در کوتاه‌مدت، بزرگ‌ترین و قدیمی‌ترین جنبش اسلامگرای جهان عرب به محکوم کردن کودتا و تظاهرات خیابانی ادامه می‌دهد و این تظاهرات به زد و خورد خیابانی و خشونت منجر خواهد شد اما این گروه با وارد شدن به نهادهای سیاسی مصر، خود را احیا خواهد کرد اما برای به‌دست آوردن ریاست‌جمهوری عجله‌ای نخواهد داشت.
در روزهای گذشته نیروهای امنیتی مصر به دستگیری گسترده رهبران و اعضای اخوان‌المسلمین ادامه دادند. ازجمله دستگیر‌شدگان، رهبران و اعضای شاخه سیاسی این گروه یعنی حزب آزادی و عدالت بودند. علاوه بر مرسی که به گفته نظامیان، در حبس بازدارنده است، بسیاری از چهره‌های سرشناس اخوان، استراتژی‌پردازان و تأمین‌کنندگان مالی آنها دستگیر شده‌اند. شمار دستگیر‌شدگان به چندصدنفر می‌رسد.
بعضی گزارش‌ها حاکی از آن است که بسیاری از این رهبران ارشد به تحریک خشونت در جریان ناآرامی‌های اخیر متهم و چندین رسانه خبری طرفدار اخوان و اسلامگرایان هم تعطیل شده‌اند. این در حالی است که نیروهای امنیتی همچنان مشغول برخورد با هواداران مردمی اخوان در شهرهای مختلف مصر هستند. آنها چند روز است که خیابان‌ها را ترک نکرده‌اند؛ بنابراین باید گفت که اخوان‌المسلمین نه‌تنها از نقشه‌راه سیاسی تحت‌هدایت نظامیان حذف شده بلکه هدف سرکوب و دستگیری سیستماتیک و گسترده قرارگرفته است. اخوان‌المسلمین چاره‌ای جز ادامه مقاومت در برابر نظامیان ندارد چرا که اگر این کار را نکند اعتبارش به‌ویژه در میان اعضایش زیر سؤال می‌رود.
اخوان‌المسلمین از این حقیقت که مرسی در یک کودتای نظامی برکنار شده استفاده می‌کند تا به مقاومت، اعتراض و حضورش ادامه دهد و بتواند پایگاه مردمی‌اش را حفظ کند. هدف اخوان استفاده از شبکه‌های گسترده و با قدمت اجتماعی‌اش برای احیای نفوذ در حکومت و در میان مخالفان است. اما اخوان‌المسلمین می‌داند که در این مسیر محدودیت‌های زیادی دارد.
اخوان‌المسلمین یک حزب سیاسی است نه یک جنبش انقلابی مسلح. طراحی این جنبش به‌گونه‌ای است که درون جامعه مدنی و در روند دمکراتیک فعالیت و مشارکت می‌کند. این گروه بزرگ‌ترین نهاد سیاسی در مصر است اما حتی از حمایت همه اسلامگرایان هم برخوردار نیست چه برسد به حمایت همه جمعیت مصر؛ شاید به همین دلیل بود که مرسی یک سال بعد از به قدرت رسیدن سقوط کرد. با این حال اخوان‌المسلمین سرنوشتش را می‌پذیرد و به روند سیاسی کشور بازمی‌گردد.
تقویت روحیه با یادآوری سابقه و تاریخ 85ساله جنبش اخوان و تأکید بر تجربیات و سختی‌های آن به‌ویژه در دوران سرکوب و ارعابی مانند رژیم ناصر در سال1954 ممکن می‌شود. رهبران اخوان‌المسلمین می‌گویند اگر این گروه توانسته در آن دوران سرکوب دوام آورد حتما حالا هم می‌تواند به حیات و فعالیتش ادامه دهد؛ چرا که اکنون شرایط تغییر کرده و عصر دمکراسی است اما انتقادهای داخلی از ناکامی‌های رهبری اخوان تهدیدی خطرناک‌تر از افت روحیه طرفداران است. البته این گروه در گذشته هم با اختلافات داخلی روبه‌رو بوده‌است. جدیدترین این اختلافات بعد از سرنگونی حسنی مبارک در سال 2012بروز کرد؛ وقتی چندین نفر از اعضای برجسته و رهبران اخوان این جنبش را ترک کردند تا برای خود احزاب دیگری تشکیل دهند. تحولات هفته گذشته هم می‌تواند تأثیری مشابه ایجاد کند و موجب شود که اعضای این جنبش از آن جدا شوند و به‌دنبال تغییر رهبری باشند. این وضعیت به‌ویژه در شاخه سیاسی اخوان یعنی حزب آزادی و عدالت بروز خواهد کرد. این وضعیت اجتناب‌ناپذیر خواهد بود زیرا اخوانی‌ها می‌دانند رهبری کنونی این جنبش که در اختیار اعضای قدیمی است، نتوانست دوران‌گذار را از یک جنبش مخالف به یک نهاد حاکم به درستی مدیریت و طی کند. رهبران قدیمی اخوان دست‌پرورده یک گروه مخالف خودرای بودند و به همکاری جمعی و مصالحه با رقبا در یک فضای دمکراتیک، عادت نداشتند. اخوان‌المسلمین باید مسائل و مشکلات داخلی خود را حل کند و بعد به فکر احیای سیاسی باشد؛ این مسئله‌‌ای مهم‌تر از مقاومت کنونی در برابر کودتای نظامیان است.
استراتفور
