اظهارنظرهای پنجعلی در این مدت باعث ناراحتی مسئولان باشگاه پرسپولیس شده بود به طوری که رویانیان مدیرعامل این باشگاه نیز از این قضیه ابراز ناراحتی کرده بود. پنجعلی تنها مسئول باشگاه پرسپولیس بود که علنا مخالفت خود را با ادامه حضور استیلی اعلام کرده بود. وی همچنین در اقدامی عجیب و در حالی که دایی با راه‌آهن قرارداد داشت با این مربی برای بازگشت به پرسپولیس تماس گرفته بود. این کار او باعث شد علی کریمی بگوید که اقدام پنجعلی حرفه‌ای نبوده است.
ادامه همکاری استیلی در پرسپولیس از یک سو و اظهارات پنجعلی از سوی دیگر در نهایت باعث شد این عضو هیئت مدیره از سمت خود کناره گیری کند.
اولین اظهارنظر پنجعلی پس از استعفا
محمد پنجعلی درباره استعفای خود به فارس گفت: پس از اینکه جلساتی برگزار کردیم به این نتیجه رسیدم که کارایی لازم را ندارم به همین دلیل تصمیم گرفتم از پرسپولیس بروم. از هیچ کس ناراحت نیستم و امیدوارم پرسپولیس همیشه در بازی‌های آینده موفق شود و دل تک تک هواداران شاد شود.
پنجعلی تاکید کرد: استعفایم را به زودی تقدیم وزیر ورزش خواهم کرد.
واکنش رویانیان به استعفای پنجعلی؛ خداحافظ شما!
محمد رویانیان مدیرعامل باشگاه پرسپولیس نیز در مورد استعفای محمد پنجعلی از هیئت مدیره باشگاه پرسپولیس گفت: استعفایی از ایشان به دست ما و وزراتخانه نرسیده و از او استعفایی ندیده‌ایم.
وی در پاسخ به این سؤال که پنجعلی اعلام کرده به دلیل نداشتن کارایی از هیئت مدیره باشگاه جدا شده است گفت: خداحافظ شما!
