او با مربیگری تیم ملی کرواسی در جامجهانی1998 شگفتی‌ساز شد و توانست به همراه این تیم عنوان سومی جامجهانی را کسب کند و بعد از این موفقیت همیشه نامش یادآور همان سرمربی موفق در جامجهانی 98 بود.
2سال بعد از این اتفاق، در روزهایی که فدراسیون فوتبال به‌دنبال سومین حضور در جامجهانی بود، میروسلاو بلاژویچ سرمربی تیم ملی ایران شد؛ اتفاقی که باعث شگفتی خیلی‌ها شد و خیلی‌ها امیدوار بودند که تیم ملی برای دومین بار متوالی به جام جهانی صعود کند.
بلاژویچ برای نخستین‌بار در اردیبهشت80 روی نیمکت تیم ملی نشست. نخستین تجربه بلاژویچ با ایران شکست یک بر صفر مقابل کره‌جنوبی بود. باخت به کانادا و قطر و تساوی مقابل بوسنی در بازی‌های ابتدایی باعث شد بلاژویچ شروعی تلخ با تیم‌ملی داشته باشد.
بلاژویچ البته به‌دلیل روابط مناسبش با رسانه‌ها همیشه در مصاحبه‌هایش پاسخ انتقادها را می‌داد و خیلی زود در فوتبال ایران از یک مربی بزرگ به یک مربی محبوب تبدیل شد. یحیی گل‌محمدی که در زمان مربیگری بلاژویچ یکی از مدافعان ثابت تیم ملی بود، نسبت به این موضوع ایراد می‌گیرد و می‌گوید: «من موافق مربیگری بلاژویچ در تیم ملی بودم اما انتقادهایی هم به او داشتم و یکی از این موارد مصاحبه‌های بیش از اندازه‌اش با روزنامه‌ها بود.
بلاژویچ مربی حساسی بود و مدام مصاحبه می‌کرد و سعی می‌کرد به تمامی پرسش‌ها پاسخ دهد». البته ماموریت اصلی مرد کروات در فوتبال ایران زمانی شروع شد که تیم ملی در مقدماتی جامجهانی به میدان رفت. تیم ملی با تیم‌های عربستان، عراق، تایلند و بحرین هم‌گروه بود. چیرو در مقدماتی جامجهانی شروع خوبی داشت و نتایج قابل‌قبولی در دور رفت این مسابقات به دست آورد. در دور برگشت مسابقات اما تیم ملی دچار افت شد و در مسابقه آخر با بحرین در شرایطی که می‌توانست صعود به جامجهانی را جشن بگیرد، باخت. گل‌محمدی در این رابطه می‌گوید: «متأسفانه نتوانستیم در بازی با بحرین نتیجه بگیریم و 3 بر یک شکست خوردیم. اگر در این مسابقه پیروز می‌شدیم، می‌توانستیم به جامجهانی هم صعود کنیم. به‌نظر من، تیم ملی در این بازی‌ها عملکرد خوبی داشت و فقط در بازی آخر جلوی بحرین کم آورد. یعنی تیم خوبی داشتیم و می‌توانستیم در جامجهانی هم حضور داشته باشیم».
تیم ملی اما حذف نشد و به مرحله پلی‌آف صعود کرد. مردان بلاژویچ مقابل امارات پیروز شدند تا برای صعود به جامجهانی مسابقه رفت و برگشتی مقابل تیم قدرتمند ایرلند برگزار کند. در این شرایط کمتر کسی شانسی برای صعود مردان بلاژویچ متصور بود. تیم ملی به ایرلند رفت و با اینکه 2 بر صفر بازی را واگذار کرد، اما بازی جسورانه‌ای ارائه کرد. در تهران و در حضور تماشاگران ایرانی تیم ملی به 3گل مقابل ایرلند نیاز داشت، اما در دقایق آخر مسابقه یک گل زد و حذف شد. گل‌محمدی، زننده تک گل ایران به ایرلند معتقد است که تیم ملی با مربیگری بلاژویچ ناکام نبود؛ «این درست است که تیم ملی به جامجهانی نرفت، اما من بلاژویچ را مربی موفقی در فوتبال ایران می‌دانم. او به‌طور کلی در فوتبال ایران ناموفق نبود؛ تأثیر خودش را گذاشت، به بازیکنان جوان میدان داد و در شرایطی که نسل بازیکنان تیم ملی تغییر کرده بود، به‌خوبی یک تیم خوب ساخت. بلاژویچ یک مربی حرفه‌ای بود و در سال‌هایی که فوتبال ایران آشفته بود، خیلی خوب تیم ملی را جمع کرد.»
تیم ملی البته در زمان مربیگری بلاژویچ معمولا بازی‌های زیبایی انجام می‌داد و نسبت به این موضوع کمترین انتقادها به بلاژویچ می‌شد. یحیی گل‌محمدی ادامه می‌دهد: «بلاژویچ نظم خاصی به تیم ملی داده بود. همیشه برای اردوها برنامهریزی مناسبی انجام می‌داد و تمرینات روز دنیا را برای ملی‌پوشان در نظر می‌گرفت. تفکراتش حرفه‌ای بود و جزو بهترین مربیانی بود که به ایران آمده‌اند. برانکو هم دستیار و دنباله‌‌رو این مربی بود که توانست تیم ملی را به جامجهانی2006 ببرد».
تیم ملی در زمان بلاژویچ فوتبالی تماشایی بازی می‌کرد که تا امروز تکرار نشده و همین موضوع در کنار شخصیت جذاب این مربی، او را بسیار محبوب کرده بود. با وجود این، ناکامی در صعود به جام جهانی، پایان تلخی را برای او رقم زد. گل‌محمدی در پاسخ به این پرسش که بلاژویچ چرا نتوانست در جامجهانی2002 هم حاضر باشد، تأکید می‌کند: «ظاهرا به بلاژویچ اطلاعات خوبی نداده بودند. او با یک تصور اشتباه در تیم ملی ایران مربیگری کرد. سعی می‌کرد با رفتارش همه را برای خودش نگه دارد و این موضوع روی کارش تأثیرگذار بود. البته در آن مقطع بازیکنان هم تفکرات حرفه‌ای نداشتند و کارکردن در تیم ملی سخت بود. اینها دلایلی بود که اجازه نمی‌داد تیم ملی به جامجهانی صعود کند، وگرنه بلاژویچ مربی بزرگی بود که می‌دانست چگونه در یک تیم موفق شود».
بدین ترتیب، با حذف تیم ملی از مقدماتی جامجهانی2002 پرونده حضور بلاژویچ در فوتبال ایران هم بسته شد. پیروزی 4 بر صفر تیم ملی مقابل بوسنی بهترین نتیجه مرد کروات با ایران بود و شکست 3بر یک مقابل بحرین نیز بدترین نتیجه چیرو با تیم ملی ایران به حساب می‌آید. گرچه او در تیم ملی ایران موفق نبود، اما رفتن بلاژویچ از فوتبال ایران با موفقیتش توأم بود. او در فصل 2003-2002 با تیم دیناموزاگرب توانست قهرمان لیگ کرواسی شود و در مقدماتی جامجهانی2010 نیز با مربیگری بوسنی توانست نتایج قابل‌قبولی به دست بیاورد و این تیم را تا آستانه صعود به جامجهانی آفریقای جنوبی پیش ببرد.
