نخستین قهرمانی آبی‌ها در لیگ پنجم به‌دست آمد؛ فصلی که مصادف بود با سومین حضور متوالی قلعه‌نویی روی نیمکت آبی‌ها که سرانجام صبر سه‌ساله مدیران استقلال به پای قلعه‌نویی نتیجه داد و جشن قهرمانی آبی‌ها در ورزشگاه آزادی و دیدار برابر برق شیراز برگزار شد. در آن سال قهرمان سبزپوش فصل چهارم به رهبری مصطفی دنیزلی تا آخرین لحظات و شانه‌به‌شانه آبی‌پوشان پایتخت در حرکت بود اما یک هفته مانده به پایان لیگ بود که گذر پاس‌تهران به دیار زاینده‌رود و ذوب‌آهن افتاد. غلبه سبزهای اصفهانی بر سبزهای تهرانی به کمک قلعه‌نویی آمد تا صدر جدول به آبی‌ها برسد، کار به هفته آخر کشیده شود و قلعه‌نویی با شکست برق شیراز آن هم در حضور 110هزار هوادار جشن نخستین قهرمانی خودش و استقلال را برپا کند.
دومین قهرمانی امیر باز هم در ردای مربیگری استقلال و به فصل هشتم لیگ برتر برمی‌گردد. این بار سبزقباهای اصفهانی نه به‌عنوان کمک‌حال که حریف مستقیم قلعه‌نویی در رسیدن به قهرمانی در لیگ برتر بودند. در هفته آخر جلالی با فولاد از ذوب‌آهن پذیرایی می‌کرد و امیر با استقلال به مشهد رفته بود تا به مصاف پیام ته جدولی برود. تک گل استثنایی جانواریو برای کسب سه‌امتیاز امیر و شاگردانش در آن دیدار کافی بود اما این برد برای قهرمانی آبی‌ها کفایت نمی‌کرد و آنها باید منتظر لغزش سبزهای اصفهانی می‌نشستند و در نهایت شکست تلخ و سنگین ذوب‌آهن مقابل جلالی و شاگردانش برای قلعه‌نویی یک جام دیگر به ارمغان آورد.
اختلافات قلعه‌نویی و واعظ آشتیانی (مدیرعامل وقت آبی‌ها) در پایان فصل هشتم منجر به خروج ژنرال آبی‌ها از پایتخت شد تا گذر امیر به دیار نصف‌جهان بیفتد. مدیران سپاهان برای رسیدن به دومین قهرمانی در لیگ برتر دست به دامان قلعه‌نویی شدند. هر چند به عقیده خیلی از کارشناسان، قهرمان نکردن تیمی با 15ستاره سخت‌ترین کار دنیا بود اما به هرحال رقابت با غول‌هایی مانند استقلال، پرسپولیس و ذوب‌آهن کار راحتی نبود. سرانجام اما این سپاهان اصفهان بود که به رهبری قلعه‌نویی بر بام لیگ نهم قرار گرفت تا امیر به سومین افتخار لیگ برتری خود دست یابد. قلعه‌نویی در لیگ دهم هم در اصفهان ماند تا با تکرار قهرمانی در سپاهان یکی دیگر از خانه‌های خالی افتخاراتش را تکمیل کند. کسب دوباره قهرمانی یکی از کمبودهایی بود که قلعه‌نویی برای درخشان کردن کارنامه‌اش در برابر مخالفان حس می‌کرد. مدیران اصفهانی هم هر آنچه می‌خواست فراهم کردند تا امیر به چهارمین قهرمانی در لیگ برتر دست پیدا کند. استقلال با مربیگری پرویز مظلومی که رقیب اصلی سپاهان و امیر در آن فصل بود در میانه راه کم آورد تا چند هفته مانده به پایان لیگ دهم زردپوشان اصفهانی جشن قهرمانی را برپا کنند.
قلعه‌نویی در لیگ یازدهم که دستش از قهرمانی با تراکتورسازی کوتاه مانده بود به استقلال بازگشت. مدیرعامل آبی‌ها هم آنچه در توان داشت را برای امیر انجام داد تا یکی از پرستاره‌ترین تیم‌های تاریخ در فصل دوازدهم لیگ برتر برای آبی‌ها شکل بگیرد. باز هم در راه قهرمانی امیر، پای یک اصفهانی در میان بود و زردهای سپاهان رقیب اصلی آبی‌ها برای رسیدن به قهرمانی بودند. استقلال و سپاهان تا هفته‌های پایانی شانه‌به‌شانه در حرکت بودند اما شکست اصفهانی‌ها در رشت کافی بود تا سرنوشت امیر و شاگردانش در دستان خودشان باشد. غلبه بر فرکی و شاگردانش در اهواز کافی بود تا به فاصله یک هفته به پایان لیگ دوازدهم، آبی‌ها جشن قهرمانی را در شهر دومشان برپا کنند.
