جامعه مدرسین حوزه علمیه قم:
فقدان آیت الله العظمی فاضل لنکرانی خسارت جبران ناپذیری برای جهان اسلام است و به راستی فقدان مولمه او ثلمه جبران ناپذیری برای عالم اسلام و تشیع بوده و درک این مصیبت عظمی جز در سالیان دراز میسر نخواهد بود.
آیت‌الله ناصر مکارم شیرازی:
به یقین خدمات برجسته آن فقیه بزرگ به جهان تشیع و آثار گرانبها و ذی قیمت ایشان که بیانگر حیات جاویدان معنوی معظم له است ، هرگز فراموش نخواهد شد.
آیت‌الله لطف‌الله صافی گلپایگانی:
فقدان این استوانه محکم، که در دفاع از دین و مکتب اهل بیت علیهم السلام ، مبارزه با بدعت ها و فرق ضاله و کسب رضای‌آقا و مولایش حضرت بقیه الله ارواحناللعالمین له الفدا ، آثار مساعی جمیله و مواضع مشکوره اش پایدار خواهد بود ضایعه و خسارتی بسیار بزرگ و جبران ناپذیر است.
آیت‌الله مجتبی تهرانی:
ارتحال عالمی بزرگ و مجاهدی مقاوم، حضرت آیت الله معظم آقای حاج شیخ محمد فاضل لنکرانی رضوان الله تعالی علیه که از برجسته ترین شاگردان حضرت امام خمینی قدس سره الشریف بودند و سال‌های مدیدی در کنار هم در محضر آن استاد بزرگ خوشه چینی می‌کردیم، ثلمه ای جبران ناپذیر بر اسلام و حوزه های علمیه بود.
آیت‌الله عبدالکریم موسوی اردبیلی:
سالها تدریس در حوزه و تربیت شاگردان برجسته،تاسیس مراکز علمی و عام‌المنفعه، ترویج شعائر دین ومعالم مذهب فقه‌جعفری و بهره‌مندی عموم مسلمین از آثار علمیه‌آن فقید سعید از حسنات باقیه آن مرحوم می‌باشد.
دفتر مرحوم آیت‌الله فاضل لنکرانی:
در ایام شهادت فاطمه زهرا (سلام‌الله علیها) که همگان غرق در عزایند، مرجع بزرگ جهان تشیع و مدافع کم‌نظیر امامت و ولایت و مجاهد استوار و خستگی‌ناپذیر فقیه و اصولی زمان حضرت آیت‌الله العظمی حاج شیخ محمد فاضل لنکرانی به ملکوت اعلی پیوست و همه امت اسلام و پیروان عصمت و طهارت خصوصا مقلدان ایشان را غرق در ماتم ساخت.
جامعه روحانیت مبارز:
ایشان شاگرد زبده امام و همراه ثابت قدم انقلاب و رهبری بود.
رئیس‌جمهوری:
بدون تردید ملت ایران مواضع قاطعانه این عالم مجاهد را در دفاع از حریم اسلام، ارزش‌های انقلاب اسلامی و آرمان‌های امام راحل عظیم‌الشان به ویژه در دوران مبارزات علیه طاغوت از یاد نخواهند برد.
رئیس مجلس:
ارتحال عالم ربانی،فقیه اهل بیت و مرجع عالیقدر شیعیان حضرت آیت الله العظمی فاضل لنکرانی رابه محضر مبارک حضرت بقیه‌الله عجل‌الله تعالی فرجه الشریف و مقام معظم رهبری و نیز مراجع عظام و عموم‌مردم متدین کشور خاصه مقلدان آن مرحوم و بیت محترم ایشان تسلیت می‌گویم.
رئیس قوه قضاییه:
رحلت آن بزرگوار ثلمه ای جبران ناپذیر به بدنه فقاهت و حوزه های علمیه بود که جبران آن شاید به آسانی امکان‌پذیر نباشد.
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام:
مرحوم حضرت آیت الله‌العظمی فاضل لنکرانی در دوران مبارزه علیه طاغوت و مظاهر ستم یکی از پیشتازان بودند و به‌پیروی از مبارزات امام راحل بارها توسط عمال رژیم شاهنشاهی دستگیر، بازجویی، زندان و شکنجه شد و رنج و مشقت تبعید را نیز در نقاط بدآب و هوا به‌جان خرید.
شورای نگهبان:
ایشان با حمایت همه جانبه و هوشمندانه از ولی امر مسلمین، حضرت‌آیت الله خامنه ای، در ناامیدی دشمنان انقلاب اسلامی که برای درهم شکستن نظام ولایت فقیه، چشمان پلیدشان را به زمان ارتحال حضرت امام خمینی (ره) دوخته بودند، نقش مهمی ایفا کرد تا نظام مقدس جمهوری اسلامی به حرکت متعالی خویش ادامه دهد.
سید حسن خمینی:
بدون تردید نیم قرن تدریس آن مرجع عظیم الشأن در حوزه‌های علمیه چنان گنجینه‌ای گرانقدر را فراهم آورده است که بسان باقیه صالحه‌ای همواره روح ایشان را غرق رحمت الهی خواهد ساخت.
سیدمحمد خاتمی:
ارتحال تاسف برانگیز عالم مجاهد ، فقیه صمدانی و مرجع والا مقام حضرت آیت الله العظمی حاج آقا محمد فاضل لنکرانی (قده) خسارتی سنگین برای تشیع ، حوزه علمیه و همه جهان اسلام است که تنها لطف ویژه حضرت پروردگار می‌تواند آن را جبران کند. آن بزرگوار که بیش از نیم قرن در عرصه علم و عمل جایگاهی ممتاز داشت ، از رهروان بلند آوازه حضرت امام خمینی (قده) و از پشتوانه‌های محکم و روشن بین نظام جمهوری اسلامی و مدافع حق و حرمت مردم و پاسدار امین مکتب اهل بیت (ع) و مدافع دلیر رفعت جایگاه حوزه در عرصه علم و اخلاق و عمل بود. تربیت شدگان آن والا گهر هم اکنون نیز سرمایه ای گرانسنگ برای اسلام و ایرانند.
همچنین تا شامگاه شنبه همچنین بسیاری از نهادها، ارگان‌ها، احزاب و شخصیتهای سیاسی و فرهنگی در پیام‌های تسلیت جداگانه‌ای، رحلت این مرجع عالیقدر را تسلیت گفتند.
