از این رو از همان آغاز که نظریه ولایت فقیه توسط امام(ره) نظریه‌پردازی شد، منصب قضاوت به عنوان یکی از وظایف ولی فقیه مورد بحث قرار گرفت.
«علی(ع) در جایی خطاب به شریح می‌فرماید: تو بر مقام و منصبی قرار گرفته‌ای که جز نبی یا وصی نبی و یا ثقی کسی بر آن قرار نمی‌گیرد.» (وسائل‌الشیعه)
عبارت فوق سرفصل یکی از ابواب کتاب ولایت فقیه امام‌خمینی(ره) با عنوان «منصب قضا متعلق به کیست؟» است.
قضا و افتاء از واژگان کلیدی در صورت‌بندی فقه شیعه است. در تفاسیری که در باب حدود ولایت شده است، بعضی از فقها به ولایت در قضا معتقد هستند، به طوری که فقیه علاوه بر افتاء و امور حسبه قضاوت می‌کند و حکم لازم‌الاجرا صادر می‌کند. مطابق این نظریه اگر قاضی توان اجرای حکم را نداشته باشد، تقیه می‌کند در غیر این صورت آن را اجرا می‌کند.
از جمله قائلان به ولایت در قضا و افتاء مرحوم آیت‌الله خویی است. به نظر ایشان(ره): «آنچه از روایات برای فقیهان اثبات می‌شود؛ 2 امر است: نفوذ قضاوت و حجیت فتوای ایشان، اما حق تصرف در مال قاصران و غیرایشان که از شئون ولایت است ندارند، مگر در امورحسبیه».(همان)
اما نظریه ولایت انتصابی مطلقه فقیه که نظریه ابتکاری معمار بزرگ جمهوری اسلامی امام خمینی(ره) است بر همساز بودن قضاوت و حکومت در ولایت فقیه تاکید می‌کند. 2 روایت کلیدی مقبوله «عمربن‌حنظله» و «ابوخدیجه» که مورد استناد امام خمینی(ره) در اثبات حاکمیت ولی فقیه در دوران غیبت امام معصوم هستند، به موضوع قضاوت ارتباط دارند.
ابو خدیجه از لسان امام صادق(ع) چنین نقل می‌کند: «مبادا وقتی بین شما خصومت و نزاعی اتفاق می‌افتد، یا در مورد دریافت و پرداخت اختلافی پیش می‌آید، برای محاکمه و رسیدگی به یکی از این جماعت زشتکار مراجعه کنید. مودی‌ای را که حلال و حرام ما را می‌شناسد بین خودتان حاکم و داور سازید، زیرا من او را بر شما قاضی قرار داده‌ام، و مبادا که بعضی از شما علیه بعضی دیگران به قدرت حاکمه جائر شکایت ببرد»(وسائل‌الشیعه).
حاکمیت ولی فقیه در روایت عمربن‌حنظله صریح‌تر است. وی از زبان امام صادق درباره مراجعه 2 تن از شیعیان به قاضی غیرمنصوب از جانب امام(ع) چنین می‌گوید: «هر که در مورد دعاوی حق یا دعاوی ناحق به ایشان مراجعه کند در حقیقت به طاغوت مراجعه کرده است و هر چه را که به حکم آنها بگیرد، در حقیقت به طور حرام می‌گیرد. گرچه آن را که دریافت می‌کند حق ثابت او باشد زیرا که آن را به حکم و رأی طاغوت و آن قدرتی گرفته که خدا دستور داده به آن کافر شود. خداوند می‌فرماید: یریدوا ان یتحاکموا الی‌الطاغوت و قد امروا أن یکفروابه».
باید نگاه کنید ببینید از شما چه کسی است که حدیث ما را روایت کرده و در حلال و حرام ما مطالعه کرده و صاحبنظر شده و احکام و قوانین ما را شناخته است؛ باید او را به عنوان قاضی و داور بپذیرید زیرا که من او را حاکم بر شما قرار دادم».(اصول کافی، ج 1)
همساز بودن قضاوت با ولایت در اندیشه سیاسی امام خمینی(ره)، قوه‌قضاییه را به یکی از مولفه‌های اقتدار جمهوری اسلامی تبدیل کرد. زاویه دید حضرت امام(ره) به نهاد قضا در اسلام اقتدار مبتنی بر شریعت را برای قوه قضائیه جمهوری اسلامی به همراه می‌آورد؛ اما پدیده یک عاملی فوق به طور مستوفی بحث نشده است، لذا از زاویه‌ای تاریخی و جامعه‌شناسانه نیز باید به تبیین موضوع پرداخت.
شیعیان به عنوان پیروان ائمه معصوم(ع) پرچم‌دار جنبش‌های اعتراض علیه خلفای بنی‌امیه عباس با شعار عدالتخواهی و رفع تظلم بوده‌اند. در مکتب انتظار نیز آرمان ایجاد جامعه‌ای پر از عدل توسط دوازدهمین امام معصوم(ع) عیان و روشن است. از طرفی دیگر در تمام شریعت‌نامه‌ها و سیاست‌نامه‌ها ایرانیان حاکمان محبوب و مطلوب خود را به صفت عادل می‌شناسند. در ایران باستان نیز عدالت، دغدغه خاطر ایرانیان بود شاید ظلم و جور حکام و شاهان، عدالت را به آرمان و گوهر نایاب ایرانیان تبدیل کرده باشد. و شاید فکر تأسیس عدالتخانه در ایران زمان مشروطه به همین آرمان بازگردد.
عدالتخانه مورد درخواست مشروطه‌خواهان در حقیقت مبنایی برای قوه قضایی است که امروز از استوانه‌های اقتدار نظام جمهوری اسلامی است. با تصویب قانون اساسی مشروطه و پیش‌بینی وزارت دادگستری، این نهاد سنتی و دیرپا در ایران که اسباب تداوم حیات آن همواره علما و روحانیون به عنوان قضات شرع بودند، به سمت مدرن شدن حرکت کرد. در سال‌های آغازین حکومت پهلوی اول علی‌اکبر داور با تحدید محاکم شرعی به توسعه محاکم عرفی و تشکیلات مدرن قوه قضائیه و ایجاد سازمان ثبت احوال و املاک و دیگر سازمان‌های مرتبط با این قوه اقدام کرد. داور بعدها در سایه استبداد سنگین رضاشاهی مجبور به خودکشی شد.
براساس نظریه‌جمهوری اسلامی، نهاد قضاوت از جمله مهمترین امور حکومتی است که منحصرا به عهده فقیه حاکم است. اصل 57 قانون اساسی در این خصوص می‌گوید: «به منظور انجام مسئولیت‌های قوه قضائیه در کلیه امور قضایی و اداری و اجرایی، مقام رهبری یک نفر مجتهد عادل و آگاه به امور قضایی و مدیر و مدبر را برای مدت 5 سال به عنوان رئیس قوه قضائیه تعیین می‌کند که عالی‌ترین مقام قوه قضائیه است».
نیز به موجب اصل 162 قانون اساسی رئیس دیوان عالی کشور و دادستان کل باید مجتهد عادل و آگاه به امور قضایی باشند.
نظریه‌های جمهوری اسلامی و نظریه‌پرداز اصلی آن حضرت امام خمینی(ره) از شرط اجتهاد به عنوان یک آرمان چشم‌پوشی نمی‌کند؛ اما از آن روی که در جمهوری اسلامی اجتهاد قاضی تابعی از قوانین دولت اسلامی به رهبری ولایت فقیه است، مجتهد بودن قاضی اهمیت سنتی خود را ازدست می‌دهد و لذا قاضی مقلد و منصوب و آشنا به قوانین مدون کشور است، اما او رأسا نمی‌تواند به اجتهاد خود عمل کند و یا اجتهادی مخالف قوانین مدون و مصوب مجلس شورای اسلامی داشته باشد.
اهمیت نهاد قضاء در اندیشه سیاسی امام خمینی(ره) تا به آن پایه است که می‌فرماید: «اگر امکان تاسیس حکومت به هیچ وجه نباشد، البته منصب فقیهان ساقط نمی‌شود، بلکه در صورت معذور بودن از تاسیس حکومت، هر یک از آنان بر امور مسلمین [از جمله امور قضاوت] ولایت دارند».(البیع) لیکن به این دلیل که «اساساً قضاوت یکی از رشته‌های حکومت و یکی از کارهای حکومتی است»(ولایت فقیه یا حکومت اسلامی، امام‌خمینی)، در صورت تشکیل حکومت اسلامی، نهاد قضاوت از اختیارات و شئون فقیه حاکم خواهد بود.
عدالت و امنیت مولفه‌های اصلی تداوم حیات یک حکومت و در حقیقت پیش‌مدخل انسجام اجتماعی یک جامعه پویا هستند. نهاد قضاء در اسلام بیشترین سهم را در نهادینه کردن عدالت و امنیت در جامعه دارد.
در جامعه اسلامی ایران نیز بار اصلی ایجاد عدالت و امنیت بر عهده قوه قضاییه است. پویایی مبانی مشروعیت مبتنی بر شریعت، سنت و قانون، هر 3 در نهاد قضا یافت می‌شود. نهاد قضاء در یک ساختار قانونی بوروکراتیک و با انتصاب رئیس آن از جانب ولی فقیه به امور حاکمیتی می‌پردازد.
صدور احکام قضایی یا براساس شریعت است و یا نباید مبانیتی با آن داشته باشد. مقامات عالی نهاد قضا یا مجتهد هستند و یا طبق فتوای مجتهد عمل می‌کنند؛ لذا مقامات عالی آن برخاسته از نهاد دیرپای روحانیت به عنوان پاسداران سنت اسلامی و شریعت نبوی‌اند.
