسفندیار رحیم‌مشایی بود. انتصاب نمایندگان ویژه انتقاداتی را در محافل سیاسی به همراه داشت. از جمله مرکز پژوهش‌های مجلس که انتصاب این نمایندگان ویژه را مغایر با قانون اساسی دانسته بود.
در متن مرکز پژوهش‌های مجلس آمده بود: نکته مهم درخصوص نحوه تعیین نمایندگان ویژه این است که به تصریح اصل 127 قانون اساسی چنین کاری باید با تصویب هیأت وزیران صورت گیرد و هر چند در این خصوص قانونی به تصویب مجلس شورای اسلامی نرسیده اما صراحت اصل مذکور در تعیین نماینده ویژه با تصویب هیأت وزیران راه را بر شیوه‌های دیگر در تعیین نماینده ویژه می‌بندد. صدور این احکام به دلیل افزایش موازی‌کاری، در سیاست خارجی حتی با انتقاد مقام معظم رهبری روبه رو شد.
اگرچه احمدی‌نژاد بعدها حکم‌های تازه «نمایندگان ویژه» خود را در دیپلماسی منطقه‌ای به «دستیار ویژه» تغییر داد اما همچنان بقایی این انتصاب را موازی‌کاری با دستگاه دیپلماسی نمی‌دانست. او در گفت‌وگو با شبکه العالم، با اشاره به سفرهای خود به مصر و یمن و مذاکراتش با برخی مقام‌های ۲ کشور تاکید کرد: تعیین مشاور یا نماینده ویژه رئیس‌جمهور در موضوعات مختلف سیاست خارجی امر تازه‌ای محسوب نمی‌شود و به هیچ وجه موازی کاری با وظایف وزارت خارجه به شمار نمی‌آید.
گفته‌هایی که ناپخته توصیف شد
اوایل شهریور 89 گفته‌های بقایی با سمت جدیدش، واکنش‌هایی را در سطح روابط منطقه‌ای ایران به‌دنبال آورد.
رسانه‌های ترکیه به نقل از ایرنا نوشتند که حمید بقایی، رئیس سازمان میراث فرهنگی و نماینده ویژه رئیس‌جمهور در آسیا، در همایشی از عبارت «نسل‌کشی ارامنه» برای اشاره به رویدادهای سال 1915 علیه ارامنه در دوران حکومت عثمانی‌ها استفاده کرده است. این گفته‌ها تا جایی در روابط ایران و ترکیه تاثیر داشت که آنکارا خواستار توضیح رسمی مقام‌های تهران شد. نیمه شهریور89، منوچهر متکی وزیر امور خارجه وقت، با انتقاد از موازی‌کاری در امر سیاست خارجی، گفته‌های بقایی را ناپخته توصیف کرد.
انتصاب در پی انتقادات
تقدس بخشیدن به نوروز، طرح مکتب ایرانی در مقابل مکتب اسلام، تطبیق نشانه‌های ظهور با وضعیت فعلی منطقه و طرح بیداری انسانی به جای بیداری اسلامی از جمله انتقاداتی است که در حال حاضر از سوی اصولگرایان به جریان نوظهور در دولت وارد می‌شود تا آنجا که حتی برخی از اصولگرایان به صراحت از وجود جریانی انحرافی در داخل بدنه دولت خبر می‌دهند. با توجه به نامه سرگشاده روز گذشته علی مطهری به رئیس جمهور که از قضا بیشترین انتقاد آن به پروژه‌هایی بود که از سوی رئیس دفتر رئیس جمهور و معاون اجرایی جدید او دنبال می‌شود و با توجه به مخالفت‌هایی که از سوی برخی مراجع تقلید با انحرافاتی که در مورد مباحث مهدویت نوین صورت علنی به خود گرفته است، باید منتظر ماند و دید که واکنش اصولگرایان و حامیان منتقد رئیس جمهور به این انتصاب جدید چه خواهد بود.
بقایی و نهاد ریاست‌جمهوری
علاوه بر 3 مسئولیت جاری حمید بقایی، محمود احمدی‌نژاد در 2 حکم جداگانه رئیس سازمان میراث فرهنگی و گردشگری را به نهاد ریاست‌جمهوری نزدیک‌تر کرد. رئیس‌جمهور، بقایی را با حفظ سمت به معاونت امور اجرایی و سرپرستی نهاد ریاست‌جمهوری منصوب کرد. به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی ریاست‌جمهوری، در حکم تازه بقایی آمده است:
نظر به اهمیت و تاثیر مدیریت کلان اجرایی در تحقق اهداف و برنامه‌های بزرگ ملی به استناد اصل یکصد و بیست و چهارم قانون اساسی، جنابعالی را به‌دلیل کاردانی، کارآمدی، شایستگی‌های فردی و توان مدیریتی به‌عنوان «معاون امور اجرایی رئیس‌جمهور» منصوب می‌نمایم. همچنین در حکم دیگری که به امضای رئیس‌جمهور رسیده، خطاب به بقایی آمده است: نظر به اهمیت امور مربوط به نهاد ریاست‌جمهوری و ارتباط تنگاتنگ با حوزه معاونت امور اجرایی و اعتمادی که به شما دارم، جنابعالی را با حفظ سمت به «سرپرستی نهاد» منصوب می‌نمایم.
