نیروهای نظامی آمریکا که برای بازداشت این مظنون ۱۹ ساله با آوردن خودروهای زرهی به خیابان‌های شهر واترتاون مشغول گشتزنی و جست‌وجوی خانه به خانه بودند سرانجام جوهر سارنایف را که در حیاط خانه‌ای پنهان شده بود بازداشت کردند. تیمور لنگ برادر بزرگ جوهر هم که از سوی پلیس آمریکا مظنون اول این بمبگذاری معرفی شده پیش از این طی تیراندازی کشته شده بود. جوهر که در داخل یک قایق پناه گرفته بود پس از یک تیراندازی کوتاه‌مدت و در حال خونریزی بازداشت شد.
گفته می‌شود این دانشجوی سال دوم رشته پزشکی به‌شدت از ناحیه گردن و پا مجروح شده است. هزاران نفر از نیروهای ویژه آمریکا ساعت‌ها در جست‌وجوی این جوان که اصالت چچنی دارد بودند. با اعلام خبر بازداشت این جوان، اهالی منطقه شروع به جشن و شادی کردند. باراک اوباما، رئیس‌جمهور آمریکا با تقدیر از نیروهای امنیتی این کشور برای فعالیت‌هایشان اعلام کرد که سؤال‌های متعددی ازجمله انگیزه متهمان و همچنین نحوه عملیات آنها وجود دارد که هنوزپاسخی برای آنها پیدا نشده است. وی گفت: ما باید بفهمیم چرا جوان‌هایی که در این کشور بزرگ شده و در جامعه ما درس خوانده‌اند دست به چنین خشونتی زده‌اند. خانواده و دوستان این دو جوان مسلمان آنها را افرادی باهوش و خونگرم توصیف کرده‌اند.
انزور سارنایف، پدر این دو پسر هم آنها را بی‌گناه دانسته که قربانی نقشه سرویس‌های مخفی آمریکا شده‌اند. او در مصاحبه با رسانه‌ها گفت: فرزند من به مسجد می‌رفته است؛ آنها به همین‌خاطر پسرهایم را متهم و به آنها شلیک کردند.باراک اوباما و ولادیمیر پوتین، رؤسای جمهور آمریکا و روسیه هم در گفت‌وگوی تلفنی برای افزایش همکاری‌های ضد‌تروریسم دو کشور موافقت کردند. کاخ سفید اعلام کرده که اوباما در این تماس از مقام‌های روسیه به‌خاطر همکاری اطلاعاتی پس از انفجار بوستون قدردانی کرده است. رمضان قدیرف، رئیس‌جمهور چچن هم آمریکا را عامل اقدام مظنونان بمبگذاری بوستون دانست و گفت: آنها در آمریکا بزرگ شده‌اند و عقایدشان در آنجا شکل گرفته است.
